Торжественный въезд Марины в Москву состоялся 2 мая 1606 года. Она остановилась в Воскресенском монастыре в Кремле. Жених по обычаю не должен был видеть невесту, но поскольку в Воскресенском монастыре жила «мать» Дмитрия. инокиня Марфа, которую регулярно посещал «сын», то встречи, видимо, состоялись. Лишь 6 мая, за два дня до коронования и свадьбы, Марина переехала в приготовленное для неё помещение в царском дворце.
За несколько месяцев до свадьбы Дмитрий и Юрий Мнишек обратились к папе римскому с просьбой разрешить Марине после венчания принять причастие по православному обряду, то есть не только хлебом, как это было принято у католиков, но и вином. Павел V оказался в затруднительном положении и был вынужден передать вопрос на решение кардинальской конгрегации. Большинство кардиналов проголосовали против. Письмо папы, запрещавшее Дмитрию и Марине принять причастие хлебом и вином по православному обряду, они получили из Рима незадолго до венчания.
Но, с другой стороны, человек, отказавшийся от православного венчания, считается московской церковью еретиком. А стать царём-еретиком было бы самоуничтожением для Лжедмитрия.
Обратим внимание, Дмитрий обманул короля Сигизмунда и не спешил выполнять свои обещания: мало того, он вступил в сношения с Зебржидовским и другими «панами рокошанами». Но у римской церкви самозванец давно сидел на крючке и не смел ослушаться. Позже историки будут распинаться, что он боялся «навсегда потерять желанную невесту, которая была фанатичной католичкой и уже не раз ставила условием брака самое строгое соблюдение всех предписаний своей веры». Один перечень вероисповеданий родных Марины хорошо показывает вздорность подобных утверждений. Марина, как и её жених, управлялась ватиканскими кукловодами.
Естественно, что перед свадьбой у царя возник конфликт с частью высшего духовенства. Митрополит казанский Гермоген и епископ коломенский Иосааф потребовали вторичного крещения невесты-католички. Однако Дмитрий нашёл возможность избавить свою невесту от троекратного погружения по православному обряду, отправив Гермогена в ссылку. Остальные же довольствовались миропомазанием, составлявшим необходимую принадлежность коронационного обряда. Сохранившийся обрывок церемониала свидетельствует о причащении Марины, и это двукратное подчинение греческому обряду признали равносильным отречению.
8 мая состоялась свадьба. Рано утром молодых привели в столовую избу, где придворный протопоп торжественно их обручил. В Грановитой палате князь Шуйский кратко приветствовал невесту, и обручённых проводили в Успенский собор. Патриарх совершил обряд миропомазания и торжественно короновал Марину. К большому смущению русских, царица не взяла причастия, как того требовала утверждённая Думой процедура. Многие присутствовавшие не скрывали своего негодования по этому поводу. Среди гостей прошёл ропот. Коронация Марины в Успенском соборе была неслыханным нарушением всех норм и приличий. Православным царицам даже многолетие стали петь лишь со времён Годунова. И это, казалось бы, безобидное новшество современники восприняли как бесстыдство. Отказ Марины принять причастие возмутил православных. Зато послы и польские гости были удовлетворены. После окончания коронации, дьяки под разными предлогами выставили послов и иноземцев из церкви и заперли двери. Как только нежелательные свидетели удалились, патриарх обвенчал царя с Мариной по православному обряду. Польские дамы, оставшиеся подле невесты, со смехом описывали своим мужьям, как молодые приняли от патриарха вместе с благословением по кусочку хлеба и глотку вина. Они потешались над чашей, из которой брачующиеся пили по очереди. А потом чашу бросили на пол, и самый проворный должен был раздавить её — знак его будущего главенства. Чтобы избежать предзнаменования, способного встревожить зрителей, патриарх поспешил сам наступить на хрупкий хрусталь.
Заметим, что в коронации и свадьбе принимали участие, соответственно своему чину, ростовский митрополит Филарет, боярин Иван Никитич Романов и юный стольник Миша Романов. Впоследствии сей факт старательно замалчивался царскими историками. Мало того, на соборе 1620 года патриарх Филарет публично клеймил патриарха Игнатия за отступление от православных обрядов при причащении и коронации католички, но ни словом не обмолвился об участии в этих процедурах митрополита Филарета.
Последующие дни царь и царица провели в пирах и увеселениях. Причём на ряд пиров были приглашены только поляки, а из русских присутствовали лишь Дмитрий, дьяк Власьев и князь Мосальский. На одном из пиров, проведя три часа за едой и питьём, всю ночь протанцевали. К утру, переменив множество кавалеров, «восхитительно танцевавшая Марина завоевала все сердца». Но Гонсевский и Олесницкий, танцуя с ней в одной кадрили, не сняли шляп, и Дмитрий велел им сказать, чтобы берегли головы, иначе их снимут вместе со шляпами.