Король, получив от Оливера предостережение, совершил побег из Хэмптон-Корта, подумал, прикинул и переправился в Карисбрукский замок на острове Уайт. Там он на короткое время успокоился, но потом, сделав вид, будто заключил союз с парламентом, на самом деле попросил уполномоченных из Шотландии прислать оттуда армию для его защиты. Когда он разорвал отношения с парламентом (и уладил с Шотландией) с ним стали обращаться, как с пленником, но не сразу, а после того, как он чуть не сбежал на посланный королевой корабль, стоявший на рейде у острова.
Надежды короля на шотландцев были напрасными. Договор, заключенный с уполномоченными, пришелся не по вкусу шотландским священникам: они сочли его недостаточно выгодным для религии своей страны и поносили в своих проповедях. В итоге, присланная из Шотландии армия оказалась слишком мала серьезных успехов, и даже помощь восставших роялистов в Англии и бравых солдат из Ирландии не помогла ей одержать превосходство над солдатами парламента, которыми командовали такие люди, как Кромвель и Фэрфакс. Старший сын короля, принц Уэльский, приплыл из Голландии с девятнадцатью кораблями (той частью английского флота, что отправилась за ним) на подмогу отцу, но только зря потратил время. Самым примечательным событием этой второй гражданской войны стала жестокая расправа, учиненная парламентским генералом над двумя великими генералами-роялистами: сэром Чарльзом Лукасом и сэром Джорджем Лайлом, которые отважно защищали Кольчестер целых три месяца, невзирая на голод и болезни. После расстрела сэра Чарльза Лукаса, сэр Джордж Лайл поцеловал его бездыханное тело и сказал солдатам, которым предстояло теперь выстрелить в него:
— Подойдите ближе и прицельтесь получше.
— Уверяю вас, сэр Джордж, — ответил один из них, — мы не промахнемся.
— Правда? — с улыбкой спросил Лайл. — Но я столько раз стоял куда ближе к вам, и вы промахивались.
Парламент под яростным напором армии, потребовавшей выдачи семерых неугодных ей людей, проголосовал за то, чтобы прекратить всякие переговоры с королем. И все же, когда эта вторая гражданская война (а она продолжалась примерно полгода) близилась к концу, переговоров были назначены уполномоченные. Король, пользовавшийся в то время относительной свободой и живший в частном доме в Ньюпорте на острове Уайт, провел эти переговоры настолько разумно, что восхитил всех, кто за ними наблюдал, согласился в конце концов на все предъявленные ему требования и даже был готов (хотя прежде упорно отказывался) на время упразднить епископат, а церковные земли передать короне. Но закоренелый его порок был неизбывен, и пока верные друзья короля вместе с уполномоченными убеждали его пойти на уступки, так как у него не было иного способа спастись от армии, он договаривался о побеге с острова, он поддерживал связь с католиками из Ирландии, и отрицая: это, писал своей рукой, что уступает, чтобы выиграть время и подготовить побег.
Вот так обстояли дела, когда армия решила выйти из повиновения и без ведома парламента двинулась в сторону Лондона. Парламент в свою очередь перестал испытывать перед ней страх, послушался отважного Холлиса и проголосовал за установление мира в королевстве на основании сделанных королем уступок. Узнав об этом, полковник Рич и полковник Прайд прибыли в палату общин с конным полком и пешим полком, полковник Прайд стал у дверей со списком неугодных армии людей, велел указать ему на них, когда они будут проходить мимо, и арестовал. Впоследствии эту процедуру народ в шутку назвал «прайдовой чисткой». Кромвель со своими солдатами был в это время на севере, но, вернувшись домой, отнесся к случившемуся одобрительно.