Продолжая дела отца, царь распорядился отправить послов в Среднюю Азию, к ханам Хивы, Бухары и Балха. Эту миссию возложили на торгового человека из Астрахани Анисима Грибова. Но проехать в Среднюю Азию посольство не смогло. Там шли междоусобные войны. Грибов побывал в Тегеране, оказавшись неожиданно гостем иранского шаха. Предусмотрительные служители Посольского приказа снабдили посла на всякий случай царской грамотой к шаху. Последний откликнулся доброжелательным ответом Алексею Михайловичу.
Судя по документам тех лет, в Москве всерьез размышляли об установлении отношений с Индией, о которой собирали сведения и выведывали удобнейшие пути в эту сказочную страну. В планы Алексея Михайловича входило также установление торгово-дипломатических сношений с Китаем. В 1653 году туда отправилось посольство дворянина Федора Байкова. Оно не имело успеха, но почин был сделан.
В правление царя Алексея завершилось принятие подданства России калмыцкими владетелями. Калмыки прикочевали к русским пределам из степей Центральной Азии под влиянием междоусобных войн. Они вынуждены были искать новые территории для кочевий. Уже в начале XVII века калмыцкие тайши вступили в контакты с воеводами сибирских городов, выражая намерение стать подданными Москвы. Но решение вопроса затянулось. Тем временем калмыцкие улусы вышли к рекам Яик и Эмба. Отдельные отряды достигали Волги. Но получить земли для обитания калмыки могли лишь при условии вхождения в состав России, которая имела свободные земли на юго-востоке. Ускорила принятие подданства калмыками начавшаяся война России и Речи Посполитой за Украину. В 1655 году от имени тайшей Дайчина, Мончака и других была дана шерть (присяга) русскому правительству, в которой калмыки признавали себя подданными царя. В ответ правительство разрешило калмыкам кочевать в междуречье Яика — Волги. В 1657 году присяга была подтверждена, и после этого калмыцкие владетели обязались посылать свои войска на помощь России в ее борьбе с Крымским ханством. Неудачи русской армии в 1659-1660 годах побудили царское правительство вновь потребовать с тайшей принесения шерти и военной помощи. Посольство думного дьяка И.С. Горохова решило эти задачи. Подписывая присягу, тайша Мончак сказал: «Как — де бумага склеена, так бы де калмыцким людем с русскими людьми вместе быть вечно". Калмыцкие отряды (иной раз вместе с донскими казаками) участвовали в военных действиях на стороне России.
Как раз в начальные годы царствования Алексея Михайловича активизировалась культурно-религиозная жизнь России. И здесь немалая роль принадлежала молодому монарху. Он близко к сердцу принимал все, что относилось к распространению и укреплению православного вероучения. Вокруг Царского духовника протопопа Благовещенского собора Московского Кремля Стефана Внифантьева сложился кружок «боголюбцев», или «духовная братия». Среди «боголюбцев» был и Алексей Михайлович. Кружок объединял как духовных, так и светских лиц. К первым принадлежали настоятель Казанского собора Иван Неронов, несколько священнослужителей из провинции, в том числе — протопоп юрьевский Аввакум. С Внифантьевым был близок игумен Новоспасского монастыря Никон. На него тогда и обратил особое внимание царь. В кружке состоял и постельничий Федор Ртищев, поборник просвещения, а также образованный смоленский дворянин Симеон Потемкин (возможный предок светлейшего князя Григория Потемкина), глава Печатного приказа князь Андрей Львов. Поддержку деятельности «боголюбцев» оказывал боярин Б. И. Морозов. Стефана Внифантьева члены кружка почитали за широкую образованность и стремление следовать законам справедливости. О нем говорили, что он «боляр увещеваше… да имут суд правый без мзды, и не на лица зряще да судят». Алексей Михайлович иной раз в ночное время посещал Внифантьева и вел с ним долгие беседы. Пользовался царь и книгами из библиотеки Благовещенского собора.
Тогда же в Москву пригласили с Украины ученых монахов Епифания Славинецкого и других. Они включились в работу по изданию богослужебных книг, сверяя их с греческими оригиналами.
