Но в московских учреждениях процветали произвол, взяточничество и другие пороки.
Всесильный царский фаворит Морозов при всем своем государственном уме и незаурядной образованности был подвержен соблазну неусыпного стяжания. По замечанию современника-иностранца, у Морозова жадность к золоту была так сильна, «как обыкновенно жажда пить". За короткое время Морозов превратился в богатейшего землевладельца. На должности начальников приказов он поставил своих людей, которые не менее жадно прильнули к источникам обогащения: произвольно сокращались денежные выплаты стрельцам и пушкарям, взятки и вымогательства стали повседневной нормой. Особенно прославились на этом поприще начальник Пушкарского приказа П.Т. Траханиотов и глава Земского приказа Л. С. Плещеев. Не отставали от начальства и более мелкие служители приказов.
Предвестниками социальной бури в столице стали выступления населения на окраинах государства, на юге и в Сибири.
Первого июня 1648 года, когда царь возвращался с богомолья из Троице-Сергиева монастыря, от толпы, встретившей кортеж, отделилась группа людей, пытаясь вручить Алексею Михайловичу челобитную. Царь ее не принял, толпу охрана разогнала, были произведены аресты.
На следующий день царь Алексей участвовал в крестном ходе из Кремля в Сретенский монастырь. Во время церемонии к нему опять двинулась группа посадских и служилых людей с челобитной. В толпе раздавались требования о выдаче Плещеева и задержанных накануне челобитчиков. Противодействие окружавших царя бояр и приказных людей озлобило собравшихся. Следуя за царской свитой, возвращавшейся из монастыря, многотысячная толпа ворвалась в Кремль. Поставленные в ружье по приказу Морозова стрелецкие полки отказались повиноваться, заявив, что они присягали царю, а «сражаться за бояр против простого народа они не хотят». Более того, стрельцы сказали, что они готовы поддержать восставших. Лишь Стремянной стрелецкий полк (царская гвардия) остался верным боярам. Однако его сил было недостаточно, чтобы справиться с «чернью». Для переговоров с поднявшимся населением вышли бояре, но их не пожелали слушать.
Тогда к народу вышел изрядно напуганный Алексей Михайлович. Держа в руках икону, он стал уговаривать восставших, «чтоб им от шуму перестать». Однако «шум» нарастал. В городе начались погромы дворов ненавистных вельмож и приказных дельцов — Морозова, Плещеева, Траханиотова, дяди царя Н.И. Романова и др.
Анализ поведения восставших позволяет уяснить социальную сущность событий. Так, разгром двора Морозова сопровождался не расхищением награбленных у народа богатств, а их уничтожением. Восставшие не разрешали ничего уносить с собой, крича: «То наша кровь!» И тут же уничтожали имущество. Разъяренная толпа обнаружила Назария Чистого спрятавшимся под вениками. Дьяка тотчас убили.
В те дни социальная буря совпала со стихийным бедствием, столь знакомым деревянной по преимуществу Москве, третьего июня город поразил страшный пожар. В народе говорили, что его виновниками были слуги Морозова, по наущению хозяина учинившие поджоги, чтобы отвлечь внимание взбунтовавшегося люда. Пожар истребил тысячи домов, сгорели хлебные запасы казенного Житного двора. Было много человеческих жертв.
На Красной площади вновь забушевало людское море. Народ осаждал кремлевские палаты, требуя немедленного наказания Морозова, Плещеева, Траханиотова. Правительство оказалось в критическом положении. Решено было пойти на уступки. Плещеева выдали толпе. Его казнили на Красной площади.
