Фёдор принял сторону Романовых и попенял Борису, сказав, что он часто своевольничает и что это негоже. По словам Массы, Борис Годунов поклялся отомстить за это Романовым.
По моему же мнению, столь мелкий эпизод вряд ли мог повлиять на взаимоотношения двух ведущих боярских кланов. Да и писал это Масса по чужим рассказам задним числом, уже в конце Смутного времени.
Можно допустить, что Романовы не испытывали особо нежных чувств к правителю Борису. Но при жизни царя Фёдора у них не было никаких шансов занять место Бориса хотя бы потому, что братья Никитичи были слишком молоды, а все старшие Романовы-Захарьины вымерли. Конфликт Никитичей с Годуновым при жизни Фёдора мог кончиться ссылкой Романовых, а в самом крайнем случае — потерей влияния обоими кланами и приходом к власти тех же Шуйских. Поэтому, повторяю, до 1598 года никаких серьёзных конфликтов между Годуновыми и Романовыми не было, и считать «ненавистными» Никитичей Борис просто не имел оснований.
Союз Годуновых и Романовых фактически распался в 1598 году после смерти царя Фёдора. Но открыто выступить против претензии Бориса на царский престол Романовы не рискнули. В 1598 году ни Романовы, ни их многочисленная родня даже не заикнулись о кандидатуре Фёдора Никитича. Лишь спустя 15 лет Романовы начали рассказывать сказки о том, что-де царь Фёдор на смертном одре завещал престол Фёдору Никитичу Романову.
Но, с другой стороны, Романовы не поддержали и Бориса в самые трудные для него дни. Видимо, Романовы участвовали в попытке возведения на престол низложенного царя Симеона Бекбулатовича и в других интригах против Бориса, но никакими достоверными данными на этот счёт историки не располагают.
Не было претензий к Романовым и у новоизбранного царя Бориса. Мало того, в сентябре 1598 года царь Борис пожаловал боярство Александру Никитичу Романову, а также романовской родне Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому и князю Василию Казы Кардануковичу Черкасскому. Формально Романовым не на что было жаловаться, и мирное сосуществование Романовых и Годуновых длилось до 1600 года.
В конце 1599 — начале 1600 года Борис Годунов тяжело заболел. К осени 1600 года состояние здоровья царя настолько ухудшилось, что он не мог принимать иностранных послов и даже самостоятельно передвигаться — в церковь его носили на носилках.
Братья Романовы решили, что настал их час, и начали подготовку к перевороту. Из многочисленных романовских вотчин в Москву стали прибывать дворяне и боевые холопы. Несколько сот вооружённых людей сосредоточилось на Варварке в усадьбе Фёдора Никитича. Среди них был и молодой дворянин Юрий Богданович Отрепьев.
Однако спецслужба Бориса не дремала. По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 года несколько сот стрельцов начали штурм усадьбы на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия.
Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать — Рюриковичи и Гедиминовичи — ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в Думе Романовы не нашли.
Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами, и лишь в единичных случаях — плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко. Фёдора Никитича Романова насильно постригли в монахи под именем Филарет и послали в Антониево-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфа и сослали в один из заонежских погостов. Её мать сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича — в Пермь, Ивана Никитича — в Пелым, Василия Никитича — в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Фёдора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их тёткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского — на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.