Филарет уже организовал заговор против Шуйского и хотел иметь алиби на случай провала. Итак, желания царя Василия и Филарета совпадали. Сборы были недолгие, и Филарет с большой помпой отправился в Углич.
Филарет выполнил задачу блестяще. 28 мая 1606 года при большом стечении народа был вырыт из земли гроб, сняли крышку, и все увидели пятнадцать лет назад похороненного царевича, «яко жива лежащаго всего нетленна, точию некую часть тела своего, яко некий долг отдаде земли». Заметим, что в XX веке на московских кладбищах через 20 лет после погребения в могиле разрешали делать новое захоронение.
Народ, увидев царевича, в единодушном восторге стал славить нетленные мощи как явное знамение святости Дмитрия. Затем последовали новые чудеса: больные, с верой и любовью касаясь мощей, исцелялись. Затем духовенство и бояре под колокольный звон всех церквей Углича вынесли святые мощи из Спасо-Преображенского собора. Процессия направилась прямо по Московской дороге, пролегавшей в то время близ Николосухпродской церкви. Но, не пройдя и ста метров, процессия остановилась, по угличскому преданию, вследствие чудесного события: святые мощи нельзя было никакой силой сдвинуть с места.
Надо ли говорить, что чудеса сами по себе не происходят, просто Филарету была какая-то надобность заехать в Ростов. Полупатриарх, полумитрополит Ростовский заявил, что мощи желают добраться до Москвы не Московской, а большой Ростовской дорогой. В результате процессия сделала большой крюк через Ростов и Переяславль-Залесский.
3 июня царь Василий и мать царевича инокиня Марфа встретили мощи Дмитрия в селе Тайнинском под Москвой. Василий Иванович был несказанно счастлив. Он даже взял в руки гроб и лично пронёс его несколько десятков метров. Напротив, инокиня Марфа остолбенела и не могла произнести ни слова до самой Москвы: в гробу она увидела свежий труп чужого ребёнка.
Молчал и Филарет. Его заранее предупредили о неудачной попытке свержения Шуйского, но здесь, в Тайнинском, рядом с царём и Пафнутием стоял митрополит Казанский Гермоген. Пока Филарет искал святые мощи да возил их по городам, Шуйский вызвал в Москву нового кандидата в патриархи. Гермоген имел непререкаемый авторитет как в церковных кругах, так и в Боярской думе. Выступить против его интронизации в патриархи никто не решался. И бедолаге Филарету пришлось малой скоростью отправляться в свою епархию.
Вскоре царь Василий отправил Ивана Никитича Романова воеводой в Козельск. Там Никитич отличился — разбил отряд князя Василия Рубец-Мосальского, шедшего на выручку Болотникову. За это царь Василий стал более благосклонно относиться к Романовым, тем более что Филарет два года тихо и богобоязненно сидел в Ростове.
В апреле 1608 года войско нового самозванца разгромило царские полки под Болховым. Виновниками поражения были двое бездарей — воеводы Дмитрий Иванович Шуйский и Василий Васильевич Голицын. Замечу, что оба тоже имели виды на московский престол.
После Волхова Лжедмитрий II двинулся прямо на Москву. Козельск, Калуга, Можайск и Звенигород без боя открыли ему свои ворота.
Шуйский срочно собрал новое войско и отправил его навстречу самозванцу. Командование им царь поручил своему родственнику Михаилу Васильевичу Скопину-Шуйскому и Ивану Никитичу Романову.
Царские полки заняли позицию на речке Незнани между городами Подольском и Звенигородом. На поиск переправы были направлены разъезды, которые донесли, что «вор поиде под Москву не тою дорогою». Гетман Рожинский обходил их справа, идя из Звенигорода на Вязьму в направлении Москвы. Одновременно в войске была обнаружена измена. Как говорится в летописи, в полках «нача быти шатость: хотяху царю Василью изменити князь Иван Катырев, да князь Юрьи Трубецкой, да князь Иван Троекуров и иные с ними».
Обратим внимание: во главе заговора стояли в основном родственники Романовых. Иван Фёдорович Троекуров был женат на Анне Никитичне Романовой, а Иван Михайлович Катырев-Ростовский — на Татьяне Фёдоровне Романовой. Надо ли говорить, что в случае успеха заговора Иван Никитич Романов не остался бы в стороне.
Из-за «шатости» царь Василий приказал войску срочно отступить к Москве. В итоге рядом с Москвой образовалась новая столица — Тушино, а самозванец вошёл в историю под именем Тушинский вор.
В сентябре 1608 года Пётр Сапега с большим отрядом тушинцев взял без боя Переяславль, жители которого присягнули Тушинскому вору. Затем Сапега двинулся к Ростову. Ростовский воевода Третьяк Сеитов попытался организовать сопротивление, но потерпел поражение. А в Ростове тушинцев хлебом-солью встретил митрополит Филарет. Сапега в простых санях доставил митрополита в Тушино, что дало повод позднейшим историкам утверждать, что Филарет был увезён насильственно. Но пленных казнят, заключают под стражу, меняют, отдают за выкуп, а не делают главой церкви. Так что не был Филарет пленником.