Позже противники Годунова будут утверждать, что Василису Волохову направил в Углич Борис Годунов. Это подхватят падкие до сенсаций писатели. Вспомним драму А. К. Толстого «Царь Фёдор Иоаннович». На самом же деле Волохова много лет служила «постельницей» при Иване Грозном — ведала бельём в царской опочивальне. Она пользовалась полным доверием подозрительного царя. После смерти Грозного Василиса осталась при его вдове. Уже в Угличе Василиса выдала свою дочь замуж за Никиту Качалова, племянника ненавистного царице дьяка Михайлы Битяговского. Мария Нагая сочла это предательством, и Василиса из любимицы превратилась в предмет ненависти царицы.
Всего 15 мая по приказу Нагих толпа линчевала пятнадцать человек. Трупы их были брошены в ров у стен угличского кремля. На третий день в Углич должна была прибыть следственная комиссия из Москвы. Лишь теперь до Нагих дошло, что за убийства придётся отвечать. Ночью накануне приезда комиссии Михаил Нагой и его сторонник в администрации приказчик Русин Раков решили сфабриковать улики, свидетельствовавшие о виновности убитых. В этом им помогали слуга Григория Нагого Борис Афанасьев и холоп Михаила Нагого Тимофей. В частности, Тимофей принёс живую курицу и зарезал её. Кровью курицы были измазаны несколько длинных ногайских ножей и железных палиц, которые Русин Раков отнёс в ров и положил на трупы Битяговских и их сторонников.
На следующий день будет указано, что во рву были обнаружены Михаил Битяговский с ножом, Никита Качалов с ножом, Осип Волохов с палицей, Данила Третьяков с саблей, боевой холоп Михаила Битяговского Павел с самопалом и т. д.
Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращён из ссылки и занял своё место в Думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что Шуйский стал-де зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами Думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
От церковных властей в состав комиссии вошёл митрополит Крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах по-прежнему была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царём. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису.
Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своём распоряжении штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «углицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок. Начало вообще исчезло.