А Ефрему патриарх даёт конкретное указание следить за своими подопечными, причём называет конкретных попов, правда, не по именам, а по названиям церквей: «Да и в Казани б если оберегал от тое смуты накрепко, чтобы люди божии не погибали душою и телом. Да смотрел бы еси и над попы накрепко, чтобы в них воровства не было. А больши всех смотри над Софейским, да над Покровским, да над Ирининским — тольке они не переменят своих обычаев, и им в попах не быти!»
Гермоген оказывает Шуйскому не только моральную, но и материальную поддержку. Он передал царю Василию большую часть патриаршей казны, обложил самые богатые монастыри огромным принудительным безвозвратным займом в пользу царя. Особенно пострадали Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев монастыри. Келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабеже в монастыре от царя Василия».
«Благочестивый царь» немедленно пустил на переплавку драгоценную церковную утварь, чем добыл довольно приличные запасы золота. В результате церковных экспроприаций Василий Шуйский первым из московских властителей стал в начале 1607 года чеканить золотые монеты. Естественно, что большинство этих золотых монет ушло на оплату русских и иностранных наёмников.
7 июня 1607 года войска князя Андрея Голицына разбили войско Болотникова на реке Восме. Получив известие о победе, Гермоген немедленно разразился «богомольной» грамотой. В грамоте традиционно обличались противники Шуйского, «восстающи на церкви божии и на христианскую нашу истинную веру». Замечу в скобках, что в войске Болотникова почти не было поляков. Было, правда, несколько немцев-лютеран, которые исправно служили ещё царю Борису. Победу на Восме, по мнению патриарха, обеспечило вмешательство свыше: «И такая, сыну, великая победа благочестивому государю нашему... совершилась милостью небесных сил».
После взятия Тулы и пленения Болотникова и «царевича Петра» царь Василий распустил войско, а сам отправился в Москву, считая войну законченной.
Гермоген был возмущён, всеми силами он пытался заставить царя идти на Стародуб Северский, занятый Лжедмитрием II. Причём обвинить лично Василия Шуйского в глупости и трусости патриарх не решился, зато вволю обличал «советников лукавых», которые «царя уласкали в царствующий град в упокоение возвратиться, когда грады все украинные в неумиримой брани шли на него» и «ещё крови не унялось пролитие».
Но всё было напрасно. Пятидесятипятилетнему царю попал бес в ребро. 17 января 1608 года состоялась царская свадьба. Василий Иванович женился на Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, которая была почти втрое моложе него. В летописи сказано, что патриарх молил царя отказаться от сочетания браком, но юная Машенька была куда милей царю, чем суровый старец.
Вскоре дела Шуйского пошли совсем плохо. Лжедмитрий II стал с войском в Тушине, его признали десятки русских городов. Царь Василий надоел и многим москвичам.
Первая попытка переворота произошла 17 января 1609 года в субботу на Масленице. Большая толпа заговорщиков во главе с Григорием Сунбуловым, князем Романом Гагариным и Тимофеем Грязным ворвалась в Кремль. Заговорщики обратились к боярам с требованием свергнуть Шуйского, но бояре разбежались по домам ждать исхода переворота. Один только боярин князь Василий Васильевич Голицын явился на площадь. Заговорщики ворвались в Успенский собор и потребовали от Гермогена идти на площадь, но тот отказался. Тогда патриарха потащили силой, по дороге обсыпая его песком и мусором, хватали за грудки и трясли. Заговорщики поставили Гермогена на Лобное место и объявили собравшемуся народу, что Шуйский избран царём незаконно.
Гермоген горой встал за Шуйского: «Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди, пьянства и никакого неистовства мы в нём не знаем. Да если бы он, царь, вам и неугоден был, то нельзя без больших бояр и всенародного собрания с царства свести». Тогда заговорщики закричали: «Шуйский тайно побивает и в воду сажает братью нашу, дворян и детей боярских, жён и детей, и таких побитых с две тысячи». Патриарх спросил их: «Как же это могло случиться, что мы ничего не знали? В какое время и кто именно погиб?» Заговорщики продолжали своё: «И теперь повели многих нашу братью сажать в воду, за это мы и стали». Гермоген опять спросил: «Да кого же именно повели в воду сажать?» В ответ заговорщики закричали: «Мы послали уже ворочать их, сами увидите!»