Заняв Москву, поляки под различными предлогами раскассировали большое войско, находившееся в городе на момент прихода Жолкевского. В результате семибоярщина и патриарх потеряли всякую власть в столице.
Всё большую власть приобретали ставленники поляков М. Г. Салтыков и простой посадский кожевник Фёдор Андронов, в октябре 1610 года ставший государственным казначеем.
Андронов начал свою карьеру в Тушине, где получил от Лжедмитрия II звание думного дворянина. Естественно, что Салтыков и Андронов стали непримиримыми противниками Гермогена. Они настрочили донос Сигизмунду на патриарха, что-де «...на Москве патриарх призывает к себе всяких людей и говорит о том: буде королевич не крестится в христианскую веру и не выйдут из Московской земли все литовские люди, и королевич-де нам не государь. Такие-де свои словеса патриарх и в грамотах своих от себя писал во многие городы. А москвичи-де посадские люди лучшие и мелкие все поднялися и хотят стоять».
Тут возникает вопрос о знаменитых грамотах Гермогена, рассылаемых им по всей стране и призывавших русский народ на борьбу с поляками. Проблема в том, что первые патриаршьи грамоты не только не сохранились, а известны по другим источникам, но там и не говорится, что они были подписаны Гермогеном.
Так, историки пишут о грамоте Гермогена, датированной началом января 1611 года. О ней известно лишь из грамоты Прокопия Ляпунова, пришедшей в Нижний Новгород 31 января 1611 года. Ляпунов пишет: «...писали вы к нам с сыном боярским с Иваном Оникиевым, что января ж в 12 день приехали с Москвы к вам в Нижний сын боярский Роман Пахомов да посадской человек Родион Мосеев, которые посланы были от вас к Москве, ко святейшему Ермогену патриарху московскому и всея Руси и ко всей земле с отписками и для подлинных вестей. А в распросе, господа, вам сказывали (приехавшие 12 января гонцы. — А. Ш.), что приказывал с ними в Нижний к вам святейший Ермоген патриарх московский и всея Руси речью. А письма, господа, к вам не привезли, что-де у него (Гермогена. — А. Ш.) писати некому, дьяки и подьячие, и всякие дворовые люди пойманы, а двор его весь разграблен... И мы, господа, про то ведаем подлинно, что на Москве святейшему Ермогену патриарху московскому и всея Руси, и всему освящённому собору, и христоименитому народу от богоотступников от бояр, и от польских, и от литовских людей гоненье и теснота великая. И мы боярам московским давно отказали (подчиняться. — А. Ш.) и к ним о том писали, что они, прельстяся на славу века сего, бога отступили и приложилися к западным и к жестосердным, на своя овца обратились. А по своему договорному слову и по крестному целованью, на чём им договоряся корунный гетман Жолкевский королевскою душею крест целовал, ничего не совершили. И на том, господа, мы сослався с колуженскими, и с тульскими, и с михайловскими, и всей Северских и украйных городов со всякими людьми, давно крест целовали, что нам за Московское государство с ними и со всею землёю стояти вместе заодин и с литовскими людьми битись до смерти. А как, господа, мы к боярам о патриархе и о мирском гонении и о тесноте писали — с тех мест патриарху учало быти вольнее и дворовых людей ему немного отдали».
Можно привести ещё ряд грамот из Нижнего Новгорода и других городов, где говорится о призывах Гермогена идти на Москву, но, увы, там тоже нет ссылок на конкретные патриаршьи грамоты, а есть только ссылки на третьих лиц, передававших мнение Гермогена.
С другой стороны, по свидетельству князя И. А. Хворостинина, бояре «возъяришася на архиереа» и не велели пускать к нему народ для благословения. «Он же, пастырь наш, аки затворен бысть от входящих к нему, и страха ради мнози отрекошаяся к его благословению ходити, но сей никако же обычнаго своего учения оставив».