Четвертого июня восставшие вновь подступили к царским палатам с требованием выдачи Морозова и Траханиотова. Последнего хотели спасти, отправив на воеводство в Устюжну Железопольскую. Но под давлением народа царь вернул его с дороги и выдал повстанцам. С начальником Пушкарского приказа расправились на Лобном месте. Хотел скрыться и Морозов, но его опознали ямщики, и он едва избежал участи Плещеева и Траханиотова. Его убежищем стали царские покои. И на следующий день волнения продолжались. Жизнь Морозова висела на волоске. Алексей Михайлович никак не хотел гибели своего любимца. Он вышел к восставшим и со слезами на глазах просил пощадить своего воспитателя, обещая отстранить его от дел и выслать из Москвы. Это сохранило жизнь Морозову, но народ бдительно следил за выполнением царского обещания. Проволочка с высылкой боярина грозила новыми неприятностями. Алексей Михайлович скрепя сердце отправил Морозова под сильной охраной в Кирилло-Белозерский монастырь. Властям монастыря было строго наказано всячески оберегать жизнь и здоровье любимца монарха.
Чтобы удержать на своей стороне находившихся в Москве провинциальных дворян, правительство сулило им новые земельные пожалования и прибавку денежных окладов. Шла раздача денег стрельцам, царица посылала «простонародью» подарки. Тесть Алексея Михайловича боярин И.Д. Милославский устраивал встречи с «знатнейшими гражданами» Москвы, задабривал верхушку столичного посада. Патриарх и духовенство также всячески способствовали умиротворению.
Июньские события 1648 года сильно подействовали на Алексея Михайловича. Именно с той поры его роль в государственных делах заметно активизировалась.
Тем временем события развивались стремительно. Воспользовавшись затруднительным положением правительства, дворяне вместе с купечеством провели совещание и 10 июня потребовали созвать Земский собор. Царь тотчас с этим согласился. По стране катилась волна посадских и крестьянских восстаний. Поднялись северные города Устюг Великий и Соль Вычегодская, на юге волновались Воронеж, Курск и Козлов, в Сибири вновь восстали жители Томска.
Едва ли не впервые после воцарения Алексей Михайлович прибег к перестановкам в правительстве, дабы утишить всенародный ропот. Он приблизил недругов Морозова — боярина Н.И. Романова и князя Я.К. Черкасского. Конфискованные владения Плещеева и Траханиотова пошли в раздачу мелкопоместным дворянам. Было приостановлено взыскание недоимок, обычно сопровождавшееся «правежом» (битьем должников палками).
Шестнадцатого июня 1648 года был спешно созван Земский собор, имевший промежуточный характер. Принятое собором решение предусматривало, чтобы в ближайшее время подготовить новый собор, на котором рассмотреть свод законов (Уложение). Для работы над проектом нового Уложения образовали комиссию под председательством князя Н.И. Одоевского.
Земский собор открылся в начале сентября 1648 года и продолжал работу до конца января 1649 года. Около трехсот пятидесяти его участников представляли дворян столичных и провинциальных, приказных чиновников, боярство и высшее духовенство, московский и городские посады, столичные стрелецкие полки. Крестьянских выборных не было, отсутствовали также представители из Сибири и Нижневолжского края. Шло обсуждение и редактирование нового свода законов. Работа протекала в двух палатах. В одной заседали Боярская дума, Освященный собор, патриарх и царь. В стенах нижней палаты судили и рядили «земские люди» — депутаты от городов и рядового дворянства.
За короткое время была проведена огромная кодификационная работа, результатом которой стало Уложение в составе двадцати пяти глав. Подлинник этого документа, скрепленного подписями большинства членов собора, имеет длину триста девять метров. Довольно быстро Уложение было напечатано тиражом до тысячи двухсот экземпляров и поступило во все приказы и в города местным воеводам.
Во время разработки Уложения представители сословий подавали коллективные челобитные, важнейшие положения которых были учтены в соответствующих статьях кодекса. Наиболее значительным документом, составленным от имени дворян и посадов, являлась челобитная от 30 октября 1648 года. В ней с особой остротой прозвучало требование об отписке на государя беломестных слобод и дворов. В этом усматривался один из источников «межеусобия» в стране. Челобитье было доложено Алексею Михайловичу 13 ноября. Царь указал удовлетворить эти ходатайства: «Быти тем всем людем за ним, великим государем, в тягле». Тринадцатого декабря 1648 года после выслушивания докладной выписки по этому вопросу (челобитчики просили снять ограничения сроков давности сыска закладчиков) Алексей Михайлович и здесь пошел навстречу просителям.