Усилению власти Бориса способствовали также его успехи во внешнеполитических делах.
В январе 1590 года многочисленное русское войско двинулось к шведской границе. При войске находился сам царь Фёдор Иоаннович. Воеводами были: в большом полку — князь Фёдор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами; в передовом полку — князь Дмитрий Хворостинин. При царе, в звании дворовых или ближних воевод, находились Борис Годунов и Фёдор Никитич Романов.
Русские войска взяли крепость Ям. Князь Хворостинин разгромил у Нарвы двадцатитысячное шведское войско под командованием Густава Банера. Остатки войска были осаждены в Нарве. Хотя противнику и удалось отбить приступ русских к крепости, шведское командование сочло нецелесообразным продолжать войну.
25 февраля 1590 года в лагере русских под Нарвой шведский фельдмаршал Карл Хенрикссон Хорн подписал перемирие сроком на один год. По условиям перемирия шведы возвращали русским крепости Ям, Ивангород и Копорье. Шведы предлагали окончательный мир, но русские основательно мириться без Нарвы не хотели.
Перемирие со шведами не продержалось и девяти месяцев. В ноябре 1590 года шведы внезапно напали на крепость Иван-город, но были отбиты. В декабре шведские отряды «пожгли сёла близ Яма и Копорья».
Летом 1591 года против шведов в Эстляндию была выслана сильная рать, большим полком которой командовал воевода Пётр Никитич Шереметев, а передовым полком — князь Владимир Тимофеевич Долгоруков. Шведам удалось разбить передовой полк, а Долгорукова взять в плен.
Летом того же 1591 года несколько шведских судов начали грабить берега Белого моря, но получили отпор и ретировались.
В октябре-ноябре 1592 года русские войска впервые за много лет начали наступление в Финляндии. Они подвергли огню и мечу территорию от Выборга до Або (Турку).
В ноябре 1592 года умер шведский король Юхан (Иоанн) III. На престол взошёл Сигизмунд III Ваза, который уже был королём Польши с 1587 года.
Русское правительство во избежание долговременной войны со Швецией и Польшей вынуждено было пойти на уступки новому королю. Говоря «правительство», мы подразумеваем Бориса Фёдоровича Годунова, который постепенно становился фактическим правителем государства. Слабоумный же царь Фёдор практически не вмешивался в вопросы внешней политики России.
18 (27)[11] мая 1595 года у мызы Тявзин на реке Нарове, к северу от крепости Нарва, был подписан Тявзинсий мирный договор. Согласно условиям договора:
— Россия уступает Швеции княжество Эстляндское со всеми замками: Нарва, Ревель, Вейсенштейн, Везенберг, Падис, Тольсборг, Нейшлот, Боркгольм, Гапсаль, Лоде, Леаль, Фикал.
— Швеция возвращает России замок Кекскольм (Корелу) с уездом и признает принадлежность русскому государству Ивангорода, Яма, Копорья, Нотебурга, Ладоги. Обязуется не нападать на Псков, Холмогоры, Кольский острог, Сумек (Сум-посад), Каргополь и Соловецкий монастырь.
Тявзинский договор давал определённые гарантии для транзита товаров в Россию и из неё, но лишал Россию возможности строить флот и порты на Балтике. Так, Выборг и Ревель открывались свободно для русского купечества, а Нарва — для шведского купечества, но не для иностранцев. Торг мог вестись только на нарвской стороне, но не на ивангородской. Для русских купцов взаимно открывались города Швеции, Финляндии и Эстляндии для торговли в соответствии с существующими пошлинами. Для всех иностранных купцов и судов Нарва должна быть закрыта. Русские не имели права создавать порты в городах Ингерманландии, например, в Ниене и Луге.
В целом мир оказался не выгодным для России и был следствием грубых просчётов наших дипломатов. Протестантская Швеция и католическая Польша физически не могли управляться одним монархом. Шведы испугались контрреформации и восстали против короля Сигизмунда III. Во главе восстания стал дядя короля герцог Карл Зюдерманландский (впоследствии король Карл IX). В 1598 году войско Карла разбило королевскую армию в битве при Стонгебру. В следующем году личная уния с Польшей была официально расторгнута.
Поняв свою ошибку, Годунов отказался ратифицировать Тявзинский договор. Однако иные внешние и, главное, внутренние проблемы не дали возможности Годунову вернуться к вопросу выхода России к берегам Балтийского моря.
Фактическое присоединение Сибири произошло не при Иване Грозном, а при царе Фёдоре в правление Годунова.
В 90-х годах XVI века клан Романовых по-прежнему оставался верным союзником Годунова. Можно допустить, что Романовы не испытывали особо нежных чувств к правителю Борису. Но при жизни царя Фёдора у них не было никаких шансов занять место Бориса хотя бы. потому, что братья Никитичи были слишком молоды, а все старшие Романовы-Захарьины вымерли. Конфликт Никитичей с Годуновым при жизни Фёдора мог кончиться ссылкой Романовых, а в самом крайнем случае — потерей влияния обоими кланами и приходом к власти тех же Шуйских. Поэтому повторяю: до 1598 года никаких серьёзных конфликтов между Годуновыми и Романовыми не было, и считать «ненавистными» Никитичей Борис просто не имел оснований.