Боярин Борис Камбулатович Черкасский был стар и болен. Его вместе с женой Марфой сослали на Белоозеро. Вскоре там он умер от мочекаменной болезни («камчуга»). А его жена Марфа по указу Годунова от 2 сентября 1602 года была переведена в село Клин в вотчину Фёдора Никитича Романова. Там она жила вместе с женой Александра Никитича и малолетними детьми Фёдора Никитича Михаилом и Татьяной. Там же она и скончалась 28 февраля 1610 года.
Так называемый «новый летописец» именовал пристава Смирнова Маматова не иначе как «окаянным» и приписывал ему тайную расправу с Василием Романовым. На самом же деле Маматов был приставом у Ивана Романова. Иван Никитич, несмотря на свою молодость, был тяжело болен — страдал «старой» болезнью: «рукой не владел и на ногу прихрамывал» (наследственный недуг Романовых — болезнь Педжета). Но Маматов доставил его в Сибирь живым. Василия же Никитича Маматов принял от другого пристава, Ивана Некрасова, в Пелыме «больна, тако чють жива».
Источники в подробностях описывают дорогу Василия Романова в Сибирь. Иван Некрасов получил наказ везти его «бережно, чтоб он с дороги не ушёл и лиха никакого над собою не сделал». Некрасову были выданы железные кандалы и предоставлено право использовать их в случае необходимости. Василия везли по Волге в струге, и там он имел некоторые послабления. Но Василий, по словам пристава, однажды выкрал у него ключи от цепи и бросил их в реку. Опасаясь побега, Некрасов тотчас заковал своего поднадзорного в цепь. В мае 1601 года Василий Никитич благополучно добрался до Яранска, где пробыл шесть недель. Затем ссыльного отправили дальше в Сибирь. Две с половиной недели Некрасов и Василий Романов шли пешком, «только на подводах везли запасишко своё». Пленник, естественно, шёл без цепей, и только на ночь пристав сковывал его. Тем временем наступила осень, ударили первые морозы. Василий Никитич расхворался, и Некрасову пришлось везти его в санях «простого», то есть без цепей. Это трудное путешествие длилось четыре месяца.
Власти позволили Василию Никитичу жить в одних хоромах с братом Иваном. На всякий случай приставы приковали братьев на цепь в разных углах избы, тут же послав донесение в Москву. В ответ дьяки составили черновой наказ с повелением расковать Ивана и Василия и позволить им «в избе и во дворе ходить по своей воле». В беловом варианте последние слова были вычеркнуты и заменены приказом беречь Романовых крепко, чтобы они «з двора не ходили». Руководители сыскного ведомства в Москве явно хотели снять с себя ответственность за смерть ссыльных. Узнав о болезни Василия Никитича Романова, Семён Годунов заявил, что по государеву указу «ковать» ссыльных в цепи было не велено и что приставы «воровали», действуя «мимо государева наказу». 15 января 1602 года Борис Годунов приказал расковать ссыльных, но приказ этот дошёл до Сибири с большим опозданием. Уже перед смертью с Василия Никитича сняли кандалы. Ивану Никитичу позволили сидеть у постели умирающего брата. Василий Никитич умер 15 февраля 1602 года.
В марте 1602 года Борис Годунов, получив известие о смерти Василия Романова, приказал перевезти Ивана Романова в Уфу. Но Иван Никитич был тяжело болен. 8 мая 1602 года Некрасов сообщил в Москву, что «изменник государев» разболелся «старою своею чёрною болезнью, рукою и ногою не владеет и язык ся отнялся, лежит при конце». Как только Ивану Никитичу стало легче, пристав повёз его в Уфу. С дороги Некрасов писал в Москву, что Иван быстро поправляется: «...везучи, язык у него появился, рукою стал владеть... а сказывает сердце здорово, ест довольно». Иван Романов прибегнул к какой-то уловке, чтобы избавиться от оков. Позже он сам рассказывал монахам, что оковы сами спали с его рук и ног после усердной молитвы святому Сергию. Узнав об этом «чуде», приставы «ужаснулись» и сменили звериную лютость на «овечюю кротость, и быв у них прочее время во ослабе».
К лету 1602 года состояние здоровья царя Бориса улучшилось. Положение в высших эшелонах власти было стабильным, и Борис решил облегчить участь ссыльных. 25 мая 1602 года Боярская дума распорядилась освободить Ивана Никитича Романова и князя Ивана Черкасского и перевезти их в Нижний Новгород «на государеву службу». 17 сентября 1602 года опальным объявили царскую милость — Борис велел вернуть их ко двору в Москву. Приставам указывалось везти Ивана Романова в Москву осторожно, по состоянию его здоровья.
Князья Сицкие также были освобождены и назначены на службу в понизовые города. Но не все они добрались до новых мест. Старший сын опального боярина Сицкого князь Василий Иванович умер в дороге, не добравшись до Москвы. Его смерть тут же приписали злому умыслу царя Бориса.