Не оставляла Кизеветтера, как и других «буржуазных» интеллигентов, своим вниманием ВЧК. В сентябре 1919 года он вновь был арестован (шли массовые аресты по делу так называемого «Национального центра»; среди арестованных были историки М. М. Богословский, С. Б. Веселовский, Д. М. Петрушевский и др. Кизеветтера выпустили через две с лишним недели. Его имя, хотя и упоминалось в показаниях некоторых из арестованных, но лишь как члена партии кадетов, что и так было всем известно; многим из его знакомых и однопартийцев повезло гораздо меньше. 67 человек были расстреляны, в том числе член ЦК партии кадетов Н. Н. Щепкин, внук великого артиста24.
Третий раз Кизеветтера арестовали в 1921 году в Иваново-Вознесенске, где он читал лекции в эвакуированном туда Рижском политехникуме. Историка доставили в Москву и через месяц, так и не предъявив обвинения, выпустили.
В августе 1922 года Кизеветтер был подвергнут краткому домашнему аресту. «Придержать» его дома властям нужно было для того, чтобы он находился под рукой для предъявления постановления о высылке из пределов Советской России. Кизеветтера включили в большую группу известных интеллектуалов, которых большевистское руководство не хотело по внешнеполитическим соображениям подвергать более суровым репрессиям, но и терпеть их свободомыслие не собиралось. 28 сентября 1922 года Кизеветтер с семьей отплыл из Петрограда на немецком пароходе в Германию.
В Россию ему уже не было суждено вернуться.
Впрочем, в такую Россию Киэеветтер и не хотел возвращаться. Несколько месяцев спустя после высылки он писал своему старому товарищу по партии В. А. Маклакову, занимавшему в то время пост российского посла в Париже (Франция еще не признала СССР и особняк на улице Гренелль, где помещалось посольство, занимал представитель уже не существующего государства): «Шлю Вам из Праги сердечный привет. Нежданно-негаданно выпорхнул из большевистской клетки, за что и благословляю судьбу»25. В другом письме к Маклакову Кизеветтер высказывал предположение, что тот недооценивает «преимуществ нахождения за пределами Совдепии», поскольку ему не пришлось видеть «большевистского властвования» воочию. «Могу сказать одно, — писал Киэеветтер, — я испытывал чувство тоски по родине, когда сидел в своей квартире в Москве и кругом себя не видел своей родины. Здесь же я тоски по родине не чувствую, ибо имею возможность свободно и по-человечески жить с русскими людьми. И, читая лекции, помогать русской молодежи хранить в себе русскую душу для лучших времен»26.
Возможность профессионально реализоваться и «помогать русской молодежи» Кизеветтер получил в Праге, куда прибыл 1 января 1923 года. Прага в 1920-е — первой половине 1930-х годов была признанным академическим центром Русского зарубежья. В 1922 году президент Чехословакии Томаш Масарик и чешское правительство предприняли так называемую Русскую акцию. Суть ее заключалась, во-первых, в том, чтобы помочь ученым-беженцам, во-вторых, обеспечить подготовку специалистов для будущей, очищенной от большевизма, России. В рамках Русской акции был создан Русский университет с двумя факультетами — юридическим и гуманитарным; существовал также Народный университет для тех, кто не мог посещать лекции в дневное время; Русский научный институт в Праге фактически выполнял функции Академии наук Русского зарубежья; действовал также ряд других научных учреждений — Экономический кабинет, Семинар византиниста Н. П. Кондакова и др. При чехословацком министерстве иностранных дел был создан Русский заграничный исторический архив.
Кизеветтер преподавал практически во всех русских учебных заведениях в Праге, читал также курс истории на философском факультете чешского Карлова университета; выезжал с лекционными турне в Берлин, Белград, в Прибалтику. Он стал одним из основателей в 1925 году Русского исторического общества в Праге; был товарищем его председателя (известного историка Е. Ф. Шмурло), а затем председателем. Кизеветтер возглавил Совет и учено-административную комиссию Русского заграничного исторического архива.