Практическая деятельность «боголюбцев» имела целью искоренение суеверий, укрепление правовых норм в церковной жизни. Вероятно, под влиянием этих установок были изданы царские указы о борьбе со скоморохами и народными увеселениями, связанными с языческими поверьями и обычаями. В Москве произвели облаву на владельцев музыкальных инструментов. На нескольких возах гудки и другие «бесовские сосуды» доставили на Болотную площадь и сожгли. В разосланных по стране грамотах осуждались те, кто «в громное громление» купался, «чая себе от того здравия», или занимался гаданиями, участвовал в святочных маскарадах, надевая «хари», и т. д. Даже невинное развлечение качели посчиталось нарушающим истинное благочестие.
Важнейшей стороной деятельности «боголюбцев» явилась издательская работа Печатного двора. И здесь инициатива принадлежала С. Внифантьеву. Выходит в свет переведенная с греческого языка «Кормчая», включающая церковные и частично гражданские правила семи Вселенских соборов. Печатались и другие книги. Капитальная перестройка Печатного двора расширила его производственные возможности. Со второй половины 40-х годов XVII века наблюдается значительное увеличение выпуска книг, включая предназначенные для обучения. С 1645-го по 1652 год трижды издавали «Азбуку», восемь раз — учебный «Часослов» («Часовник»), девять изданий выдержала учебная Псалтырь. Заметим, что эти книги обычно использовались для обучения грамоте в народной среде не только в XVII веке, но и значительно позже. Согласно повелению Алексея Михайловича 2 февраля 1648 года выпускается в свет «Грамматика» Мелетия Смотрицкого, белорусского ученого, «в научение православным, паче же детям сущим». Примечательно, что публикуется и переводное сочинение И. Я. фон Вальхаузена «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей». Выпуск изданий полемически-нравоучительного жанра в защиту православной религии против «латинства», «люторства» и других неприемлемых направлений религиозного мышления занял в конце 40-х — начале 50-х годов XVII века значительное место в продукции Печатного двора. Толчком к этому послужили «прения о вере» во время пребывания королевича Вольдемара, когда датская сторона устами своего капеллана пыталась отстаивать свои позиции. К тому же католическая агрессия и распространение униатства на Украине и в Белоруссии давали тому немалый стимул.
Новшеством в практике богослужений стали проповеди, с которыми пастыри обращались к прихожанам. Нововведение пришлось по вкусу, и к наиболее красноречивым проповедникам народ шел с большой охотой. Церкви подчас не вмещали всех желающих.
Ревнители православной веры выступали за перемены в церковном обиходе, считая неприемлемым многогласие (когда священнослужители одновременно читали или пели разные тексты). Однако введение единогласия было сопряжено с чисто житейскими неудобствами, с которыми нельзя было не считаться: служба неизмеримо затягивалась, прихожане обрекались на многочасовое стояние в церкви. Ведь сидеть разрешалось лишь в католических костелах.
Роль С. Внифантьева не ограничивалась влиянием на правительственную политику в церковной сфере. Есть основания считать, что он воздействовал своим убежденным словом на разбушевавшуюся толпу в один из дней июньского восстания в Москве, тогда как усилия патриарха Иосифа и других церковников действия не возымели. Следует заметить, что с иерархами Православной Церкви духовник царя держал себя независимо, порой даже дерзко. Он выступил на Церковном соборе 1649 года с обличительной речью, направленной против высших религиозных деятелей. Конфликт имел далеко идущие последствия. Патриарх Иосиф и Освященный собор обратились к Алексею Михайловичу с челобитьем, в котором жаловались на Внифантьева, называвшего иерархов «волками», «губителями», а «не пастырями». Челобитчики требовали осудить протопопа Стефана как еретика на смертную казнь согласно Уложению1649 года (возведение «хульных словес» на соборную и апостольскую церковь). Однако царь оставил это дело без последствий.
«Боголюбцам» принадлежит заслуга распространения грамотности и учреждения училищ в России. Внифантьев стал попечителем Греко-латинской школы на государевом дворе. На собственные средства Ф. М. Ртищев открывает при Андреевском монастыре училище, где занимались люди из разных сословий. Здесь изучались языки славяно-русский, польский и латинский, а также другие науки. В Нижнем Новгороде, а позже в Москве Иван Неронов создал школы для посадской бедноты и пригородных крестьян, в которых осваивали грамоту. Обучение было бесплатным.