Скорее всего, патриарх вёл закулисную агитацию против поляков, но никаких грамот лично не подписывал. Ляпунову и вождям первого ополчения крайне нужна была какая-то видимость легитимности, и они ссылались на волю патриарха. Вспомним, что через 60 лет Стенька Разин, идя вверх по Волге, утверждал, что получил благословение на поход на Москву у свергнутого патриарха Никона.
Ляпунов с товарищами писал по городам в феврале 1611 года: «И ныне, с божиею милостию, возложа упование на всесильного бога и на пречистую богородицу, по благословению нового исповедника и поборателя по православной вере, отцем отца святейшего Ермогена патриарха московского и всея Руси, втораго великого Златоуста, исправляющего несуменно безо всякого страха слово христовы истины, обличителя на предателей и разорителей нашия христианской веры, мы... и вся земля служивые люди Московского государства, целовали животворящий крест господень на том, что всем стати за образ пречистыя богородицы и великих чудотворцев и за истинную православную веру против злых разорителей веры христианской, польских и литовских людей».
В свою очередь, бояре попытались заставить Гермогена написать Ляпунову грамоту, «чтоб он к Москве не собирался». Патриарх отказался и пригрозил, что если Владислав не примет православия, а поляки не уйдут из Москвы, то он напишет вождям первого ополчения, что «я их благословляю и разрешаю, кто крест целовал королевичу, идти под Московское государство и помереть всем за православную христианскую веру».
В ответ Михайла Салтыков кинулся с ножом на патриарха, но Гермоген «против ножа его не устрашился и рече ему великим гласом, осеняя крестным знамением: „Сие крестное знамение против твоего окаянного ножа. Да будь ты проклят в сём веке и в будущем!“».
Стоявшему же рядом боярину Мстиславскому патриарх посулил: «Твоё есть начало, тебе за то добро пострадати за православную христианскую веру, если прельстишься на такую дьявольскую прелесть — и бог преселит корень твой от земли живых». Мол, будешь противиться ляхам — будет у тебя сын, а нет — умрёшь без потомства. На этом разговор закончился.
Через некоторое время бояре вновь пришли к патриарху с прежними требованиями. И вновь Гермоген отказался писать Ляпунову, чтобы тот не шёл к Москве. Мало того, Гермоген снова начал обличать Салтыкова: «Я к ним не писывал, а ныне к ним стану писать. Если ты, изменник Михайло Салтыков, с литовскими людьми из Москвы выйдешь вон, и я им не велю ходить к Москве. А буде вам видеть в Москве, и я их всех благословляю помереть за православную веру, что уж вижу поругание православной вере, и разорение святым божиим церквам, и слышать латинского пения не могу!» Далее в «Летописце» сказано, что «латинское пение» Гермоген слышал из походного костёла, который ляхи устроили в палатах на старом дворе Бориса Годунова.
Бояре начали «позорить и лаять» Гермогена. В итоге патриарх был заключён под стражу. Гермоген был освобождён лишь на один день — 17 марта 1611 года в Вербное воскресенье. Ему разрешили по обычаю проехать по улицам Москвы на осле (обряд в честь въезда Христа в Иерусалим). Обычно патриарха в Вербное воскресенье сопровождали толпы москвичей. Но на сей раз за Гермогеном никто не пошёл: горожане были уверены, что поляки устроят в праздник резню.
Итак, семибоярщина и поляки лишились духовной власти и тогда вспомнили о сидевшем под надзором в Чудовом монастыре бывшем патриархе Игнатии. Его решили вернуть в сан патриарха. 24 марта 1611 года в Пасхальное воскресенье Игнатий в патриаршьем облачении провёл крестный ход и отслужил все службы в Успенском соборе. Но сей патриарх был, так сказать, местного значения. Он был надобен лишь в пределах Кремля и Белого города. Отправляя 5 октября 1611 года грамоту королю Сигизмунду, бояре даже не рискнули поставить под ней подпись Игнатия. (Естественно, что Гермоген никогда бы не подписал эту грамоту).
Боярская грамота Сигизмунду начиналась так: «Наияснейшему великому государю Жгимонту III и проч. великого Московского государства ваши государские богомольцы: Арсений архиепископ Архангельский и весь овсященный собор, и ваши государские верные подданные, бояре, окольничие» и т. д.
Грек Арсений Елассонский по указанию семибоярщины вёл службы в Архангельском соборе Кремля и посему лихими дьяками был возведён в чин архиепископа Архангельского.