Весной 1586 года Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. На подкуп московских купцов и «чёрных людей» были потрачены крупные суммы. Шуйские распускали самые нелепые слухи. Так, например, Борису Годунову приписывалось намерение свергнуть с престола Фёдора и посадить на царский трон католика — австрийского принца, женив его на царице Ирине.
Борис Годунов, в свою очередь, передал большие суммы начальникам всех стрелецких полков.
В те времена в Московском государстве, как и через 500 лет при большевиках, тщательно скрывались все народные восстания. Поэтому о бунте московского населения в мае 1586 года никаких официальных документов не сохранилось. Мало того, в конце 1586 года русские послы в Польше и Австрии категорически опровергали слухи о том, что царь Фёдор в «Кремле-городе в осаде сидел». Они говорили: «Того не бывало, то нехто сказывал негораздо, бездельник. От ково, от мужиков в осаде сидеть? А сторожи в городе и по воротам, то не ново, издавна так ведетца для всякого береженья».
Послы нагло врали, как, впрочем, и положено дипломатам. Расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной неопровержимостью. В середине мая 1586 года монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видим, монастырские служки и холопы в дни осады охраняли кремлёвские стены вместе с верными Годуновым стрельцами.
Поднимать население на восстание — дело крайне опасное, особенно когда зачинщики восстания стремятся не к радикальным переменам, а к простой смене правителей. Это ещё раз показал московский бунт 1586 года: чернь вышла из-под контроля Шуйских. Уничтожение клана Годуновых и, возможно, Романовых, могло произойти только ценой большой крови и полного разгрома стрельцов. А что потом? Смогли бы в случае победы Шуйские обуздать московскую чернь? Однозначных ответов на эти вопросы у Шуйских, видимо, не было, и они решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. В нашей исторической литературе его принято называть сторонником Шуйских. На самом же деле Дионисий был хитрым и чрезвычайно честолюбивым человеком. Его поведение свидетельствует о том, что он не желал полной победы ни Шуйским, ни Годуновым. А сторону тех и других Дионисий принимал исключительно из тактических соображений. Он вёл свою борьбу за власть. Заметим, у него было много шансов на успех. Дионисий мечтал стать наставником и фактическим правителем при набожном царе Фёдоре. В Средние века отмечены десятки случаев, когда глава церкви становился главой светской власти при неспособном правителе.
С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Из толпы вышли два купца и сказали князю: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть». В ту же ночь эти два купца были схвачены.
Какое-то время условия соглашения между Годуновыми и Шуйскими более-менее выполнялись обеими сторонами. А тем временем Шуйские готовили страшный удар Борису — развод царя Фёдора с Ириной. (У Фёдора и Ирины не было детей, хотя царица неоднократно беременела, но каждый раз случались выкидыши).
Вскоре представители земства вместе с митрополитом явились во дворец и подали царю Фёдору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение это было равнозначно соборному приговору: его подписали князь Иван Шуйский и ряд членов Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада — гости и торговые люди.
Шуйские недооценили характер Фёдора. Ещё в последние годы жизни Иван Грозный пытался заставить развестись Фёдора, но каждый раз наталкивался на решительное сопротивление. Применить же крайние меры после убийства царевича Ивана Грозный не решался. Сейчас же развода требовал не свирепый царь-отец, а подданные. Заметим, что хотя Фёдор не любил лезть в государственные дела и доверял это ближним боярам, но при этом никогда не считал их равными себе.
Царь категорически отверг идею развода. Кроме того, красноречивому Борису удалось перетащить на свою сторону митрополита Дионисия. Вопрос о разводе царя был снят.
Настал черёд и Годунову нанести ответный удар. Шуйских он решил оставить напоследок, а пока надо было свергнуть церковную верхушку. 13 октября 1586 года по приказу царя митрополит Дионисий был лишён сана. Борис Годунов довольно мягко обошёлся с честолюбивым митрополитом. Дионисия сослали в новгородский Спасский Хутынский монастырь, игуменом которого он был до своего назначения на митрополию. Его ближайшего сподвижника Сарайского и Крутицкого епископа Варлаама Пушкина отправили в Антониев монастырь в Новгороде. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении. Место Дионисия на митрополичьей кафедре занял Иов.