Истинные масштабы репрессий против Шуйских наиболее достоверно показывают не пропагандистские инструкции послам и антигодуновские источники, приписывающие Борису смерть всех лиц, начиная с царя Ивана Грозного, а писцовые книги конца XVI века. Там говорится, что большая часть владений Шуйских так и осталась за ними. В казну же были отобраны все вотчины Ивана Петровича Шуйского, все вотчины, ранее принадлежавшие Горбатым-Шуйским, часть земель Шуйских была переведена из вотчин в поместья, то есть земли оставались за Шуйскими, но их статус был изменен, в частности, осложнялась проблема наследования.
В ссылке в своих вотчинах братьям-Ивановичам Шуйским пришлось пробыть около двух лет. Не позднее конца 1590 года они были возвращены в Москву. А в начале 1591 года бояре Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские уже заседают в Думе. Заметим, что на всякий случай Годунов оставил в ссылке сторонников Шуйских-Головиных, Колычевых и других.
Причин для возвращения молодых Шуйских в Москву было несколько. Главная — противостояние Годуновых и Романовых. Борису были нужны союзники, так почему же не привлечь на свою сторону уже неопасных врагов. Братья же Шуйские, отдохнув пару лет в вотчинах, не имели особых обид на Бориса.
В мае 1591 года молодой глава рода Василий Иванович Шуйский назначается главой комиссии по расследованию смерти царевича Дмитрия в Угличе. В главе «Борис Годунов» подробно рассказано, что Василий Иванович грамотно — для того времени, разумеется, — провёл расследование и не он, а церковный собор во главе с патриархом Иовом вынес окончательный вердикт, что смерть Дмитрия «учинилась божиим судом». Но, увы, участие в работе комиссии будет пожизненно крестной ношей Василия Ивановича.
В 1597 году на берег реки Оки было выведено большое войско для защиты Москвы от предполагаемого нападения крымских татар. Командовал войском сам Борис Годунов, воеводами была назначена вся московская знать — Мстиславский, Голицын и другие. Василий Иванович Шуйский занимал довольно почётную должность воеводы правой руки. Крымские татары в тот раз так и не появились, зато наши доблестные воеводы насмерть сцепились друг с другом в местнических спорах.
Иван Голицын, воевода левой руки, «бил челом» (то есть местничал) на князя Трубецкого, князь Черкасский местничал с князем Ноготковым, Буйносов — с Голицыным, Шереметев — с Ноготковым и Буйносовым, Кашин — с Буйносовым и Шереметевым. Не минула сия чаша и нашего героя. Князь Тимофей Романович Трубецкой, воевода сторожевого полка, «бил челом» на Василия Ивановича Шуйского. Надо ли говорить, что Шуйский выиграл местнический спор.
В конце царствования Фёдора Иоанновича наблюдается всё большее сближение Шуйских с Годуновым. В 1595 году царь Фёдор с подачи Бориса жалует боярством братьев Александра и Ивана (Пуговку) Шуйских. В 1597 году в Боярской думе заседают уже все четыре брата Шуйские.
При избрании Бориса Годунова на царство братья Шуйские вели достаточно осторожную политику, они не поддерживали Бориса, но и не выступали активно против. С воцарением Бориса Шуйские ничего не выгадали и ничего не проиграли. Все четыре брата имели высокий чин — боярство, детей или малолетних родичей у них не было, за исключением одиннадцатилетнего Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, которого царь Борис в 1602 году произвёл в стольники.
Шансов овладеть престолом в 1598 году у Шуйских практически не было. Они были слишком слабы, а глава рода сорокашестилетний Василий Иванович ещё ничем не проявил себя, за исключением спорного угличского дела. Умри Годунов в 1598 году, к власти гарантированно пришли бы Романовы, и Шуйские в самом лучшем случае остались бы в прежнем положении.