Макаров досрочно получает чин капитана 2-го ранга. На его мундире два новых ордена, Святого Георгия IV степени и Святого Станислава II степени.
Победоносное окончание русско-турецкой войны принесло освобождение болгарскому народу от пятивекового османского ига...
В 1879 году С. Макаров возвращается на Балтику. Он назначается командиром отряда миноносок, но вскоре приказ был отменен.
Генерал Скобелев, опытный колонизатор, жестокий по натуре, познакомился с Макаровым во время Русско-турецкой войны. Теперь Скобелеву поручили Ахал-Текинскую операцию, чтобы России утвердиться в Средней Азии.
Без помощи морем успеха не достичь, и Скобелев попросил назначить заведовать морской частью С. Макарова. Со своими задачами Макаров успешно справился и был произведён в капитаны 1-го ранга.
В 1881 году Макарова командируют в Константинополь командиром «Тамани» в распоряжение посла. И здесь Макаров находит себе дело — проводит исследование характера течений в Босфоре. В результате было открыто два течения: верхнее — из Чёрного моря в Мраморное и нижнее — из Мраморного моря в Чёрное. Появилась работа «Об обмене вод Чёрного и Средиземного морей», за которую Макарова удостоили премией Академии наук. И вновь Макаров на Балтике, командует броненосным фрегатом «Князь Пожарский», который становится образцовым кораблём. В зимнее время Макаров читает лекции в Кронштадтском морском собрании, Географическом обществе и готовится к кругосветному плаванию на корвете «Витязь», куда он был по его просьбе переведён осенью 1885 года.
31 августа 1886 года «Витязь» отправляется из Кронштадта в кругосветное плавание. Посетив Мадейру, острова Зелёного мыса, Рио-де-Жанейро и благополучно пройдя Магелланов пролив, корвет через четыре месяца вышел в Тихий океан. Из Вальпараисо «Витязь» направился в Иокогаму, останавливаясь по пути на Маркизовых и Сандвичевых островах. Побывав в Японии, корабль вошёл в состав Тихоокеанской эскадры. Полгода «Витязь» тщательно обследует Дальневосточное побережье, обходит порты и гавани Охотского моря, Камчатки, посещает острова Беринга и Медный... Цель этого плавания — выяснить и определить пригодность их к базированию кораблей на случай войны.
Во время болезни адмирала А. Корнилова, Макаров временно назначается командующим эскадрой. Макаров знал, что рано или поздно неизбежно столкновение с Японией. До прибытия «Витязя» подготовка кораблей шла вяло, по-казённому. Став во главе эскадры, Макаров немедленно принялся за боевую подготовку, приближённую к реальным условиям войны. В непогоду, днём и ночью он учит тому, что может быть на войне. В эту пору родился его знаменитый призыв-завет: «Помни войну...» Обратно в Россию корвет отправился через Индийский океан, Суэцкий канал, Средиземное море. 20 мая 1889 года «Витязь» стал на якорь на Большом Кронштадтском рейде. Почти 1000 дней находился корвет в десятках стран, пересёк океан, добрый десяток морей. Его экипаж провёл тысячи наблюдений и замеров окружающей среды. Все они были тщательно обработаны и проанализированы Макаровым и легли в основу его капитального труда «Витязь» в Тихом океане».
В 1890 году «за отличие по службе» он был произведён в контр-адмиралы. На следующий год его назначили инспектором морской артиллерии, и тогда же за свой труд «Витязь» в Тихом океане» он удостоился Академией наук престижной Макарьевской премии и Золотой медали Русского географического общества. В 1894—1896 годах Степан Осипович совершил второе кругосветное путешествие: в конце 1894 года из Петербурга он прибыл в Средиземное море, а в 1895 году перешёл на кораблях объединённой Тихоокеанской эскадры через Суэцкий канал на Дальний Восток. Получив назначение старшего флагмана дивизии Балтийского флота, перешёл через Тихий океан в Северную Америку, по сухопутью пересёк её и Атлантическим океаном вернулся на родину. В 1896—1897 годах выступал перед военными моряками с лекциями «Рассуждения по вопросам морской тактики»[37], в которых излагал прогрессивные взгляды на развитие Российского военно-морского флота. Тогда же начал усиленно заниматься проблемами освоения Арктики с помощью ледоколов.
В 1896 году Макарову присвоили звание вице-адмирала. В январе 1897 года он подаёт записку морскому министру:
37
«Хоть наш флот ещё совсем молод, — сказал капитан, — но странно было бы, если бы не знали книгу, достоинства которой оценены во всех странах Европы и Америки».
В России этот ценный труд С. Макарова увидел свет лишь после его гибели.