Результаты следствия в Угличе были рассмотрены 2 июня 1591 года на церковном соборе в Москве. Собор единодушно утвердил приговор:
«И патриярх Иев со всем освящённым собором, слушев углетцкого дела, и сказу митрополита Галасеи, и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе.
В том во всём воля государя царя и великого князя Фёдора Иоанновича всея Руси: а преже сего такова лихова дела и такие убойства стались и крови пролитье от Михаила от Нагово и от мужиков николи не было.
А перед государем царём и великим князем Фёдором Иоанновичем всея Руси Михаила и Григория Нагих и углетцких посадцких людей измена явная, что царевицю Дмитрею смерть учинилась божьим судом, а он, Михайло Нагой, государевых приказных людей: дияка Махаила Битяговского с сыном, и Микиту Кочалова, и иных дворян, и жильцов, и посадских людей, которые стояли за Михаила Битяговского и за всех за тех, которые стояли за правду и разговаривали посадцким людем, что они такую измену зделали, — велел побити напрасно, умышленьем, зато, что Михайло Битяговской с ним, с Михаилом с Нагим, бранился почасту за государя, что он, Михайло Нагой, держал у себя ведуна Ондрюшу Мочалова и иных многих ведунов.
И за то великое изменное дело Махайло Нагой з братьею и мужики углечане по своим винам дошли до всякого наказанья. А то дело земское, градское, в том ведает бог да государь царь и великий князь Фёдор Иоаннович всея Руси, всё в его царьской руке, и казнь, и опала, и милость, о том государю как бог известит.
А наша должная молити господа бога, и пречистую богородицу, и великих русских чюдотворцов Петра, и Алексея, и Иону, и всех святых о государе царе и великом князе Фёдоре Иоанновиче всея Руси и о государыне царице и великой княгине Ирине о их государьском многодетном здравии и о тишине межусобной брани».
На основании патриаршего приговора царь Фёдор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.
Ещё раз отмечу, репрессии в Угличе начались только после вынесения соборного приговора, а до этого комиссия Шуйского никого и пальцем не тронула. Есть и ещё любопытная деталь, которую почему-то игнорируют наши историки. Многие «активисты» Нагих, как, например, тот же холоп Михаила Нагого Тимофей, до завершении следствия бежали из Углича. Угличане, оставшиеся в городе, были наказаны в соответствии со степенью участия в убийствах. Всего было наказано несколько десятков человек, одним отрубили голову, другим отрезали язык, а остальных сослали в Сибирь. Был «наказан» даже колокол в церкви у Спаса, в который бунтовщики ударили в набат. Колокол публично высекли плетьми, отрубили ухо, вырвали язык и отправили в Сибирь, где он был записан «первоссыльным неодушевлённым».
Братьям Нагим заодно с убийствами у Угличе навесили поджоги домов в Москве летом 1591 года. По совокупности преступлений их разослали «по городам». Марию Нагую «за недосмотрение за сыном» отправили в Николовыксинскую пустынь (монастырь), где она была пострижена под именем Марфы. Позже её перевели в Горицкий Воскресенский женский монастырь на реке Шексне.
Собственно, на этом угличская история и закончилась. О смерти царевича Дмитрия все забыли, тем более что в сентябре 1591 года царица Ирина вновь понесла. На сей раз ей удалось доносить ребёнка. Если бы ей удалось родить здорового сына, то об инциденте в Угличе в многотомной «Истории России» Соловьёва остался бы один абзац. Но, увы, 26 мая 1592 года у царя Фёдора родилась дочь, названная Федосьей. Она часто болела и умерла 25 января 1594 года. Через несколько лет и её сделают жертвой «коварного» Бориса.
В начале 90-х годов XVI века власть Бориса Годунова значительно возрастает. Если в 1584—1586 годах он был «первым среди равных» бояр, то к 1593 году он становится неограниченным властителем. К 1595 году официальный титул Бориса Годунова приобрёл следующий вид: «Царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского». Такого титула никто и никогда не имел и не будет иметь в Московском государстве.
Борис Годунов стал крупнейшим землевладельцем в России. В начале 1587 года царь Фёдор пожаловал Бориса богатейшей вотчиной Вагой, а затем Комарицкой и другими волостями. Борис, как конюший и правитель, бесконтрольно распоряжался всей казной Московского государства.