Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое, с точки зрения морали, и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской „воровской“ думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооружённые люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, что он-де „наияснейшего царевича расстригой называет“. Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведёт к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: „Богат, богат, богат Иов патриарх, идём и разграбим имения его!“ Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем агенты Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П. Ф. Басманов. Вооружённые люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха. С Иова сняли панагию и святительское платье и надели простую чёрную ризу. Басманов спросил, куда хотел бы Иов отправиться на монастырское житие. Тот выбрал Старицкий Успенский монастырь, где он принимал постриг и стал игуменом. Затем Иова вывели из собора, посадили на простую телегу и под конвоем отправили в Старицу.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царём Фёдором и его семьёй. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В. В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что „царица и царевич со страстей испиша зелья и пороша, царевна же едва оживе“. Естественно, что Голицыну никто их москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолствие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то её, видимо, недодушили. Князь Мосальский взял её к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу „для потехи“.
Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке. Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили совершить традиционный погребальный обряд над телами царицы Марьи и царя Фёдора. Их отвезли в Варсонафьев монастырь и без всяких почестей и церемоний зарыли недалеко от Бориса Годунова.
Уцелевшие Годуновы, а также их отдалённые родственники Сабуровы и Вельяминовы были по указу самозванца разосланы под стражей по отдалённым городам. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя боярина С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с приставом князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина в отдалённый город не имело смысла. Пристав получил приказ умертвить его в тюрьме. Вотчины, дома и прочее имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну.
20 июня 1605 года по Коломенской дороге в Москву двигалась торжественная процессия. Впереди неё скакали взад и вперёд польские гусары в раззолоченных шлемах и кирасах. В Москву возвращался сын Ивана Грозного. Вокруг него ехали московские бояре. Сзади шли польская пехота и русские стрельцы. Торжественно звонил колокол. Московские улицы были забиты людьми, люди облепили крыши домов и колокольни — всем хотелось посмотреть на чудесно спасшегося царевича.
При приближении процессии народ падал на колени перед новым царём и кричал: „Дай, господи, тебе, господарь, здоровья! Ты наше солнышко праведное!“ Дмитрий отвечал на эти крики: „Дай бог и вам здоровья! Встаньте и молитесь за меня богу!“