О появлении самозванца донесли царю Дмитрию. Реакция его была совершенно необъяснима. В конце апреля 1606 года царь послал к казакам дворянина Третьяка Юрлова с грамотой, где говорилось, что если называющий себя Петром и в самом деле царевич, то царь ждёт его у себя в Москве, а если «он чувствует за собой, что он не царевич», то пусть лучше быстрее убирается из Московского государства. К грамоте прилагалась подорожная, где предписывалось выдавать «царевичу Петру» корм на всём пути до Москвы.
«Царевич Пётр» встретил Юрлова с грамотой в Самаре и двинулся дальше, говоря всем, что он едет в Москву к своему дяде царю. В Свияжске «царевич Пётр» узнал о смерти Дмитрия и воцарении Василия Шуйского. Теперь Петра в Москве однозначно ждала плаха, а то и кол. Поэтому «царевич» со своей ватагой повернул обратно. Обманом казаки проскочили Казань и отправились вниз по Волге-матушке, грабя встреченные суда и прибрежные городки.
17 мая 1606 года, когда заговорщики были заняты истреблением самозванца и поляков, один из убийц Фёдора Годунова Михаил Молчанов успел выбраться из дворца и покинуть Москву. В сопровождении двух поляков Молчанов двинулся к литовской границе, распуская по дороге слухи, что он царь Дмитрий, что он спасся, а вместо него заговорщики по ошибке убили другого человека.
Василий Шуйский сделал огромную глупость, распихав сподвижников Гришки Отрепьева воеводами по дальним городам. Того же князя Григория Петровича Шаховского он поставил воеводой в Путивле — щуку бросили в реку. Новый воевода немедленно объявил жителям Путивля, что царь Дмитрий жив и находится в Польше. Шаховский во время переворота выкрал в Кремле государственную печать и, используя её, рассылал грамоты по городам, поднимая народ за «царя Дмитрия». И на эту роль Шаховскому сгодился бы любой другой самозванец. Он начал переписку с польскими панами, которые также искали кандидата на роль царя Дмитрия.
Тут всплывает довольно любопытный персонаж — Иван Исаевич Болотников, служивший когда-то боевым холопом у князя А. А. Телятевского. В Польше в городе Самборе Болотников встречается с Михаилом Молчановым. Последний убедил Болотникова, что Лжедмитрий I жив, и отправил с письмом от «царя Дмитрия» в Путивль к Шаховскому.
Шаховский в Путивле с нетерпением ждал «царя Дмитрия», готовый принять любого самозванца. Но вместо него приехал «царский гетман» Иван Болотников. Шаховский объявил его главным воеводой ещё не существующего самозванца. У Болотникова в Путивле собралось до десяти тысяч войска из служилых и посадских людей, крестьян и казаков, и даже небольшой отряд поляков под командой ротмистра Павла Хмелевского.
Вскоре в Путивль прибывает и «царевич Пётр» с войском. «Царевич» становится союзником Болотникова, но каждый командует своим войском самостоятельно.
С осени 1606 по 10 октября 1607 года царь Василий, то есть Русское государство, ведёт кровопролитную войну с «гетманом Болотниковым». Подробнее о ней я расскажу в главе «Иван Болотников», а здесь лишь стоит заметить, что в течение почти восьмидесяти лет советские историки изымали всё, что связано с Болотниковым, из раздела, где говорится о Смутном времени и Лжедмитрии II, и переносили в раздел «Крестьянская война под руководством И. И. Болотникова». На самом деле Болотников был таким же «воровским» воеводой, как и «царевич Пётр», атаман Иван Заруцкий и другие им подобные. Его методы ведения войны и поведение во взятых городах мало отличались от действий других воевод Лжедмитрия II.
Важно отметить, что параллельно с войной с Болотниковым царю Василию в 1606—1607 годах в других регионах России пришлось бороться с мятежами, никак не связанными с Болотниковым.
Восстания против царя Шуйского поздней осенью 1606 года охватили район Нижнего Новгорода по обеим сторонам Волги и Оки. Причём восстания эти не были скоординированы, а их вожди преследовали различные цели. Так, на Волге действовали шайки мордвинов неких Москова и Вокорлина. В городке Царёвококшайске поднял мятеж местный стрелецкий голова Иван Борисович Доможиров. Его отряд осадил Нижний Новгород. К Доможирову присоединился и князь Иван Дмитриевич Болховский. Однако сам Нижний Новгород остался верен царю, а его жителям удалось отсидеться от «воров» в осаде.
В Вятской и Пермской областях был сорван сбор ополчения, а царским чиновникам, приехавшим за этим, пришлось убираться несолоно хлебавши.