На казачьем круге в Епифани многие склонялись перейти на службу к царю Михаилу. Более двухсот дворян и казаков бежали от Заруцкого из Епифани, среди них были сапожковский воевода И. Толстой и атаман М. Мартинов. Оба они впоследствии были прощены царём. Видимо, в тот момент сам Заруцкий не знал, что делать, и всерьёз рассматривал вариант выдачи Марины московским властям. Толстой и Мартинов показали в Москве, что «Зарутцкий-де будто хочет итти в Кизылбаши, а Маринка-де с ним итти не хочет, а зовёт его с собою в Литву». Понятно, что уход в Литву означал конец авантюры Заруцкого. В конце концов атаман принимает решение воевать с Москвой до конца. К тому времени в Епифани у Заруцкого имелось две тысячи русских и четыреста черкас, то есть запорожских или малороссийских казаков. Черкасы пришли к Заруцкому в марте 1613 года из Поморья. Историк А. Л. Станиславский задаёт вопрос: «...не с действиями ли этого отряда связан „подвиг Ивана Сусанина“?»[69] Замечу, что слово «подвиг» взято в кавычки не мной, а Станиславским.
10 апреля 1613 года войско Заруцкого покинуло Епифань и двинулось к городку Дедилову. Там Заруцкому удалось отбить атаку отряда тульского воеводы князя Г. В. Тюфякина. Казаки, ограбив Дедилов, двинулись к малой крепости Крапивне. 13 апреля казакам удалось поджечь деревянный острог Крапивны с четырёх концов. Небольшой гарнизон был перебит, казаки убили даже попа городской Пречистенской церкви. Крапивненский воевода Максим Денисович Ивашкин был ранен и взят в плен.
13 апреля 1613 года из Москвы против Заруцкого была направлена хорошо вооружённая рать под началом князя Ивана Никитича Одоевского. 20 или 21 апреля воинство Заруцкого вышло из Крапивны и двинулось на юг, где не было правительственных войск. Неделю Заруцкий провёл в местечке Черни. Там по приказу атамана был четвертован крапивненский воевода Ивашкин.
В мае 1613 года Заруцкий дважды пытался штурмовать город Ливны, но оба раза был отбит. В двадцати верстах от Ливн в Чернавске Заруцкий зарыл клад. В 1649 году там при рытье рва был найден винный котёл. Говорили, что это «положенья вора Ивашки Заруцкого, потому как он шёл из-под Москвы, и в тех местах и где ныне город и слободы Ивашка Заруцкий с Маринкою стоял... а, чают, вынесли то положенье чернавские пушкари».
От Ливн Заруцкий повернул на северо-восток и в начале июня занял местечко Лебедянь. Оттуда атаман отступил к Воронежу. По пути к нему пристало несколько сотен донских казаков.
29-30 июня 1613 года в четырёх верстах от Воронежа произошло сражение казаков Заруцкого и войска князя Одоевского. Заруцкий понёс большие потери, но не был разбит. 1 июля ему даже удалось сжечь Воронеж. Заруцкому пришлось опять бежать на юг.
Замечу, что в Польше внимательно следили за борьбой московских воевод с Заруцким. Весной 1613 года под Боровском был схвачен запорожский сотник Корнила с грамотами к Заруцкому от литовского гетмана Я. К. Ходкевича. Вскоре в Москву бежал ротмистр Синявский, который также вёз к Заруцкому грамоты из Польши. Польские источники утверждают, что грамоты были от Ходкевича, а по русским данным — от самого короля. Текст грамот до нас не дошёл, а содержание их известно лишь в переложении царской грамоты, адресованной донским казакам: будто бы король приказывал Заруцкому «делать смуту» в Московском государстве и за это обещал ему в вотчину на выбор: Новгород Великий (в то время занятый шведами), Псков с пригородами или Смоленск — и «учинить его великим у себя боярином и владетелем».
Между тем Заруцкий продолжал терять сторонников: за Доном у него было уже не более пятисот казаков. От реки Медведицы Заруцкий двинулся к Волге. Там он вступил в союз с ногайским князем Иштериком. Казакам вместе с ногайцами удалось захватить Астрахань. Астраханский воевода князь Иван Хворостинин и несколько десятков чиновников и обывателей были казнены по приказу Заруцкого и Марины.
Москва, занятая борьбой с поляками на западе, со шведами на севере и с бандами воровских казаков по всей стране, не могла сразу выделить достаточных сил для борьбы с Заруцким. Поэтому в начале 1614 года правительство предприняло ряд дипломатических мер. Так, 15 июня 1614 года на Дон в посёлок Смагин Юрт приехал царский посол Иван Опухтин. С ним были посланы царское знамя, деньги, сукна, порох и различные припасы. Собрав круг, посол подал атаману царскую грамоту, где говорилось: «И вам бы с тем знаменем против наших недругов стоять, на них ходить и, прося у бога милости, над ними промышлять, сколько милосердный бог помощи подаст. К нам, великому государю, по началу и по своему обещанию службу свою и раденье совершали бы, а наше царское слово инако к вам не будет».