Единственное отступление Сасанидов от религиозной терпимости произошло во второй половине III века, когда на религиозную политику государства оказывал влияние верховный зороастрийский жрец Кирдер. Он распорядился разрушить несколько буддийских монастырей в Афганистане, поскольку смесь буддизма с зороастризмом казалась ему ересью. Тем не менее, буддизм быстро восстановился после смерти Кирдера.
Белые гунны и тюркские шахи
В начале V столетия белые гунны, известные в греческих источниках как эфталиты, а в индийских – как турушки, отвоевали у Сасанидов большую часть территорий бывшего Кушана, включая территорию Афганистана. Сначала белые гунны следовали своей собственной религии, напоминавшей зороастризм. Однако вскоре они стали ярыми приверженцами буддизма. Ханьский паломник из Китая Фа Сянь, путешествовавший по их территории в период между 399 и 414 годами н.э., сообщил о процветании нескольких хинаянских школ.
Тюркские шахи представляли собой тюркский народ, берущий свое начало от кушан. После разгрома Кушанской династии Сасанидами тюркские шахи переняли управление частями бывшей Кушанской империи, расположенными в северо-западной и северной Индии. Они управляли этими территориями до прихода туда в VI веке индийской династии Гупта, после чего бежали в Нагарахару. Тюркские шахи отвоевали части территории Нагарахары у белых гуннов и к середине V века распространили свое влияние на Кабульскую долину и Капису. Подобно кушанам и белым гуннам, занимавшим эту территорию ранее, тюркские шахи поддерживали буддизм на территории Афганистана.
В 515 году царь белых гуннов Михиракула, находившийся под влиянием небуддийских фракций своего двора, завидовавших влиянию буддийских министров и чиновников, запретил буддизм. Он разрушил монастыри и убил много монахов в северо-западной Индии, Гандхаре и особенно в Кашмире. В меньшей степени гонениям подверглась контролируемая им часть Нагарахары. Его сын полностью изменил эту политику и построил во всех этих регионах новые монастыри.
Западные тюрки
Придя с севера территории Западного Тюркского каганата, западные тюрки заняли в 560 году западный участок среднеазиатской части Великого шелкового пути. Они медленно распространились в Бактрию, вытесняя тюркских шахов дальше на восток в Нагарахару. Многие вожди западных тюрок переняли буддизм у местного населения и в 590 году построили новый буддийский монастырь в Каписе. В 622 году правитель западных тюрок каган Тонгшиху официально принял буддизм под руководством Прабхакарамитры, монаха из северной Индии.
Приблизительно в 630 году ханьский паломник из Китая Сюань Цзан по пути в Индию посетил земли, занимаемые западными тюрками. Он свидетельствовал о процветании буддизма в бактрийской части их империи, особенно в находящемся в Балхе монастыре Нава Вихара. Он упомянул не только об образовании в монастырском университете, но и о прекрасных статуях Будды, задрапированных в шелковые одеяния и украшенных драгоценными орнаментами в соответствии с местными зороастрийскими обычаями. В те времена у монастыря были тесные связи с Хотаном – исключительно буддийским царством Восточного Тюркского каганата. Монастырь посылал туда на учебу много монахов. Кроме того, Сюан Цзан описал находившийся рядом с Нава Вихара монастырь, в котором практиковали продвинутую технику медитации традиции хинаяна – випашьяну (пали: випассана) – исключительно острому восприятию непостоянства и отсутствию у индивидуума независимой ни от чего личности.
В гораздо худшем состоянии Сюань Цзан нашел буддизм в Нагарахаре, находящейся под управлением тюркских шахов. Что касается пенджабского района Гандхары, создавалось впечатление, что территория не восстановилась в полной мере после гонений на буддизм, имевших там место более чем столетие назад при царе Михиракуле. Хотя монастырь Нагара Вихара с хранящейся в нем реликвией – частью теменной кости Будды, был одним из самых священных паломнических мест буддийского мира, Сюань Цзан сообщил о том, что монахи здесь развращены и берут с паломников по золотой монете за каждый взгляд на реликвию. Кроме того, он сообщил о том, что во всем регионе нет центров образования.
Вместе с тем, несмотря на проникновение махаяны в Афганистан из Кашмира и пенджабской Гандхары в V и VI столетиях, Сюань Цзан заметил ее присутствие только к западу от Нагарахары – в Каписе и в Гиндукуше. Доминирующей буддийской традицией в Нагарахаре и северной Бактрии оставалась сарвастивада.