Одержав «победу», царь приказал разослать по всей стране грамоты, в которых картина восстания излагалась в угодном властям духе. Расправа якобы была проведена по единодушному челобитью всего населения, начиная от бояр и кончая посадскими людьми московских черных сотен и слобод. Не соответствовало действительности и утверждение о том, что в восстании не участвовали «всяких чинов ратные и торговые и земские люди». Очевидец событий Г. Котошихин писал, что в рядах повстанцев находились «люди торговые, и их дети, и рейтары, и хлебники, и мясники, и пирожники, и деревенские, и гулящие, и боярские люди». Барон Мейерберг сообщал, что «заговорщики» принадлежали к «подонкам черни". Согласно современным известиям, верхи торгового мира не поддержали восстание, за что получили царскую похвалу.
Три следственные комиссии без устали вели дознание с пытками, пропустив через застенки сотни людей. У грамотных брали образцы почерков, чтобы установить авторов прокламаций, но тщетно. Четвертование, виселица, отсечение рук и ног, выжигание на лице буквы «Б» (бунтовщик), массовая ссылка — таков был итог Московского восстания 25 июля 1662 года. Тишайший в этой ситуации проявил другую ипостась своей натуры… Недаром его интересовала личность Ивана Грозного, по которому царь заказывал панихиды. Позже, когда шел спор между царем и бывшим патриархом Никоном, последний напомнил Алексею Михайловичу о бунте. Царь в ответ заявил, что приходили «земские люди" бить челом на обидчиков, а не против него.
Год 1662— й для правительства царя Алексея оказался особенно «урожайным» на восстания. Подавление мятежа в столице совпало с цепной реакцией выступлений местных народов на востоке страны. Поднялись башкиры на Урале, запылали русские селения, был стерт с лица земли город Кунгур. Волнения охватили обширные районы Сибири -от Березовского и Тобольского уездов в 1665-1666 годах они докатились до берегов Тихого океана. Активизировались в южносибирских степях потомки хана Кучума. С великим трудом удалось справиться властям с этой полосой вооруженных действий иноплеменных подданных России. От набегов страдали и мирные ясачные люди. Из пограничного Тарского уезда они писали царю, что нужны решительные военные меры против налетчиков, грабящих жителей и угоняющих людей в плен. Выясняется, что без царского указа нельзя было применять силу против иноземцев. Это поощряло нападавших. В челобитной говорилось: «Они, царевичи (Кучумовичи. — Л.П.)…ведаючи, что ваших государевых служилых людей на них посылать не велено без вашего государева указу», и совершают нападения, «не опасаясь… ратных служилых людей».
Разумеется, вряд ли возможно утверждать, что серия восстаний 1660-х годов на периферии была непосредственно связана с экономическими затруднениями, вызванными неудачной денежной реформой правительства царя Алексея. Были на то и свои причины. При всем том царь решился на отмену медных денег. Одиннадцатого июня 1663 года был издан указ: «На Москве и в Великом Новгороде и во Пскове денежного медного дела дворы отставить, и маточники и чеканы в тех городех, собрав все, прислать к Москве в Приказ Большие казны. А старой денежного дела двор на Москве завесть и серебряные деньги на нем денежным мастерам делать июня с 15 числа». Отныне все расчеты необходимо было вести на серебряные деньги. Казна принимала медные деньги в обмен на чисто символические суммы серебряных. Отвергнутую монету пускали в переплавку и на изготовление различных предметов, в том числе и для царского дворца. Постепенно в стране налаживалось денежное обращение и рынок обретал нормальные черты. Но рецидивы «указных», принудительных цен на съестные продукты кое-где давали себя знать и позже, проявляясь в основном на окраинах государства. Было официально признано, что приставленные к выпуску медных денег торговые люди «казну многую крали… и от того воровства обогатели большим богатством».
Изыскивая новые возможности для получения казенных доходов, центральная власть вводит в 1662 году государственную монополию на торговлю с иностранцами шестью «заповедными товарами» (пенька, поташ, сало и др.). Через два года вновь вернулись к свободной торговле ими, правда увеличив на время вдвое ставку таможенной пошлины, что мотивировалось необходимостью получения серебра. Расчет был на расширение торговых операций и соответственное увеличение пошлинных сборов. Царь в данном случае не обманул подданных: в 1667 году повышенную пошлину отменили.
Внимательно присматривались в Москве к набиравшей силу Макарьевской ярмарке близ Нижнего Новгорода. Правом собирать здесь таможенные пошлины согласно прежним царским грамотам пользовался местный желтоводский Макарьев монастырь. Видимо, властям этой обители не пришлась по вкусу грамота Алексея Михайловича от 26 июня 1667 года. В ней говорилось: «…на ту Макарьевскую ярманку… съезжаются торговые люди со всякими товары и с деньгами со всего Московского государства и иных государств иноземцы торгуют две недели», тогда как ранее был лишь один торговый день в начале июля. Грамота запрещала монастырю впредь собирать торговые пошлины — этим будет заниматься казна. Монастырю была обещана «руга» — государственное содержание. Чтобы еще более приохотить торговых людей посещать Макарьевскую ярмарку, первые пять дней дозволялась беспошлинная торговля.
Учитывая настойчивые требования отечественного купечества оградить его от засилия на внутреннем рынке западноевропейских коммерсантов, правительство царя Алексея Михайловича постепенно усиливает в своей финансово-экономической политике элементы покровительственного порядка. Привилегии заморских торговцев шаг за шагом отменяются, а в 1667 году выходит один из важнейших законодательных актов этого рода — Новоторговый устав. Главное внимание в этом документе уделялось регулированию деятельности зарубежных купцов и сбора с них таможенных пошлин. При подготовке Новоторгового устава воспользовались прежними челобитными русских людей, прежде всего челобитной 1646 года, которую тогда «сыскали» в архиве. Разработка устава проходила долго и довольно тщательно.
В создании Новоторгового устава участвовали крупные русские купцы, а от правительства — А.Л. Ордин-Нащокин, пожалованный в боярский чин. Вводный раздел Устава носил явные следы авторства этого видного политика. Он, будучи еще воеводой во Пскове, предпринял опыт создания своего рода банка, чтобы приглушить противоречия между «лучшими» и «молодшими» посадскими людьми и обеспечить кредитование операций по купле-продаже. Из городских доходов и взносов местных жителей создавался соответствующий фонд. Объединения по профессиям должна были строиться на основаниях помощи богатых бедным путем соединения средств тех и других под главенством зажиточных горожан. Эту мысль Ордин-Нащокин провел и в Новоторговом уставе. Текст нового торгового закона был скреплен подписями виднейших русских купцов.
Торговлю иностранцев Новоторговый устав ограничивал тремя городами — Архангельском, Новгородом и Псковом. Для проезда внутрь страны иностранцы должны были получать особое разрешение. Кроме того, они уплачивали повышенные пошлины в иностранной валюте. В результате иноземные купцы вносили в казну до девятнадцати процентов цены товаров, тогда как русские торговцы облагались лишь пятипроцентной пошлиной. Розничная торговля иноземцам была запрещена, они могли торговать только оптом, продавая русским купцам большие партии товара. Все это благоприятствовало русскому купечеству. Но по-прежнему отечественные негоцианты не имели возможности вести операции в чужих краях в сколько-нибудь значительных масштабах. У России не было удобных морских выходов и отсутствовал флот.