По этой причине и в 1600 году Шуйские не только не поддержали попытку переворота, затеянную Романовыми, но и на суде в Боярской думе «пышаха аки звери и кричаха» вместе с другими боярами на Фёдора Никитича Романова с братией.
В 1600—1604 годах братья Шуйские жили припеваючи в Москве и прекрасно ладили с царём Борисом. Позже необъективные, настроенные против Годунова летописцы напишут, что царь-де окружил Шуйских доносчиками и запрещал Василию Ивановичу жениться, дабы тот, придя к власти, не мог иметь наследника. Ну так все наши цари окружали наиболее известных людей доносчиками. Например, тот же Николай II вёл агентурное наблюдение за Витте, Столыпиным и даже за родным братом Михаилом. Насчёт же запрещения жениться, чтобы Василий Иванович не мог иметь наследника, так это явная чушь. У Василия Ивановича были братья, младший из которых Иван умер аж в 1638 году Так что Василию Ивановичу при необходимости могли наследовать родные братья Шуйские и их потомство, не говоря уже о Скопиных-Шуйских. И, наконец, разве злодей Годунов помешал зачать наследника первой жене Василия Ивановича и жёнам всех его братьев?
В 1601 году заболел и умер Александр Шуйский. Но его смерть почему-то не приписали Годунову. Думаю, дело в том, что активная антигодуновская кампания началась после 1603 года, когда об Александре романовские клевреты просто забыли.
После появления Лжедмитрия в Польше Василий Иванович Шуйский неоднократно один или вместе с патриархом Иовом выходил на Лобное место и рассказывал московским людям, как он сам видел мёртвого царевича Дмитрия и хоронил его.
Осенью 1604 года против самозванца царь Борис отправил большое войско, во главе которого поставил воеводу князя Фёдора Ивановича Мстиславского, а вторым воеводой шёл Дмитрий Иванович Шуйский.
21 декабря 1604 года войско Мстиславского подошло к стану Лжедмитрия. Пока воеводы медлили, самозванец решил контратаковать. Его пятнадцатитысячное войско двинулось на стотысячную московскую рать. Поляки ранили в голову главного воеводу Ф. И. Мстиславского. Остальные же воеводы — Д. И. Шуйский, В. В. Голицын и А. А. Телятевский потеряли управление войском, в результате чего было убито до четырёх тысяч московских ратников. Полностью разгромить огромное московское войско у самозванца не хватило сил. У Новгорода Северского впервые проявились абсолютная бездарность Дмитрия Ивановича Шуйского как полководца и его патологическая трусость.
После сражения Дмитрий Иванович Шуйский с воеводами даже не позаботились известить царя о битве под Новгородом Северским. Борис узнал о ней из других источников и тут же прислал в войско чашника Вельяминова-Зернова, велев сказать Мстиславскому: «Государь и сын его жалуют тебя, велели тебе челом ударить, да жалуют тебя, велели о здоровье спросить». Князю Д. И. Шуйскому с товарищами царь велел поклониться и добавить: «Слух до нас дошёл, что у вас, бояр наших и воевод, с крестопреступниками литовскими людьми и с расстригою было дело, а вы к нам не писали, каким обычаем дело делалось, и вы то делаете не гораздо, вам бы о том к нам отписать вскоре».
Царь Борис решил укрепить командование действующей армией и послал в помощь Мстиславскому... Василия Шуйского.
21 декабря 1604 года войско самозванца потерпело тяжёлое поражение у села Добрыничи, но к этой победе братцы Шуйские имели весьма малое касательство.
После смерти царя Бориса три брата Шуйские присягнули царевичу Фёдору. Апрель, май и начало июня 1605 года братья провели в Москве. Чем они занимались, историкам не ведомо, видимо, просто ожидали развязки драмы.
Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию. Лишь в Серпухове Дмитрий Шуйский и Фёдор Мстиславский встречали самозванца.
20 июня 1605 года самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что злодей Борис заставлял-де его молчать четырнадцать лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребёнка и т. д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречавших.
23 июня по приказу Лжедмитрия были арестованы Василий Шуйский и его два брата. К Петру Басманову, которого самозванец поставил ведать политическим сыском, пришло несколько доносов на Василия Ивановича Шуйского. Шуйский якобы говорил: «Черт это, а не настоящий царевич! Не царевич это, а расстрига и изменник!» По другой версии Шуйский даже пытался устроить государственный переворот.
Во всяком случае, никаких конкретных обвинений, предъявленных В. И. Шуйскому, до нас не дошло.