В Ярославле власть была в руках престарелого боярина Андрея Куракина и дьяка Михаила Данилова. К ним присоединился приехавший из первого ополчения стольник Василий Бутурлин. Весть о присяге первого ополчения Псковскому вору и прибытие отряда Лопаты произвели должное впечатление на Куракина, и он счёл за лучшее присоединиться к Пожарскому. Таким образом, Ярославль без боя перешёл в руки второго ополчения. В первых числах апреля 1612 года основные силы ополчения под колокольный звон вступили в Ярославль.
Занятие Ярославля произвело большое впечатление на города Поволжья. Даже казанская администрация была вынуждена признать власть Минина и Пожарского и отправить к ним большой отряд ратников.
4 апреля 1612 года в Ярославль пришла грамота из Троице-Сергиева монастыря. Дионисий, Авраамий Палицын, Сукин и Андрей Палицын уведомляли, что „2 марта злодей и богоотступник Иван Плещеев с товарищами по злому воровскому казачьему заводу затеяли под Москвою в полках крестное целованье, целовали крест вору, который в Пскове называется царём Дмитрием; боярина князи Дмитрия Тимофеевича Трубецкого, дворян, детей боярских, стрельцов и московских жилецких людей привели к кресту неволею: те целовали крест, боясь от казаков смертного убийства; теперь князь Дмитрий у этих воровских заводцев живёт в великом утеснении и радеет соединиться с вами. 28 марта приехали в Сергиев монастырь два брата Пушкины, прислал их к нам для совета боярин князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой, чтоб мы послали к вам, и все бы православные христиане, соединясь, промышляли над польскими и литовскими людьми, и над теми врагами, которые завели теперь смуту. И вам бы положить на своём разуме о том: может ли и небольшая хижина без настоятеля утвердиться, и может ли один город без властодержателя стоять: не только что такому великому государству без государя быть? Соберитесь, государи, в одно место, где бог благоволит, и положите совет благ, станем просить у вседержителя, да отвратит свой праведный гнев и даст стаду своему пастыря, пока злые заводцы и ругатели остальным нам православным христианам порухи не сделали. Нам известно, что замосковские города — Калуга, Серпухов, Тула, Рязань — по воровскому заводу креста не целовали, а радеют и ждут вашего совета. Да марта же 28 приехал к нам из Твери жилец и сказывал, что в Твери, Торжке, Старице, Ржеве, Погорелом Городище также креста не целовали, ждут от вас промысла и совета; Ивана Плещеева в Тверь не пустили, товарищам и его казакам хлеба купить не дали. Молим вас усердно, поспешите придти к нам в Троицкий монастырь, чтоб те люди, которые теперь под Москвою, рознью своею не потеряли Большого Каменного города, острогов, наряду“.
В этой грамоте также говорилось о страдальческой кончине Гермогена: „В изгнании нужне умориша“.
Я специально подробно привожу грамоту монахов, которую никак не комментировали ни Соловьёв, ни другие историки. А ведь суть грамоты — „соберитесь в одно место, где бог благословит“, и выберите царя. А где может бог благословить, указано ниже: ...поспешите придти к нам в Троицкий монастырь». Понятно, что монастырское начальство крайне обеспокоено, как бы Земский собор не собрался в Ярославле и не выбрал бы царя без них. А Дионисий и Палицын очень хотели провести собор в Троице-Сергиевом монастыре. Там вполне могло случиться и чудо — явился бы Сергий Радонежский и указал бы достойного кандидата на престол. Кроме того, у монахов были вполне земные аргументы: крепкие стены и большие пушки Троицы. Наконец, недалеко было и первое ополчение, и троицкие монахи надеялись контролировать ситуацию, играя на противоречиях руководителей ополчения. Надо ли говорить, что Минин и Пожарский не попались в ловушку для дураков. Они и не подумали идти в Троицу, а призыв монахов выбрать «пастыря» использовали в своих грамотах, рассылаемых по стране.
7 апреля из Ярославля по городам пошли грамоты, где говорилось: «Бояре и окольничие, и Дмитрий Пожарский, и стольники и дворяне большие и стряпчие, и жильцы, и головы, и дворяне, и дети боярские всех городов, и Казанского государства князья, мурзы и татары, и разных городов стрельцы, пушкари и всякие служилые и жилецкие люди челом бьют. По умножению грехов всего православного христианства, бог навёл неутолимый гнев на землю нашу: в первых прекратил благородный корень царского поколения (далее следовало перечисление бедствий Смутного времени до убийства Ляпунова и последовавшего за этим буйства казаков). Из-под Москвы князь Дмитрий Трубецкой да Иван Заруцкий, и атаманы и казаки к нам и по всем городам писали, что они целовали крест без совета всей земли государя не выбирать, псковскому вору, Марине и сыну её не служить, а теперь целовали крест вору Сидорке, желая бояр, дворян и всех лучших людей обить, именье из разграбить и владеть по своему воровскому казацкому обычаю. Как сатана омрачил очи их! При них калужский их царь убит и безглавлен лежал всем напоказ шесть недель, об этом они из Калуги в Москву и по всем городам писали! Теперь мы все православные христиане общим советом, согласились со всею землёю, обет богу и души свои дали на том, что нам их воровскому царю Сидорке и Марине с сыном не служить и против польских и литовских людей стоять в крепости неподвижно. И вам, господа, пожаловать, советовать со всякими людьми общим советом, как бы нам в нынешнее конечное разоренье быть небезгосударным, выбрать бы нам общим советом государя, чтоб от таких находящих бед без государя Московское государство до конца не разорилось. Сами, господа, знаете, как нам теперь без государя против общих врагов, польских, литовских и немецких людей и русских воров, которые новую кровь начинают, стоять? И как нам без государя о великих государственных и земских делах с окрестными государями ссылаться? И как государству нашему вперёд стоять крепко и неподвижно? Так по всемирному своему совету пожаловать бы вам, прислать к нам в Ярославль из всяких чинов людей человека по два, и с ними совет свой отписать, за своими руками. Да отписать бы вам от себя под Москву в полки, чтоб они от вора Сидорки отстали, и с нами и со всею землёю розни не чинили. В Нижнем Новгороде гости и все земские посадские люди, не пощадя своего именья, дворян и детей боярских снабдили денежным жалованьем, а теперь изо всех городов приезжают к нам служилые люди, бьют челом всей земле о жалованье, а дать им нечего. Так вам бы, господа, прислать к нам в Ярославль денежную казну ратным людям на жалованье».