Аввакум, устроившись на Москве, стал помогать Неронову в церковнослужении и проповедничестве в соборе, и с этих пор с соборной кафедры зазвучали новые — суровые и мужественные ноты. Если Неронов умилял сердца слушателей трогательностью своей речи, то Аввакум, истинный народный оратор, доводил их до настоящего экстаза напряженностью своего одушевления. Он говорил простым, но в высшей степени энергичным и властным языком. Его слово было трубным гласом, зовущим на борьбу, на духовный подвиг во имя идеала.
— Ну-ка! Воспрянь и исповедуй Христа Сына Божия громко предо всеми. Полно таиться. Само царство небесное в рот валится, а мы все ждем и время теряем. Таким приблизительно языком говорил Аввакум со своей паствой. Появление Аввакума в кружке Неронова как раз совпало с таким моментом, когда кружку пришлось занять боевое положение.
Начались церковные исправления Никона, которые в глазах кружка были изменой национальной правде, вторжением антихристова духа в церковную святыню, потому что дело этих исправлений было отдано в руки иноземцев, приезжих греческих монахов, в правоверии которых так сильно сомневались русские люди того времени.
В 1653 г. вышло распоряжение Никона креститься в церквах тремя, а не двумя перстами.
— И мы, — рассказывает Аввакум, — сошедшись между собою, увидели, что зима хощет быти. Сердце наше озябло и ноги задрожали.
Сам Неронов был посещен видением. Во время молитвы он услышал голос:
— Время приспе страданию, — подобает вам неослабно страдати!
И страдания не заставили себя ждать. В ответ на резкие протесты кружка против распоряжений Никона Иван Неронов был отправлен в ссылку в Вологду, в Спасокаменный монастырь. В кружке начались колебания. Выделилась умеренная партия из священников Казанского собора, которые не хотели открытого разрыва с духовными властями.
Тогда восстал на брань Аввакум. Собрав вокруг себя непримиримых членов кружка, он порвал связь с Казанским собором и, водворившись в опустелом доме Неронова, стал отправлять там церковные службы по старому тану. Патриарх не мог стерпеть такого соблазна. И вот, в субботу 13 августа 1653 г., лишь только Аввакум собрался с братнею в сушиле нероновского дома на всенощное бдение, явился патриарший боярин со стрельцами, сковал Аввакума, надел ему на шею цепь и в таком виде отвез его в Андрониев монастырь, бросив его там в темный погреб. Четыре недели провел Аввакум в заточении, твердо выдерживая и уговоры отказаться от ереси, и мучительные истязания, которыми хотели сломить его упрямство. Весь кружок Неронова был разгромлен. Одних разослали по монастырским тюрьмам, другие не выдержали грозы и отступили от своих убеждений. Наконец вышло от патриарха решение и относительно Аввакума: лишить священства и отправить в ссылку.
15 сентября в Успенском соборе назначен был обряд расстрижения. Уже в самой церкви перед решительным моментом царь Алексей Михайлович не вытерпел, вдруг сошел со своего места и при всех начал просить патриарха остановить расстрижение. Мягкий царь любил в душе учительное слово сурового протопопа. Никон уважил просьбу царя, и Аввакум с сохранением духовного сана был отправлен в далекий Тобольск.
Тяжело было это невольное путешествие для Аввакума и еще тяжелее досталось оно его жене, неизменной спутнице своего мужа. В дороге родился у них ребенок, и жене Аввакума приходилось больной ехать в телеге в бесконечную даль Сибири. Через 13 недель добрались-таки до Тобольска.
Противники Аввакума напрасно думали чего-нибудь достигнуть его ссылкой. Он ехал в Сибирь, весь пылая ревностью о «старой вере», громко обличая на всем пространстве своего пути действия Никона Личные страдания и лишения не имели власти над его сильной волей, а проезд по всей России вплоть до Сибири только давал ему случай разнести семена своей злобы на церковные новшества по всему лицу русской земли. И толпы народа слушали его резкое, возбужденное слово, видели в нем мученика, страдающего за правую веру, и расходились по домам с готовым решением, что на Руси воцарился дух антихристов, вселившийся и в царя, и в патриарха.
— По изволению государеву, — говорил Аввакум, — осквернилось Московское царство. Никониане отметут все, Богом преданное… Как Никон царя причастил антидором, так возьми да понеси, да ломай все старое, давай новую веру римскую и прочая ереси клади в книги.
Обличая Никоновы новшества, Аввакум не забывал выставлять перед народом тот мученический венец, который уже покрывал головы многих противников Никона и который должен был так поднять их в глазах народа, как страдальцев за свои убеждения.