Для людей того времени независимо от их настроений разница в положении двух частей Украины объективно была в пользу Москвы. Антимосковски настроенный гетман Правобережья Павел Тетеря признавался в письме польскому королю (1664 год), что «…вся Украина решила умереть за имя царя московского". Кошевой атаман Запорожья Иван Сирко уверял Алексея Михайловича, что все города от Днестра до Днепра хотят „держатися под крепкою рукою вашего Царского величества, доколе души их в телесах будут“. Население не раз просило, чтобы царь прислал на Украину своих воевод. При всех недостатках этой формы правления, которую на своем опыте познали русские люди, введение воеводской власти было признаком хоть какого-то порядка во всеобщем беспорядке. Воевод то изгоняли, то настаивали на их возвращении. Характерно в этом плане письмо нежинского писаря Филиппа Константинова находившемуся в Москве представителю мещан города и крестьян: „Припадайте к степени ног престола государева, чтобы кроме власти государевой ни едина власть власти не имела над нами… в противном случае жизнь наша будет хуже каторжной“. Можно понять поэтому, что даже после заключения Андрусовского перемирия, по которому Правобережье осталось за Речью Посполитой, украинский вопрос полного разрешения не получил.
Последующие военные действия протекали с переменным успехом. Намерение Яна Казимира перенести войну на Левобережье Днепра на первых порах осуществлялось небезуспешно. Польско-литовско-татарское войско заняло несколько городов. Однако под Глуховом король потерпел неудачу и отвел поредевшую рать за Десну, а потом и за Днепр. Не получилась и операция близ Киева и Белой Церкви. Чтобы усмирить поддавшиеся Москве правобережные полки, противник прибег к уничтожению урожая на полях. Татарские загоны мешали русским отрядам сосредоточиться и соединиться с запорожцами. От царя поступали грамоты гетману И. Брюховецкому о лучшей организации совместных действий и налаживании снабжения служилых людей, которые нередко оставались без продовольствия. Удачные действия произвели у Перекопа донские казаки и калмыки. Недалеко от Умани воевода Г. Касогов вместе с казаками разбил прославленного польского полководца Чарнецкого. Но русские силы на Украине были невелики, почему гетман Брюховецкий и просил Алексея Михайловича прислать подмогу. Он писал со своими посланцами, прибывшими в Москву в январе 1665 года, что Украина в тяжком положении. Она — «преддверие Великой России. Если государь потеряет ее, не приславши… ратных людей, тогда неизбежная в Российской земле война будет». Гетман также уведомил царя о разгроме в Полесье польских полков и о других успешных действиях. В «дневальных записках» Приказа Тайных дел за 60-е годы XVII века достаточно часто мелькают сообщения о приеме и отпуске посланцев с Украины. Среди них был и гетман Иван Мартынович Брюховецкий, который удостоился необычной чести. Ему на приеме было «сказано» боярство в знаменательный праздник 22 октября 1665 года после крестного хода с образом Казанской Богоматери. Будучи в Москве, свежеиспеченный боярин женился на русской дворянке. Правда, на родине все это ему не прибавило веса в глазах населения.
В течение 1665 года военные действия между Россией и Речью Посполитой почти прекратились, но переговоры о перемирии не шли на лад. Каждая из сторон стояла на своем, и территориальный спор никак не мог найти разрешения. Король Ян Казимир пытался добиться соблюдения условий, на которые Алексей Михайлович пойти не мог (отказ от всех завоеваний России на Украине, в западнорусских землях и в Белоруссии). Показавший себя в качестве умелого дипломата А.Л. Ордин-Нащокин, в то время уже думный дворянин, усиленно уговаривал царя пойти на уступки Речи Посполитой и поскорее заключить с ней мирное соглашение. В одном из писем Алексею Михайловичу он развернул доводы в пользу своей позиции. Не скрывая антишведских настроений, он ссылался на возможности в дальнейшем усилить связи с дунайскими княжествами, которые после заключения договора с Яном Казимиром «пристанут к союзным государствам и отлучатся от турка». Одновременно Ордин-Нащокин давал знать государю, что в Швеции продолжаются антимосковские козни. Они выражались и в том, что там «составляют злые вести, в Стокгольме печатают и во весь свет рассылают, унижая Московское государство». Оскорбительное содержание шведских известий усматривалось в том, что расписывалась слабость России, недостаток у нее войск, значительная часть которых занята подавлением восстаний внутри государства, включая движение в Башкирии. Ордин-Нащокин подозревал в этом шведского резидента в Москве. Под воздействием такого рода известий польская сторона занимает жесткую позицию. Ордин-Нащокин был склонен пожертвовать Украиной, считая казачество опасной для России силой, лишь бы договориться с Яном Казимиром. Отвечая Ордину-Нащокину, Алексей Михайлович со многим согласился, но относительно судьбы Украины был непримирим. Он наставлял своего дипломата, чтобы тот старался на переговорах отстаивать права России на обе стороны Днепра, однако не исключал и некоторого компромисса: «Иди с миром царским путем средним… не уклоняйся ни на десную, ни на шую, Господь с тобой». Последующая секретная инструкция послам предельной чертой уступок предусматривала Днепр, но лишь после конечной неудачи исходного тезиса о полном присоединении Украины. Царь болезненно воспринимал возможные отступления России по территориальному вопросу, считая себя ответственным перед Богом за православное население этого края. Кроме того, присутствовал и исторический довод — принадлежность Руси земель Малороссии и Белоруссии с давних времен. Алексей Михайлович пытался примирить сановных послов Н.И. Одоевского, Ю.А. Долгорукого и других с вчерашним рядовым дворянином Ординым-Нащокиным. Несогласия в посольской команде мешали совершению дела, Ордин-Нащокин откровенно жаловался на именитых собратьев, с горечью замечая: «…они службишке нашей мало доверяют… у нас любят дело и ненавидят, смотря не по делу, а по человеку…» В другом случае он писал Алексею Михайловичу: «За твое государево дело, не страшась никого, я со многими остудился, и за то на меня на Москве от твоих думных людей доклады с посяганьем и из городов отписки со многими неправдами…» Царь по мере сил старался поддержать Ордина-Нащокина, когда тот вступал в пререкания с «породными" сановниками. На жалобу боярина И.А. Хованского Алексей Михайлович отозвался письмом, где были слова; „Афанасий хотя отечеством и меньше тебя, однако великому государю служит верно, от всего сердца“. Напомнив, что князя называли дураком, царь предупреждал, чтобы тот не заносился. Справедливости ради надо сказать, что и сам жалобщик проявлял гордыню и давал немало поводов для недовольства.