Секуляризационная реформа имела и иные последствия. Государство поправило свои денежные дела, обложив около миллиона вышедших из крепостной зависимости крестьян полуторарублевым налогом. Но главное, реформа окончательно лишила Православную Церковь какого-либо политического значения, поставив ее в финансовую зависимость от государства. Таким образом был приобретен и еще один важный рычаг регламентации духовной жизни общества. Ограничивая жесткими рамками количество подданных, имеющих право посвятить себя Богу, государство тем самым определяло и место Церкви в социально-политической системе. Секуляризация церковных земель означала продолжение секуляризации общества в целом. Духовенство же окончательно превращалось в один из отрядов чиновничества. Именно в этом видела его роль и Екатерина, и впоследствии, занимаясь созданием в России полноценных сословий, она никогда не пыталась сделать таковым духовенство.
Избранная Екатериной тактика постепенных реформ принесла плоды: секуляризация, так дружно принятая в штыки при Петре III, теперь почти не вызвала в обществе протеста. Единственным, кто осмелился поднять против нее свой голос, был архиепископ ростовский Арсений Мациевич, утверждавший, что даже татарские завоеватели не обращались с Церковью так жестоко, как екатерининское правительство. Арестованный по приказу Синода, он был допрошен в присутствии императрицы, наговорил ей дерзостей, от которых она даже зажала уши, был лишен сана и сослан в дальний монастырь. Позднее, когда Арсений — талантливый проповедник — распропагандировал тамошних монахов, его и вовсе расстригли и под именем Андрея Враля отправили в Ревель.
Еще одним важным мероприятием первых лет царствования Екатерины II была отмена гетманства на Украине. В свое время еще Петр I, создавший губернскую систему управления, подчиненную сильной центральной власти, заложил основы устройства Российского государства как унитарного. Однако отдельные территории страны в силу различных причин сохраняли признаки автономии. Екатерина имела по этому поводу вполне однозначное мнение: «Малая Россия, Лифляндия и Финляндия — суть провинции, которые правятся конфирмованными им привилегиями: нарушить оные все вдруг весьма непристояно б было, однакож и называть их чужестранными, и обходиться с ними на таком же основании есть больше, нежели ошибка, а можно назвать с достоверностию глупостию. Сии провинции, также и Смоленскую, надлежит легчайшими способами привести к тому, чтоб они обрусели и перестали бы глядеть как волки к лесу… когда же в Малороссии гетмана не будет, то должно стараться, чтоб навек и имя гетманов исчезло».
Эти слова написаны в начале 1764 г. в секретной инструкции генерал-прокурору Сената и, следовательно, воплощали осознанную стратегическую цель императрицы. Отменить гетманство было несложно, ибо еще с елизаветинских времен этот пост занимал поклонник Екатерины граф Кирилл Разумовский, давно уже живший в Петербурге, редко бывавший на родине и фактически передоверивший все дела своему правителю канцелярии Г. Н. Теплову. Ему же императрица поручила и работу над проектом нового административного устройства Украины. Теплов составил «Записку о Малой России», в которой, в полном соответствии с волей своей державной заказчицы, доказывал, что нынешняя система управления на Украине никак не соответствует характеру самодержавного государства. В конце 1764 г. Разумовский вышел в отставку. Для сохранения видимости, что автономия Украины не уничтожается вовсе, была создана Малороссийская коллегия, во главе которой был поставлен П. А. Румянцев. Он же стал и генерал-губернатором Украины, чем подчеркивалось, что такая смешанная форма управления носит временный характер.
Румянцев был снабжен подробной секретной инструкцией императрицы (Екатерина мастерски умела составлять подобного рода документы), в которой перед ним была поставлена задача постепенно ликвидировать все особенности социально-политического и экономического устройства Украины, с тем чтобы она стала полноценной губернией Российской империи, то есть приносила бы государству такую же пользу, как и все остальные. Екатерина, в частности, была недовольна тем, что на Украине сохранялись монастырские земельные владения, что свободное передвижение украинских крестьян мешало сбору с них податей, да и точное число налогоплательщиков было неизвестно, что там не проводились рекрутские наборы и не существовало никакого контроля за уходящими за границу товарами. Иначе говоря, как она подчеркивала, Российская империя не извлекала из этих земель всей той пользы, на которую могла рассчитывать.
Румянцев успешно справился с возложенной на него задачей. Железной рукой, хотя и постепенно, он ликвидировал все остатки былой казачьей вольницы, изменил прежнее административное деление по общероссийскому образцу и, чтобы успешно собирать подати, прикрепил крестьян к земле, то есть фактически ввел на Украине крепостное право. И в этом — один из парадоксов екатерининского царствования, ибо проблема крепостничества, как уже упоминалось, чрезвычайно волновала императрицу.
В 1765 — 1766 гг. Екатерина через вице-канцлера князя А. М. Голицына вступила в оживленную переписку по крестьянскому вопросу с находившимся в это время за границей князем Д. А. Голицыным — дипломатом и известным ученым. Голицын настаивал на необходимости введения права собственности крестьян на землю и усматривал в этом «прочный фундамент благосостояния государства», без которого «никогда не будут процветать искусства и науки». Он призывал императрицу подать пример освобождения крестьян, полагая, что ему последуют и другие помещики. Правда, при этом он, как и большинство просвещенных людей того времени, считал, что «можно биться об заклад, что, перейдя так быстро от рабства к свободе, они (крестьяне. — А. К.) не воспользуются ею для упрочения своего благосостояния и большая часть из них предастся праздности, так как… наш крестьянин не чувствует глубокой любви к труду». «Я хорошо знаю, — утверждал князь, — что леность неразлучна с рабским состоянием и есть его результат; продолжительное рабство, в котором коснеют наши крестьяне, образовало их истинный характер и в настоящее время очень немногие из них сознательно стремятся к тому роду труда, которой может их обогатить. Но как бы то ни было, лучшее, наиболее верное средство состоит в том, чтобы постепенно вывести их из подобного состояния и теперь же начать подготовлять их к этому».