Тем не менее, отношения России с запорожскими и мало-российскими казаками были неплохие. Так, в апреле 1589 года Москва послала дьяка Афанасия Зиновьева на переговоры с запорожским атаманом Матвеем. Зиновьев отыскал Матвея на реке Донец. Атаман заявил, что он служит государю (московскому) «прямую службу» и подал царю Фёдору челобитную о пожаловании казакам продовольствия, так как они за недостатком пропитания вынуждены есть всё, что попадалось под руку, даже разные травы. Царь, узнав об этом, послал казакам запасы муки и толокна на сто рублей денег для раздела на 620 человек и, кроме того, особые подарки атаманам. Запорожские и малороссийские казаки были нужны Москве для войны с Крымом, и казакам регулярно отправлялись продовольствие, деньги, оружие и порох.
Однако казаки, как и польские паны, не представляли собой централизованной силы. Отряды «черкасов» (так называли на Руси и малороссийских, и запорожских казаков, причём часто отличить их было практически невозможно) эпизодически наведывались пограбить в московские пределы.
Так, в 1591 году царю Фёдору бил челом (то есть написал грамоту) волжский казацкий атаман Волдырь. Он жаловался, что в 1589 году его отряд (видимо, на стругах) на Волге был побит черкасами. Самого Волдыря держали в плену шесть недель. Но в конце концов ему с товарищами удалось бежать да ещё захватить с собой трёх «воров» черкас, которых он сдал воеводе в Переволочне (на Волге). Затем Волдырь и его отряд выполняли функции спецназа: царь послал их из Царицына за воровскими атаманами и казаками Андрюшкой Голощапом с товарищами. Волдырь Голощапа поймал. Затем Волдырь был послан на реку Медведицу за воровскими казаками, поймал четырёх человек. Посылали Волдыря из нового города Саратова, и он поймал воровского атамана Щёголева. Волдырь просил государя за службу пожаловать «как его (то есть царя) бог известит». Бог или Годунов известили Фёдора, что особо много Волдырю давать не следует, и тот был награждён сукном на один рубль денег. Кстати, в 1606 году именно Волдырь устроил авантюру с «царевичем Петром», мнимым сыном царя Фёдора Иоанновича.
Челобитная Волдыря показывает масштабы разбоев на юго-восточных рубежах страны ещё до начала царствования Бориса. Задолго до 1598 года в юго-западной, южной и юго-восточной областях России сложилась взрывоопасная ситуация. По периметру российских границ от Смоленска до Казани страну окружали не централизованные государства, а шайки бандитов — польских панов, малороссийских казаков, крымских татар и десятки различных орд от ногайцев до казанских татар.
Для борьбы с бандформированиями московские власти ещё со времён Ивана Грозного строили «засечные черты», то есть линии укреплений вдоль границ. Узлами обороны засечных черт были небольшие крепости, гарнизоны которых сочетали пассивную оборону с активной. При нападении крупных сил неприятеля гарнизон садился в осаду, а когда «воров» было мало, из крепости вылетал конный отряд на поиски очередной банды. Жизнь в таких гарнизонах была трудна и опасна. Дворяне и ратники из Москвы и других городов ехали на засечные линии только в принудительном порядке. Контроль из Москвы над воеводами и ратниками в засечных линиях и малых крепостях был минимальный.
У отчаянных удальцов, стоявших на рубежах земли Московской, перспектив пойти на повышение в Москву и обзавестись вотчинами было ничтожно мало. В случае возникновения любой смуты они ничего не теряли, но могли приобрести очень многое. Таким образом, истоки Смуты заключались не в притеснениях крестьян или убиении младенца Борисом Годуновым, как нам уже много лет твердят историки, а в росте «антигосударственного элемента»[18] по дуге Смоленск — Казань в сочетании с интригой бояр Романовых, подставивших самозванца.
Враги Бориса распускали слухи о его невежестве. Эти сплетни подхватили многие позднейшие историки. На самом же деле Борис немедленно приступил к ряду реформ в России. Другой вопрос, что он вёл их более мягкими методами и не столь быстро, как Пётр I.