При строительстве храма в Спасо-Преображенском монастыре в Казани были случайно найдены могилы первого Казанского архиепископа Гурия и епископа Тверского Варсонофия, который жил в сей обители на покое. Гермоген не растерялся, собрал клир, лично вскрыл гробы и явил свету нетленные мощи обоих старцев. Далее в Москву ушло послание к патриарху с описанием чудес и мощей. В результате оба были причислены к лику святых. Память Гурия православная церковь отмечает 5 декабря, а Варсонофия — 11 апреля. В 1596—1597 годах Гермоген написал «Житие...» новым казанским святым.
Историк Р. Г. Скрынников утверждает, что патриарх Иов умышленно задержал прибытие Гермогена в Москву на избрание на царство Бориса Годунова. Судя по всему, казанский митрополит был враждебно настроен к Борису. Возможно, с этим было связано и разделение Казанской епархии на две — Казанскую и Астраханскую. По официальной церковной версии, сам Гермоген ходатайствовал перед патриархом о разделении епархии и предложил Феодосия в качестве кандидата в астраханские архиепископы. От себя замечу, что Феодосий был абсолютно предан Иову и Борису Годунову.
Взойдя на престол, Лжедмитрий I решил приблизить к себе казанского митрополита, подобно другим светским и духовным лицам бывшего в опале у царя Бориса. Гермоген приехал в Москву, но тут же проявил свой крутой и агрессивный нрав. Гермоген и коломенский архиепископ Иосааф заявили царю Дмитрию, что его венчание с католичкой Мариной не будет законным, если невеста не примет православия.
Гермоген ещё в Казанском крае изрядно поднаторел на обращении иноверцев в православие. Он ещё в 1598 году составил Сборник чинов крещения мусульман, католиков и других иноверцев. Согласно этому Сборнику христиан иных конфессий и католиков в особенности необходимо было крестить заново, так как их «обливательное, а не православное погружательное крещение истинным таинством не является».
Однако остальные православные иерархи отказались поддержать Гермогена и Иосаафа. По приказу Лжедмитрия Гермогена отправили в Казань и там заточили в монастырь. А может, и не заточили, и церковники написали об этом для красного словца, благо сана митрополита его никто не лишал. По неведомым причинам Иосаафа оставили в покое.
После убийства самозванца Гермоген из опального митрополита превращается в патриарха. Но когда Гермоген приехал из Казани в Москву, когда и при каких обстоятельствах стал главой русской православной церкви, доподлинно неизвестно. Светские историки Соловьёв, Костомаров, Скрынников и другие дают каждый свою версию. Церковные же историки вообще стараются обойти сей деликатный вопрос.
Вот, к примеру, Д. Лавров в книге «Святой страстотерпец, благоверный князь угличский царевич Дмитрий, московский и всея России чудотворец», изданной в типографии Троице-Сергиевой лавры в 1912 году и утверждённой ректором Московской Духовной академии епископом Фёдором, пишет о перезахоронении мощей Дмитрия Угличского 6 июня 1606 года: «Три дня стоял гроб (с Дмитрием. — А. Ш.) открыт для удостоверения народа и в ожидании окончания приготовления к торжественным похоронам. Для предания тела царевича земле раскопана была засыпанная могила Годунова в приделе, где лежали царь Иоанн Грозный и его два сына.
Похороны однако не состоялись, потому что „как поставили его царевича в церкви Архангела Михаила, и от его святых мощей пролились реки милосердия, много расслабленных великим чудом уздоровились“[63]; вследствие чего царь с собором иерархов решили открыто поставить их в Архангельском соборе для торжественного чествования».
Обратим внимание, Лавров пишет: «...царь с собором иерархов». А где же патриарх? Ранее Лавров писал, что в Углич за мощами царевича «послана была комиссия из людей именитых: посланы были Филарет, митрополит Ростовский (бывший Фёдор Никитич Романов), Феодосий, архиепископ Астраханский и бояре». Важная деталь: Филарет назван митрополитом, и любопытная деталь: как астраханский архиепископ оказался во второй половине мая в Москве?
Во время встречи мощей царевича ни в селе Тайнинском, ни в Москве патриарх не упомянут. По Лаврову получается, что с середины июня 1606 года патриарха в Москве не было.