Согласно «Истории патриарха Иова», в апреле 1569 года Иван Грозный посетил Успенский монастырь, стоявший на берегу Волги напротив города Старицы. Царь обратил внимание на молодого монаха Иова — воспитанника архимандрита Германа. Был он красив, имел приятный голос, проникновенно читал наизусть Писание и произносил слова молитв столь трогательно, что Грозный царь со своими опричниками плакали в умилении... Царь повелел произвести Иова в архимандриты.
Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения. Вспомним, к примеру, что Никон и Аввакум были из одной деревни.
В 1571 году Иов становится архимандритом московского Симонова Успенского монастыря, а через четыре года — архимандритом более престижного Новоспасского монастыря. 16 апреля 1581 года Иов был рукоположен в сан епископа Коломенского.
По свидетельствам современников, Иов имел хорошее образование, но был человеком посредственным. Такие люди навсегда задерживаются на средних ступенях служебной лестницы, они являются хорошими исполнителями, но мало подходят на роль главных действующих лиц.
9 января 1586 года, в разгар борьбы с Шуйскими, по велению Годунова Иова перевели из Коломны в Ростов и назначили архиепископом Ростовским, Ярославским и Белозерским. Пробыв архиепископом менее года, Иов уже 11 декабря 1586 года занял митрополичью кафедру.
В середине декабря 1586 года Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора были убиты сам Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался, и сам мятеж был подавлен.
Расправа над побеждёнными на сей раз была жёстче. Купец Фёдор Нагай и шесть купцов — сторонников Шуйских были публично казнены у Кремлёвской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житьё».
Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 года Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 года старец Иов преставился, причём недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современниками ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В. Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.
По отдалённым городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И. А. Татева сослали в Астрахань, И. Ф. Крюк-Колычева — в Нижний Новгород и т. д. На время из столицы был удалён и свояк Шуйских князь Д. А. Ногтев-Суздальский. Его ссылка была почётной — он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589—1590 годах, видимо не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Коллегиальное управление, бывшее в России в 1584—1585 годах, постепенно превращается в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 годах царь Фёдор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в