В литературе иногда преследование императрицей новиковского кружка связывается с началом 1790-х гг. и рассматривается как одно из проявлений реакции екатерининского правительства на события французской революции. Но гонения на московских мартинистов начались задолго до того.
Так, изданный еще в 1782 г. Устав Благочиния запрещал любое не утвержденное законом «общество, товарищество, братство» — мера, явно метившая в масонские ложи. Указами 1784 г. Екатерина пыталась урезать права Новикова на издание ряда книг неугодной ей тематики. В 1785 г. последовал указ императрицы о составлении росписи всех новиковских изданий и ревизии их — с тем, чтобы впредь не появлялись книги, в которых так или иначе затрагивались социально-политические идеи масонов — их «колобродство, нелепые умствования и раскол». Одновременно архиепископу Платону предписывается испытать Новикова в православной вере — это было первым серьезным предостережением ему лично. В 1786 г. императрица повела наступление и на благотворительную деятельность московских мартинистов, повелев взять под административный надзор частные школы и больницы и вообще установить наблюдение за всеми учреждениями новиковского кружка. 27 июля 1787 г. было запрещено в светских типографиях печатать, а в конце года продавать в частных книжных лавках сочинения, так или иначе касавшиеся Церкви и Священного писания. В 1788 г. последовал запрет Екатерины на аренду Новиковым типографии Московского университета, которая с 1779 г. служила базой всех его издательских предприятий, — это уже поставило новиковский кружок на грань разорения. Окончательному же разгрому он был подвергнут, как известно, весной и летом 1792 г., когда Новиков был арестован. Поводом послужило подозрение в издании запретных книг и содержание тайной типографии в его имении Авдотьино. Вместе с ним к следствию были привлечены и другие видные московские мартинисты.
Не следует, однако, думать, что Екатерина II при всем этом руководствовалась одним лишь стремлением задушить кружок московских мартинистов как самостоятельную идейно-общественную силу, не вписывающуюся ни в абсолютистскую систему, ни в официальную церковную идеологию. Дело было также и в том, что императрица не без оснований почувствовала в их умонастроениях и практических действиях нечто для себя, еще более опасное — их притязания на непосредственные сношения с наследником престола, что уже прямо затрагивало «святая святых» ее царствования — ее собственные династические права.
Будучи наследником, великий князь Павел Петрович был весьма популярен среди масонов. Их привлекали и его нравственные качества, еще не деформированные, сложными обстоятельствами его последующей жизни, и некий ореол мученичества, проистекавший из его двусмысленного положения при дворе узурпировавшей престол матери, и его благотворительные усилия по облегчению участи гатчинских крестьян и солдат. «Исправление нравов общества» как один из важнейших пунктов масонской программы естественным образом связывалось с личностью просвещенного государя, который уже одним своим нравственным примером мог, как никто другой, способствовать достижению этой цели. Павел и представлялся московским мартинистам именно такой идеальной фигурой на троне. Свои надежды они поэтому всецело возлагали на то, что цесаревич рано или поздно займет российский престол. Пока же они всячески стремились заручиться его покровительством. Свои ожидания московские мартинисты выражали едва ли не публично. В рукописных сборниках масонов и в их печатных изданиях расходилось немало стихотворных панегириков, обращенных к Павлу. Так, в 1784 г. в одном из журналов новиковского кружка появилась масонская песня (ее авторство приписывалось И. В. Лопухину), недвусмысленно признававшая Павла будущим российским монархом:
И далее следовал припев, как рефрен повторявшийся в других строфах:
Вообще— то в этом или в подобных случаях не было, казалось бы, ничего предосудительного, поскольку Павел являлся официальным наследником престола. Однако при живой, активно действующей и еще весьма далекой от преклонного возраста императрице, овеянной к тому же культом всеобщего почитания, это звучало не просто вызовом, но вопиющей политической бестактностью, болезненно задевавшей ее царственные чувства.
Вместе с тем участники новиковского кружка хотели видеть цесаревича среди своих «братьев»-масонов с тем, чтобы в будущем масонская организация составляла бы священную охрану своего государя, а до того защищала бы цесаревича от угрожавших ему придворных интриг и иных напастей. Ведь перед их взором были уже апробировавшие себя прецеденты «коронованных масонов» — в Стокгольме царствовал приверженец шведского масонства Густав III, а в Пруссии короля-«вольтерянца» Фридриха II сменил на престоле в 1786 г. склонный к мистицизму, ревностный масон-розенкрейцер Фридрих-Вильгельм.
Намерения на этот счет московских масонов были достаточно серьезны. Летом 1782 г. в Вильгельмсбаде состоялся общемасонский конвент, на котором Россия была объявлена VIII (из общего числа IX) провинцией европейского масонства. Когда вскоре в том же 1782 г. руководитель русских розенкрейцеров И. Г. Шварц приступил к организации ее высших органов, то первая по своему значению должность Великого провинциального мастера была оставлена вакантной — для замещения ее цесаревичем Павлом, которого, таким образом, московские розенкрейцеры хотели видеть главой русского масонства. Этот замысел не был реализован, но вопрос о занятии цесаревичем поста Великого мастера обсуждался ими и в последующие годы, по этому поводу они вели переписку со своими прежними наставниками по ордену розенкрейцеров и даже посылали с этой целью в Берлин своих эмиссаров.
Возможно, в какой-то мере с этим связаны контакты новиковского кружка с Павлом через посредство известного архитектора (и розенкрейцера с 1784 г.) В. И. Баженова — давнего и близкого друга цесаревича, участвовавшего позднее в строительстве Михайловского замка, но контакты эти могли иметь под собой и более глубокую политическую подоплеку.
Первая поездка Баженова к Павлу в Петербург была предпринята в конце 1784 — начале 1785 г. для установления более тесных отношений с наследником и, очевидно, для введения его в курс намерений розенкрейцеров. Тем более что Павлу они были уже хорошо известны, в частности, сам Новиков, который свой знаменитый «Опыт словаря русских писателей», выпущенный еще в 1772 г., посвятил цесаревичу — знаменательно, что в год его совершеннолетия, да и позднее подносил ему свои издания. Павел мог многое знать о Новикове и по его давним отношениям с ближайшими к себе людьми. Еще в середине 1770-х гг. Новиков познакомился в Союзной ложе Елагина-Рейхеля с соучеником и любимцем Павла А. Б. Куракиным, завязал тогда же знакомство с Н. И. Паниным и Н. В. Репниным, который впоследствии более тесно сблизился с новиковским кружком.