12 апреля послам объявили, что на следующий день их отправят в Польшу. Напрасно Филарет и Голицын объясняли, что у них нет инструкций ехать в Польшу и даже нет средств на это путешествие. Рано утром им было велено садиться на речные суда. Когда русские стали садиться на суда, польская охрана перебила всех слуг и захватили всё посольское имущество. Послы на трёх судах под конвоем были отправлены вниз по Днепру.
Первоначально русские послы были заключены во владениях пана Жолкевского в местечке Каменки, а когда поляки сдались в Москве, Филарета и Голицына отправили подальше в замок Мальборг (Мариенбург).
Вновь на полтора года семейство Романовых оказывается вне игры. Следующее явление Романовых на исторической сцене произошло 26 октября 1612 года, когда поляки отворили Троицкие ворота Кремля и на каменный мост вышли бояре и другие москвичи, сидевшие в осаде вместе с поляками. Впереди процессии шёл Фёдор Иванович Мстиславский, за ним — Иван Михайлович Воротынский, Иван Никитич Романов с племянником Михаилом и его матерью Марфой.
Казаки попытались напасть и, как минимум, ограбить бояр, но Пожарский с дворянами силой оружия удержали казаков и заставили убраться в их табор.
Освобождение Москвы и отступление короля Сигизмунда дало возможность московскому правительству заняться созывом собора для избрания царя. В ноябре 1612 года по всем городам были разосланы грамоты с приказом выслать выборных людей в Москву. В грамотах говорилось: «Москва от польских и литовских людей очищена, церкви божии в прежнюю лепоту облеклись и божие имя славится в них по-прежнему; но без государя Московскому государству стоять нельзя, печься об нём и людьми божиими промышлять некому, без государя вдосталь Московское государство разорят всё: без государя государство ничем не стоится и воровскими заводами на многие части разделяется и воровство много множится».
Заседания собора начались 6 декабря 1612 года, хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они так соскучились по сусальным картинкам «а-ля святая Русь», что с восторгом повторяли сказки XIX века.
Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то их в основном мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX — начала XX века.
Официальная версия событий хорошо изложена у Соловьёва: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов или своего природного русского, и порешили „литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и никоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына её на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крестное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом“. Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принёс на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Фёдорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: „Кто принёс такую грамоту, кто, откуда?“ В то время выходит донской атаман и также подаёт письменное мнение. „Что это ты подал, атаман?“ — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. „О природном царе Михаиле Фёдоровиче“, — отвечал атаман. Одинакое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Фёдорович был провозглашён царём».
Русские самодержцы были вольны уничтожать свои архивы и насиловать своих историков. Но существуют и архивы других государств. Вот, к примеру, протоколы допроса стольника Ивана Чепчугова и дворян Н. Пушкина и Ф. Дурова, попавших в 1614 году в плен к шведам. Пленников допрашивали каждого в отдельности, поочерёдно, и их рассказы о казацком перевороте совпали между собой во всех деталях: «Казаки и чернь не отходили от Кремля, пока дума и земские чины в тот же день не присягнули Михаилу Романову».