Сцена «Ограда монастырская» имела взрывной характер. Она не только прямо обвиняла духовенство в организации смуты, но поднимала опасный вопрос: кто ещё стоял за спиной самозванца? Поэтому Жуковский, готовивший в 1830 году первые сцены «Бориса Годунова», не дожидаясь запрета цензуры, сам выкинул сцену «Ограда монастырская». Опубликована эта сцена была лишь в 1833 году в немецком журнале, издававшемся в Дерпте.
Прямых улик против «злого чернеца» у нас нет и, видимо, никогда не будет. Но многочисленные косвенные улики с большой вероятностью показывают, что им был сам архимандрит Пафнутий. Именно в его келье длительное время жил Григорий. Вряд ли архимандрит допустил бы, чтобы его воспитанник попал под влияние другого чудовского «злого чернеца». После вторжения войска самозванца царь Борис и патриарх Иов смещают Пафнутия с должности архимандрита и отправляют в ссылку. За что? Все светские и церковные источники молчат. Наконец, войдя в Москву, Лжедмитрий не только возвращает Пафнутия из ссылки, но и возводит его в сан митрополита Крутицкого — второго лица в церковной иерархии после патриарха. Позже Пафнутий постоянно лезет в политику. И лишь смерть в 1611 году в осаждённом Кремле кладёт конец его интригам.
Впоследствии церковные власти сделали всё, чтобы вычеркнуть имя «злого инока» Пафнутия из церковной и светской истории. Так, в огромном труде «История русской церкви», написанном митрополитом Макарием, в VI томе, посвящённом Смутному времени, о Пафнутии упоминается вскользь всего два раза в двух строчках. Причём последний раз сказано с явной злобой: «...как и когда он умер и где погребён неизвестно».
Возникает естественный вопрос: могли Пафнутий действовать один, без сговора со светскими лицами? Ответ очевиден. И это были люди романовского круга. И если братья Никитичи сидели под крепким караулом, то в Москве находилась их многочисленная родня, в том числе по женской линии, их служилые дворяне и прочая клиентура.
Не исключено и участие в заговоре, причём на самой ранней стадии, и поляков. Под большим подозрением оказывается канцлер и великий гетман литовский Лев Сапега. Первый раз он приезжал послом в Москву ещё в царствование Фёдора Иоанновича. Второй раз Лев Сапега прибыл в Москву 16 октября 1600 года, а уехал почти через год, в августе 1601 года. Через десять дней после приезда Сапега и другие члены посольства были свидетелями ночного штурма царскими стрельцами романовского подворья. В посольском дневнике, а также в донесении королю Сигизмунду Сапега и его товарищи весьма положительно отзываются о братьях Никитичах, называя их «кровными родственниками умершего великого князя». (Ляхи не признавали царский титул Фёдора).
Сапега уехал из Москвы крайне озлобленным на царя Бориса. Позже в Вильне Сапега перед русскими послами, приехавшими на ратификацию, говорил королю Сигизмунду: «Как приехал я в Москву, и мы государских очей не видали шесть недель, а как были на посольстве, то мы после того не видали государских очей 18 недель, потом от думных бояр слыхали мы много слов гордых, все вытягивали они у нас царский титул. Я им говорил так же, как и теперь говорю, что нам от государя нашего наказа о царском титуле на перемирье нет, а на докончанье наказ королевский был о царском титуле, если бы государь ваш по тем по всем статьям, которые мы дали боярам, согласился». То есть Сапега начал торговаться: мы, мол, признаем Бориса царём, а вы, мол, признайте Сигизмунда шведским королём. На что московские послы резонно отвечали: «Вы говорите, что государь ваш короновался шведскою короною, но великому государю нашему про шведское коронованье государя вашего никакого ведома не бывало... Нам лишь ведомо, что государь ваш Жигимонт король ходил в Швецию и над ним в Шведской земле невзгода приключилась. Если бы государь ваш короновался шведскою короною, то он прислал бы объявить об этом царскому величеству и сам был бы на Шведском королевстве, а не Арцы-Карло (герцог Карл). Теперь на Шведском королевстве Арцы-Карлус, и Жигимонту королю до Шведского королевства дела нет, и вам о шведском титуле праздных слов говорить и писать нечего».