После перехода годуновского войска под Кромами на сторону самозванца и восстания москвичей (оба события — в мае 1605 года) Лжедмитрий I 20 июня вступил в столицу России. Месяц спустя венчался на престол «прародителей своих». Как обычно в таких случаях, царь жаловал приближенных, угодных ему лиц. На этот раз среди них оказался Филарет: возвращенный из ссылки, он, волей «царя Дмитрия», стал ростовским митрополитом.
Крушение первого самозванца и появление Лжедмитрия II («тушинского вора») заставили Филарета поволноваться. Однажды в Ростов, где он тогда находился, ворвались поляки Сапеги и казаки (11 октября 1608 года). Ростовцы упорно отбивали штурмы тушинцев. Но последние в конце концов захватили город. Филарет с толпами простого народа закрылся в соборной церкви. Враги добрались и туда; сломав двери, вошли в храм. Митрополит пытался, выйдя к ним с хлебом и солью, увещевать их. Но бесполезно — захватчики презрели его моления, убили многих людей, надругались над святынями и самим владыкой. Печально было и то, что в бесчинствах активно участвовали переяславцы (из Переяславля-Залесского, давней родовой вотчины Александра Невского, его отца и деда, тогдашнего центра княжества) — давние враги, недоброжелатели ростовцев.
Захваченного в плен митрополита «с бесчестием" повезли в Тушино под Москвой, в лагерь второго самозванца. Перед тем переяславцы сорвали с него архиерейское облачение, надели какую-то сермягу, на голову — татарскую шапку. На воз вместе с ним посадили женщину. В Тушине после только что пережитых потрясений, позора и унижений Филарета ждали почести, правда весьма сомнительного свойства. Лжедмитрий II объявил ростовского митрополита, своего „родственника“ (ведь мнимый „царевич Дмитрий“ — родной брат царя Федора Ивановича, двоюродного брата Федора — Филарета Романовича), патриархом Московским и всея Руси. Тот не мог, конечно, отказаться; рассылал грамоты по уездам, захваченным тушинцами. Одна из них начинается словами: «Благословение великого господина преосвященного Филарета, митрополита ростовского и ярославского, нареченного (самозванцем! — В. Б.) патриарха Московского и всея Руси».
Филарет подчинился обстоятельствам, как и при первом самозванце. Как тогда он, исполняя, несомненно, поручение Лжедмитрия I, ездил за мощами царевича Дмитрия в Углич, так и теперь, по повелению Лжедмитрия II, играл роль патриарха. Вел себя осторожно; «был, по словам А. Палицына, келаря Троице-Сергиева монастыря, разумен, не склонялся ни направо, ни налево». Богослужения проводил, называя при этом «тушинского вора» Дмитрием-царем.
Деликатность ситуации для него, помимо прочего, — в том, что в Москве патриарший престол занимал Гермоген, бесстрашно разоблачавший бесчинства интервентов, патриот России. Этот «настоящий» святитель Русской Православной Церкви в своих грамотах, рассылавшихся к народу, ругал изменников; но не делал этого по отношению к Филарету — он, мол, находится в Тушине не по своей воле, а по принуждению. Гермоген не осуждает его, а молит за него Бога («а которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, а силою, и на христианский закон не стоят, крови православных братий своих не проливают; таких мы не порицаем, но молим о них Бога»; февраль 1609 года). Такое отношение московского патриарха и царя В. И. Шуйского не давало как будто оснований считать Филарета «тушинским перелетом», каких тогда нашлось немало.
В следующем году тушинский лагерь распался, «вор» бежал в Калугу, где вскоре был убит. Началась открытая интервенция Речи Посполитой в Россию (осада войском короля Сигизмунда III Смоленска и др.). Польско-литовские верхи мечтали о захвате русских земель, церковной унии России и Польши, по сути дела, о полном подчинении государства Российского, которому грозила потеря национального суверенитета.
Разгром русского войска под Клушином, к западу от Москвы, С. Жолкевским, сведение с престола царя Шуйского привели к установлению в Москве режима «семибоярщины» (правительства из семи вельмож во главе с кн. Ф. И. Мстиславским). В стране по-прежнему царили беспорядок, анархия. Существовали как бы два политических центра: один в Москве («седмочисленные бояре»); другой — при втором самозванце (пока он оставался живым). Интервенты захватили многие города и уезды в центре и на севере государства. С запада к столице приближалось войско Жолкевского. Ситуация становилась критической.
В этих условиях польский король и его советники предложили выход — провозгласить русским царем Владислава, сына Сигизмундова. Начались переговоры королевских комиссаров с московскими и тушинскими боярами. Бояре и патриарх Гермоген согласились с кандидатурой польского королевича, но с условием — он должен перейти из католичества в православие. Выполнение этого требования было попросту нереальным; тем не менее в Москве целовали крест новому царю Владиславу. Разослали грамоты по стране — с требованием на местах делать то же самое. Так московские политики надеялись на замирение Московского царства, успокоение земли, народа. Многие были недовольны, особенно простой народ. Но дело сделано, в Москву вошло войско Жолкевского (в ночь на 21 сентября 1610 года).
Филарет весьма активно участвовал в переговорах. Для утверждения условий договора (неприкосновенность православия в России, переход Владислава в веру «по греческому закону») к польскому королю отправилось большое посольство. Возглавили его Филарет и боярин В. В. Голицын. Тридцать первого января они явились перед королевские очи. В следующем месяце начались обсуждения. Договорились об условиях — неприкосновенность «веры греческого закона», венчание Владислава на царство в Москве русским патриархом, по старому обычаю; не трогать имения и права духовных лиц, бояр, дворян, приказных людей; выдавать, как и прежде, жалованье всем, кому положено; судить «по старине», пересмотр законов — прерогатива бояр московских и всей земли. Далее: заключить между двумя странами оборонительный и наступательный союз против возможных недругов; сообща держать войска на украинах против татар; никого не казнить до суда бояр и прочих думных людей. Всем людям московским вольно ехать в зарубежные христианские (не в «басурманские», «поганские»!) страны, очевидно для обучения и торговли. Возвратить русских пленников из Польши. Правительственные должности польским и литовским панам не занимать; давать им деньги и земли в поместья и вотчины. Подати собирать «по старине», новые вводить только с согласия думных людей. Объявить вольную торговлю между обеими странами. Крестьянские переходы от одного владельца к другому запретить. Холопам вольности не давать, пусть служат господам по-прежнему. Пункт о казаках (донских, терских, волжских, яицких) король обсудит в будущем: будут ли они, казаки, «надобны» или нет?