Мало того. Зачем давать Романовым власть и вотчины? Неужели самозванец так глуп, чтобы думать, что гордый и честолюбивый Фёдор Никитич станет его верным холопом? А ведь чины и вотчины могли так пригодиться польским и русским сторонникам Лжедмитрия. Вот они бы и стали навсегда преданными холопами царя Дмитрия I.
Наконец, чем черт не шутит, ведь Романовы могли и опознать Юшку Отрепьева, который пять лет назад жил у них на подворье.
Из всего этого можно сделать лишь один логичный вывод: бояре Романовы были в сговоре с заговорщиками церковными, главой которых был Пафнутий. Теперь Отрепьеву пришлось платить по счетам. Был ли удовлетворён наградами честолюбец Фёдор Никитич? Конечно, нет, но качать права было рано. Пока Романовы рассматривали полученные чины, вотчины и другие блага как промежуточную ступеньку для дальнейшего подъёма вверх. Теперь Фёдору и Ивану Никитичам казалось, что ещё чуть-чуть, и московский трон станет собственностью их семейства.
На несколько месяцев правления самозванца клан Романовых попросту затих. В результате Романовы проспали роковую ночь с 16 на 17 мая 1606 года, во время которой сторонники Шуйского и Пафнутия свергли и убили Лжедмитрия I. Ни Романовых, ни их родственников не было среди тех, кто ворвался в Кремль вместе с Василием Шуйским. Этот переворот был им явно не выгоден. Лишь через два часа после убийства Отрепьева к Кремлю подъехал Иван Никитич Романов с несколькими десятками дворян и боевых холопов и присоединился к победителям. Митрополит Ростовский Филарет 17 мая находился в Москве, но весь день из дома не выходил и никого не принимал.
На следующий день Романовы сумели договориться с Голицыным, Куракиным и Мстиславским и решили собрать 19 мая народ на Красной площади, чтобы выбрать патриарха, а затем провести Земский собор под его руководством. Нетрудно предположить, что патриархом должен был стать Филарет.
Рано утром на Красной площади собралась огромная толпа. Бояре — конкуренты Шуйского — вышли на площадь и предложили избрать патриарха, который должен был стоять во главе временного правления, и разослать грамоты для созыва советных людей из городов. Но сторонникам Шуйского удалось перекричать конкурентов. Специально подобранные добрые молодцы горланили, что царь сейчас нужнее патриарха.
Толпа, ведомая сторонниками Шуйских, вошла в Кремль. Откуда-то появился и сам князь Василий. Шуйского ввели в Успенский собор, где митрополит Пафнутий нарёк его на царство. Он отслужил молебен, и князь Василий Иванович стал считаться царём. Злые боярские языки говорили, что Василий Шуйский был не избран, а выкликнут царём.
Итак, царя выбрали без патриарха, но долго ни церковь, ни вся страна не могли обойтись без него. Тем более что в монастыре в Старице томился годуновский патриарх Иов, а в Чудовом монастыре — отрепьевский патриарх Игнатий. Ни тот, ни другой даром не был нужен ни Шуйским, ни Романовым, ни остальным боярам. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчились большинство бояр и высшее духовенство. Голицын, Куракин, Мстиславский и другие бояре горой стояли за митрополита Филарета, в котором видели противовес Шуйским. Их нимало не смущало, что Филарет год назад был простым монахом и никогда не интересовался делами церкви.
Неожиданно царь Василий уступил оппонентам и объявил Филарета патриархом, о чём даже было сообщено польским послам. Противники Шуйского объявили его уступчивость трусостью. На самом деле Шуйский, видимо, не без подачи Пафнутия, задумал хитрый ход. Канонизировав погибшего в Угличе царевича Дмитрия и перевезя его мощи в Москву, он достигал сразу нескольких целей: компрометировал династию Годуновых и, таким образом, снимал с себя обвинения в предательстве царя Бориса; прекращал все слухи о чудесном спасении царевича и, главное, удалял из Москвы опасных ему людей — Филарета, Ивана Михайловича Воротынского, Петра Фёдоровича Шереметева и других.