Далее Гермоген пишет, что хотя царю Василию покорились люди всех вер в Московским государстве, но нашлись и злодеи, верящие в спасение Дмитрия. «А ныне, по своим грехом, забыв страх божий, воста плевел, хощет поглотити пшениценовные класы. Окопясь разбойники, и тати, и бояр и детей боярских беглые холопи в той же прежепогибшей и осквернённой северской украйне, и сговорясь с воры с казаки, которые отступили от бога и от православные вери и повинулись сатане и дьявольским четам».
Любопытна и интерпретация патриархом восстания Болотникова, войска которого подошли в то время к Москве. «Да к Москве же ноября в 15 день от них, злых еретиков, и грабителей, и осквернителей, из Коломенского приехали к государю царю и великому князю Василию Ивановичу всея Руси с винами рязанцы Григорий Сумбулов да Прокопей Ляпунов, а с ними многие рязанцы дворяне и дети боярские, да стрельцы московские, которые были на Коломне. И милосердный государь царь, по своему царскому милосердному обычаю, приемлет их любезно, аки отец чадолюбив, и вины их вскоре им отдаёт. И после того многие всякие люди от них, воров и еретиков, из Коломенского и из иных мест прибегают. И государь царь, милостивым оком на них взирая, жалует их не по их винам своим царским жалованьем. А тех воров, которые стоят в Коломенском и в иных местах (царские советники и народ) государя молят беспрестани и бьют челом, чтобы государь их пожаловал, велел им идти в Коломенское. Тем временем умыслили, бесом вооружаемы, те проклятые богоотступники и христианские грабители бесом собранный свой скоп разделити надвое. И послали половину злого своего скопу из Коломенского через Москву реку к тонной к Рогожской слободе. И ноября в 26 день, на праздник великого страстотерпца христова Георгия, вниде слух во уши государю царю и великому князю Василью Ивановичу всея Руси, что те злодеи перешли Москву реку. Он же, милосердный государь, не на них, злодеев, на оборону загородных слобод послал за город бояр своих и ратных людей. А велел с великим терпением оберегати слобод, а ждати их, чтобы ся обратили ко спасению. Те же злые и суровые, бесом подстрекаемы на свои души, забыв бога, пришли от слободы гонныя яко за поприще. Московская же богом собранная рать, видя бесстыдный их приход, положа упование на бога и призывая в помощь великомученика христова Георгия, и вооружася каждый ратным оружием, опернатев яко напоборнии орли в шлем спасения, ополчася по достоянию и устремилися на них, проклятых злых грабителей. Пойма елико надобет живых всяких многих воров прислали к государю царю, а тех всех без остатка побиша. И корысти их всякия поймали, по писанному: „Ров изры и ископа и впадеся в яму, юже содела“, и „обратися болезнь их на главы их“. И государь царь и о тех побитых всего мира супостат душею скорбит и молит бога о достальных, чтобы их бог обратил ко спасению».
В конце 1606 года митрополит Казанский Ефрем публично отлучил от церкви дворян и посадских людей, выступивших на стороне Лжедмитрия II и нарушивших крестное целование царю Василию. В результате жители города Свияжска, поцеловавшие было крест Лжедмитрию II, принесли повинную Василию Шуйскому. Конечно, сейчас трудно сказать, что более повлияло на свияжцев — анафема Ефрема или поражение Болотникова под Москвой?
22 декабря 1606 года Гермоген отправил разрешительную грамоту митрополиту Ефрему. Гермоген представил дело так, что он уговорил царя не карать строптивых свияжцев за измену На самом деле Шуйскому было политически не выгодно карать перебежчиков, да и сил у него недоставало. А теперь их прощает и сам патриарх, снимая проклятие Ефрема: «И великий государь... по своему царскому милосердному обычаю и по нашему прошению их пожаловал, вины их им отдал. Да и мы, полагаюся на судьбы, паче же и на щедроты божия, их також соборне простили и разрешили... А свияжен бы еси, сыну, дворян, и детей боярских, и всяких людей простил и разреши и приношение у них к церквам божиим приимати велел по прежнему».