В конце мая 1918 года Кизеветтер выступил с докладом на кадетской конференции в Москве. По его докладу была принята резолюция о верности союзникам и усилении борьбы против советской власти. В то же время весьма любопытна позиция Кизеветтера и некоторых участников конференции относительно работы в организациях, контролируемых большевиками. Кадеты, эти «враги народа», как их квалифицировала советская власть, с ужасом наблюдали развал страны, надвигающуюся гибель экономики и культуры. Поэтому многие из них считали, что необходимо во многих случаях перейти от бойкота советских учреждений к работе в них, если это пойдет на пользу России; поезда все-таки должны ходить, кто бы ни находился у власти, — приблизительно в таком духе высказался один из участников, вскоре арестованный ВЧК. Однако, идя на службу в большевистские учреждения, необходимо четко обозначить свою политическую позицию, ни в коем случае не допускать идейных компромиссов. Цитируя Священное писание, Кизеветтер подчеркнул, что члены партии должны быть чисты как голуби и мудры как змеи19.
Однако никакая мудрость не могла уберечь члена ЦК партии кадетов, легально проживающего в Москве и не собирающегося менять своих убеждений, от внимания ВЧК. 29 сентября 1918 года Кизеветтер был арестован и доставлен на Лубянку; затем его перевели в Бутырскую тюрьму, где он провел около трех месяцев, так и не дождавшись предъявления обвинения. Помогли студенты. 4 января 1919 года совет старост Московского университета направил В. И. Ленину телеграмму следующего содержания:
«Председателю Совнаркома Ленину.
Совет старост 2 Московского государственного университета ходатайствует перед Вами об освобождении арестованного и уже 3 месяца находящегося без предъявления обвинений в Бутырской тюрьме профессора Кизеветтера, так как его дальнейшее пребывание в тюрьме, ввиду его болезни склероза и диабета, грозит самыми роковыми последствиями его здоровью и жизни; между тем он давно отошел от политической деятельности и всецело посвятил себя научной и преподавательской работе, к которой мы просим Вас возвратить его.
Вождь мирового пролетариата наложил резолюцию: «Лацису и Петерсу на заключение и сообщение мне»21. Знаменитый чекист М. Я. Лацис, незадолго до описываемых событий рекомендовавший своим коллегам определять виновность подозреваемых, исходя из их происхождения, на этот раз, к счастью, не стал следовать собственным принципам и 13 января по его распоряжению Кизеветтер был освобожден. Возможно, с освобождением Кизеветтера было не все так просто, поскольку накануне в телефонном разговоре с женой историка М. Н. Покровский, учившийся в свое время у Ключевского и некогда поздравлявший Кизеветтера с успешной защитой магистерской диссертации, советовал ей «успокоиться на мысли, что все хлопоты напрасны» и что ее мужа не выпустят22. Впрочем, не исключено, что главу «историков-марксистов» чекисты просто не сочли нужным своевременно проинформировать.
Кизеветтер, чтобы как-то просуществовать и содержать семью, был вынужден подрабатывать, где только мог. Он пошел служить в архив бывшего Министерства иностранных дел, преподавал, кроме Московского университета, на Драматических курсах Малого театра, ездил с лекциями по стране от культурно-просветительского отдела Союза кооперативных объединений; как правило, лекторам платили на местах «натурой» — в одном из своих мемуарных очерков Кизеветтер с юмором описывал, каких трудов стоило доставить заработанные продукты в Москву. Власть, борясь со «спекуляцией», запрещала провозить продовольствие в голодный город!
Кроме того, Кизеветтер сотрудничал в кооперативном издательстве «Задруга» и даже торговал, вместе с некоторыми другими известными литераторами и учеными, в книжной лавке издательства. Возможности литературных заработков он практически лишился — за отсутствием органов печати, закрытых советской властью. В 1919 году он выпустил единственную работу — брошюру «Русский Север. Роль Северного края Европейской России в истории русского государства» в Вологде, в 1920-м у едва ли не самого плодовитого русского историка публикаций не было вообще; в 1921-м вышли две небольшие статьи в журнале «Голос минувшего». В 1920-м году Кизеветтеру, а также М. М. Богословскому и Р. Ю. Випперу было запрещено чтение лекций в высших учебных заведениях как «проводникам старой буржуазной культуры»23.