Первое достоверное упоминание о Гермогене относится к 1579 году, когда он был приходским попом казанской церкви Святого Николая в Гостином дворе. К этому времени Гермогену было около пятидесяти лет.
Гермогену приписывают участие в «чудесном обретении» одной из главных православных святынь — иконы Казанской Богородицы. Также ему приписывают и сочинение «Сказания о явлении иконы и чудесах её», отправленного духовенством Ивану Грозному.
В середине 80-х годов XVI века Гермоген потерял жену. В 1587 году он отправился в Москву и постригся в Чудовом монастыре. Затем Гермоген возвращается в Казань и быстро делает головокружительную карьеру. В 1588 году он уже игумен, а затем архимандрит казанского Спасо-Преображенского монастыря. 13 мая 1589 года в новоучреждённой Казанской и Астраханской митрополии Гермоген, возведённый в сан епископа, становится первым митрополитом.
Современники утверждают, что у Гермогена не было столь громкого голоса, как, к примеру, у патриарха Иова, звучавшего, «аки дивная труба». Но Гермоген был «словесен и хитроречив, но не сладкогласен», «нравом груб», «прикрут в словесах и возрениях».
Гермоген был вспыльчивым, властным и жестоким человеком. А как раз эти качества больше всего и учитывались в казанских священнослужителях. Во второй половине XVI века власти проводили массовое обращение в христианство населения Казани и окрестных земель. Местные жители — мусульмане или язычники — активно и пассивно сопротивлялись насильственному обращению в православие. То же самое можно сказать о немцах и чухонцах, взятых в плен в ходе Ливонской войны и сосланных на жительство в Казанский край.
В 1593 году казанский митрополит Гермоген писал царю Фёдору, что «в Казани и в уездах Казанском и Свияжском живут новокрещёные вместе с татарами, чувашами, черемисами и вотяками, едят и пьют с ними, к церквам божиим не приходят, крестов на себе не носят, в домах образов и крестов не держат, попов не призывают и отцов духовных не имеют. Обвенчавшись в церкви, перевенчиваются у попов татарских, едят скоромное в посты. Живут мимо своих жён с немецкими пленницами». Гермоген «призывал их и поучал, но они ученья не принимают и от татарских обычаев не отстают, и совершенно от христианской веры отстали, о том сильно скорбят, что от своей веры отстали, и в православной вере не утвердились, потому что живут с неверными вместе, от церквей далеко. И видя такое неверье в новокрещёных, иные татары не только не крестятся в православную веру, но и ругают её. Да прежде, в сорок лет от казанского взятья, не бывали в татарской слободе мечети, а теперь стали мечети ставить близ посада на лучный выстрел». Гермоген писал далее, что многие русские люди живут у татар, черемис, чувашей, вступают с ними в браки. Много русских живёт в слободах и деревнях у немцев, причём добровольно и «при деньгах». И все эти люди от православной веры отошли, живущие у татар приняли мусульманство, а у немцев — католичество и лютеранство.
Царь Фёдор, разумеется, с подачи Годунова, приказал казанским воеводам переписать всех новокрещёных, велел выделить им слободу в Казани с православной церковью и полным причтом. А если кто из них не захочет добровольно переселяться и строиться на слободе, тех отдавать на поруки богатым и благонадёжным православным, а кого и в тюрьму сажать. Царь велел воеводам выбрать надёжного сына боярского и поставить его за этой слободой следить, чтобы новокрещёные православные были крепки в вере, женились бы только на русских и дочерей своих выдавали за русских. А которые будут замечены в неверности, тех усмирять всеми способами: сажать в тюрьму, ковать в железа и в цепи, бить батогами, на особенно же неблагонадёжных Гермогену велено было налагать епитимью. А все мечети царь Фёдор велел воеводам разрушить, чтоб и следа от них не осталось.
Далее царь приказывал воеводам запретить русским людям жить у татар и у немцев. Русских, отрабатывающих долги, по возможности выкупать, а задолжавших крупные суммы отправлять к новокрещёным в обмен на чухонцев, которых отдавать иноверцам. Последним запретить впредь русских людей нанимать на работу и денег им взаймы не давать.
Указания царя Фёдора казанским воеводам значительно укрепили авторитет Гермогена. Митрополиту удалось навести порядок в Казанском крае. До нас дошло «Послание наказа-тельное всем людям», где митрополит возмущается нарушением чинности церковной службы, когда попы и дьяконы для скорости читали и пели разные тексты хором (до пяти-шести голосов), а миряне в это время скучали, дремали или разговаривали. Гермоген стращал паству, утверждая, что «всё ведает и зрит».