При царе Фёдоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Фёдором, считали, как будто и нет его...»
Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Фёдор возвёл шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 году царь Иван казнил последнего конюшего — князя А. Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил этот чин. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 года боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 года и в апреле 1586 года Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 года в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.
Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостинины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Фёдора окольничий князь Д. И. Хворостинин получил чин боярина, а его брат Ф. И. Хворостинин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 года боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 года чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешин — человек, преданный Борису Годунову. В 1584 году чин окольничего получил князь Пётр Семёнович Лобанов-Ростовский, приближённый Годуновых. В 1585 году боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Фёдора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 года боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584—1585 годах в Боярской думе оказалось много сторонников Шуйских. Так, в 1584 году из окольничих в бояре попал Ф. В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В. В. Головин.
Коронация Фёдора даёт клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 года боярство получает князь Фёдор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 года боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Фёдор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те, и другие были родственниками царя Фёдора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Дмитрия и приход к власти Богдана Бельского с шайкой наглых и жадных Нагих.
После коронации Фёдора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а, наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьёзно болел. В августе 1584 года Никита окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были ещё сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.
Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 года сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем ещё молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраамия Палицына. Согласно «Сказанию...» Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 года Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 года.