На шхуне «Ласточка» износились паруса, и её отправили в Николаев обновить снаряжение.
Лазарев, скупой на похвалу, по достоинству оценил службу В. Истомина, вскоре посылает рапорт Меншикову о повышении в должности и звании.
«Лейтенанта В. Истомина, в. с-ть непременно произвели бы сами, если бы увидели возвращение в зимнее время шхуну «Ласточку»; описываемые мне в партикулярном письме Катакази отзывы о ней англичан и французов, командовавших военными судами в Архипелаге, и в особенности флота капитана Лайонса, возвышают честь российского флота за границей... Истомин восьмой год как служит лейтенантом и 13 лет — офицером, я намерен представить в. св-ти о назначении его командиром на имеющей заложиться послезавтра корвет и в таком случае чин капитана-лейтенанта очень соответствовал бы таковому командованию. Познания его и заботливость по службе доставят флоту отличнейший корвет».
В июле 1840 года Истомин произведён в капитан-лейтенанты и назначен командиром корвета «Андромаха».
Две кампании «Андромаха» с перерывами на ремонт и отдых экипажам крейсировала в Абхазской экспедиции у берегов Кавказа. Турецкие контрабандисты в эту пору присмирели, не решались действовать в открытую, использовали непогоду и тёмными ночами под берегом иногда ускользали от дозоров. Вовсе прекратили свои визиты английские лазутчики, так как Лазарев решительно пленил их суда без оглядки на Петербург. Другое дело, что на побережье горцы продолжали частыми набегами на укрепления наносить иногда значительный урон войскам. Тогда армейские начальники обращались за помощью к морякам.
В 1844 году корабли флота для усиления армии на Кавказе переправили через Керченский пролив пехотную дивизию. С приходом нового командующего, наместника на Кавказе, генерала Воронцова, действия против горцев активизировались. Для налаживания более тесного взаимодействия с войсками Лазарев назначил В. Истомина своим представителем при ставке наместника:
— Поимейте в виду, Владимир Иванович, — наставлял Лазарев перед убытием Истомина, — Воронцов вояка стрелянный со времён Наполеона. Потому Старайтесь лицом в грязь не ударить. Впрочем, вы дипломатии в Греции обучились.
Три с лишним года провёл Истомин в ставке Воронцова. Приходилось ему не только обеспечивать взаимодействие войск на Кавказском побережье, но и сопровождать Воронцова на Каспий, где он начал операцию против Шамиля. Но связи с флотом Истомин не порывал, о чём свидетельствует его переписка с Лазаревым.
Лазарев благодарит Истомина за сведения о Каспийском театре, старается подбадривать его в борьбе с местными казнокрадами:
«Честность, самолюбие и деятельность, соединяясь вместе, расторгают всякие преграды, и никакая бестия против них не устоит».
Лазарев сообщал Истомину о всех важных событиях флотской жизни, о строительстве офицерского собрания, о восстановлении Морской библиотеки. Не забывает и о дружбе Истомина с Нахимовым. «Кагул» назначен в Абхазский отряд, и на нем пойдёт П.С. Нахимов. Может быть, вы там его увидите».
«Зимой 1848 года в Новороссийской бухте, во время жестокого урагана, бури, — Лазарев делился своими переживаниями за утраты, — выкинуло на берег корвет «Пилад», бриг «Паламед», пароход «Боец» и транспорт «Гостогай», а тендер «Струя» затонул на бриделе со всем экипажем, командиром и офицерами! Подобного ужасного случая никогда ещё не было... Бедная «Струя»! Если бы он догадался отдать ночью свои цепи у бочки, то хоть и разбило бы его на берегу, но спаслись бы люди! Если ко всему этому, т.е. к ужасному этому урагану, прибавлю вам, что морозу тогда было -14°, то вы можете представить себе, в каком положении суда наши в Новороссийске находились и что они вытерпели! Многие из офицеров и нижних чинов остались с отмороженными членами!..»
Истомин в курсе всех событий на флоте. Получив от Лазарева известие о закладке новых кораблей, он отвечает: «Я был душевно рад прочесть, что взамен «Варшавы» заложен 120-пушечный корабль «Париж» и что он строится по плану «Двенадцати апостолов».
Распространяться об этом прекрасном корабле считаю излишним, но не могу не поздравить в.в. пр-во с тем, что постройкой этого нового корабля вся старая грейговская ветошь Чёрного моря окончательно вычеркнется из списков и что, следовательно, таких пятнадцать кораблей, какие теперь в Черном море находятся, не представит ни одна из морских держав».
Истомин ещё не знает, что Лазарев уже прочит ему командовать «Парижем», а пока он участвует в схватках Кавказской войны...
За отличия в сражениях он удостаивается ордена Святой Анны II степени. В 1847 году проявляет отвагу при штурме укрепления Шамиля в Салтах, ему присваивают звание капитана 1-го ранга и назначают командиром 120-пушечного корабля «Париж». С первых шагов он приводит корабль в образцовое состояние, а выучку экипажа строит по образцу подготовки на «Двенадцати апостолах». Первую кампанию 1850 года «Париж» успешно крейсирует в Абхазской экспедиции у восточных берегов Чёрного моря. Возвратившись из плавания, зимой 1851 года, Истомин по просьбе Лазарева сопровождает его на лечение в Вену и находится с ним до последних дней. «В это время, — вспоминает племянник В. Истомина, — несмотря на жестокие мучения, изо дня в день увеличивающуюся слабость, Лазарев продолжал заниматься делами, заботился о родном флоте, делал распоряжения, подписывал бумаги. Дяде пришло в голову, в интересах семьи умиравшего, воспользоваться его доверием. Не говоря никому, дядя подготовил всеподданнейшее письмо на имя Государя, в котором Лазарев вручал свою семью его милостивой заботливости. Лазарев, лёжа в постели, подписывал бумаги и заметил необычный формат одной из них. «Что это такое?» — спросил он. Дядя молчал. Лазарев взял бумагу, пробежал её глазами и обратился с укором к дяде. «Как могли вы, Владимир Иванович, обмануть моё доверие? — сказал он. — Во всю жизнь я ни разу не просил ни о чём; не теперь изменять своим правилам». И он разорвал бумагу».