После смерти Чингиз-хана в 1227 году и раздела империи между наследниками его сын Чагатай унаследовал правление Согдианой и Афганистаном и основал Чагатайский улус. В 1258 году Хулагу, внук Чингиз-хана, завоевал Иран и Аббасидский халифат со столицей в Багдаде. Он основал Ильханат и вскоре пригласил к своему двору, располагавшемуся в северо-восточном Иране, буддийских монахов из Тибета, Кашмира и Ладакха. Ильханат был могущественнее Чагатайского улуса, и в первое время Хулагу имел влияние на своих двоюродных братьев. Поскольку путь буддийских монахов в Иран лежал через Афганистан, они, несомненно, получали официальную государственную поддержку на этом пути.
Согласно некоторым ученым, тибетские монахи, пришедшие в Иран, скорее всего, были последователями школы дрикунг-кагью, и причины, по которым Хулагу пригласил их, могли быть политическими. В 1260 году его двоюродный брат Хубилай-хан, монгольский правитель северного Китая, объявил себя великим ханом всех Монголов. Хубилай покровительствовал традиции сакья тибетского буддизма и даровал лидеру этой школы номинальную власть над Тибетом. До этого политическим влиянием в Тибете обладали лидеры школы дрикунг-кагью. Главным соперником Хубилая был его двоюродный брат Хайду, правивший Западным Туркестаном и поддерживавший линию передачи учений дрикунг-кагью. Возможно, Хулагу хотел поддержать Хайду в борьбе за власть.
Некоторые предполагают, что причина обращения Хубилая и Хулагу к Тибету кроется в том, что они хотели заручиться сверхъестественной поддержкой Махакалы – буддийского защитника, практику которого выполняли в обеих традициях, сакья и кагью. Махакала был защитником тангутов, которым принадлежала территория между Тибетом и Монголией. Как-никак их дед Чингиз-хан был убит в битве тангутами, которые, должно быть, получали сверхъестественную помощь. Вряд ли монгольские лидеры, включая Хулагу, выбрали тибетский буддизм благодаря его глубоким философским учениям.
После смерти Хулагу в 1266 году, Чагатайский улус стал более независим от Ильханата и вступил в союз с Хайду в его борьбе против Хубилай-хана. Тем временем линия преемников Хулагу чередовала поддержку тибетского буддизма и ислама, видимо также по политическим причинам. Сын Хулагу, Абака, продолжил политику поддержки тибетского буддизма, начатую его отцом. Тем не менее, брат Абаки Такудар, наследовавший ему в 1282, принял ислам, когда вторгся на территорию Египта и завоевал его, чтобы получить поддержку местного населения. Сын Абаки Аргун разгромил своего дядю и стал ильханом в 1284 году. Он сделал буддизм государственной религией Ирана и основал на его территории несколько монастырей. Когда Аргун умер в 1291 году, ильханом стал его брат Гайхату. Тибетские монахи дали Гайхату тибетское имя Ринчен Дордже, однако тот был опустившимся пьяницей и вряд ли делал честь буддийской вере. Он ввел в Иране китайские бумажные деньги, что привело к экономической катастрофе.
Гайхату умер в 1295 году, через год после смерти Хубилай-хана. Его трон унаследовал сын Аргуна Газан. Он восстановил ислам в качестве официальной государственной религии Ильханата и разрушил новые буддийские монастыри. Некоторые ученые утверждают, что отмена Газан-ханом религиозной политики его отца была способом дистанцировать себя от реформ и веры его дяди, а также заявить о своей независимости от монгольского Китая.
Несмотря на приказ разрушить буддийские монастыри, складывается впечатление, что Газан-хан не желал разрушать все связанное с буддизмом. Например, он поручил Рашид ад-Дину написать «Историю мира» (араб. Джами' ат-таварих) c переводом на персидский и арабский языки. В часть труда, посвященную культурам захваченных монголами народов, Рашид ад-Дин включил текст «Жизнь и учения Будды». Чтобы помочь историку в его исследовании, Газан-хан пригласил ко двору Бакши Камалашри – буддийского монаха из Кашмира. Как и более ранний труд аль-Кермани, труд Рашида представил буддизм в легко понятной для мусульман форме. Например, Будда назывался пророком, дэвы назывались ангелами, а Мара – Дьяволом.
Рашид ад-Дин сообщил, что в его время в Иране были распространены одиннадцать буддийских текстов, переведенных на арабский, включая тексты махаяны, такие как «Сутра об устройстве чистой земли блаженства» (санск.: Сукхавативьюха сутра, повествующая о чистой земле будды Амитабхи; «Подробное описание счастливой земли»), «Сутра о расположении, подобном плетеной корзине» (санск.: Карандавьюха сутра, сутра об Авалокитешваре – воплощении сострадания) и «Разъяснение о Майтрейи» (санск.: Майтрейявьякарана, текст о будде Майтрейе – грядущем будде и воплощении любви). Эти тексты, несомненно, были среди переведенных под покровительством Аббасидских халифов в багдадском «Доме знаний», основанном в VIII столетии.