Тут прелаты испугались, что зашли слишком далеко. Хотя сам Томас Бекет был невозмутим, как Вестминстерский дворец, его струхнувшая братия настояла, чтобы он отправился к королю в Вудсток и пообещал соблюдать древние установления без всяких оговорок. Король благосклонно принял смирившегося ослушника и предложил собрать в Кларендонском замке, в Солсбери, большой духовный синклит. Но на этом синклите архиепископ вновь произнес слова: «Только не в ущерб моему ордену», и твердо стоял на своем, как ни умоляли его лорды, как ни плакали, пав перед ним ниц, священники, как ни хмурились толпившиеся в дверях королевские стражники. Правда, в тот раз он все-таки уступил. Древние установления (включая то, соблюдения которого тщетно добивался король) были занесены в книгу, подписаны главою духовенства, скреплены его печатью и названы Кларендонским уложением.
Несмотря на это, раздор продолжался. Архиепископ искал встречи с королем. Король не желал с ним встречаться. Архиепископ попытался бежать из Англии, но матросы не спустили на воду ни одной шлюпки, чтобы переправить его на корабль. Тогда он решил возобновить войну с королем и открыто пошел против древних установлений.
Генрих вызвал его на большой совет в Нортгемптоне, где предъявил ему обвинение в государственной измене и предложил взыскать с него, в возмещение несуществующих убытков, огромную сумму денег. Томас Бекет оказался один против всего собрания, даже епископы советовали ему сложить с себя сан и покориться королю. Великое потрясение на два дня приковало его к постели, но не сломило его духа. Он явился на отложенное судилище с огромным распятием в правой руке и сел, держа его прямо перед собой. Король в раздражении удалился во внутренние покои. Совет в раздражении удалился следом за королем, оставив Томаса Бекета в одиночестве. Он не тронулся с места. Вскоре к нему толпой вышли прелаты и объявили его изменником. Он не шелохнулся, а только промолвил: «Я понял!» Прелаты опять удалились во внутренние покои, и суд продолжался в отсутствии подсудимого. Еще немного спустя в залу чинно вступили лорды, предводительствуемые графом Лестером, которому доверено было огласить приговор. Томас Бекет отказался его слушать, заявив, что не признает полномочий этого собрания и намерен передать дело на рассмотрение папы. Когда он с распятием в руке направился к выходу, королевские прихвостни принялись хватать с пола и метать в него пуки тростника — в те времена тростник стелили заместо ковров. Архиепископ гордо повернул голову и сказал: «Если бы не мой сан, я порубил бы этих трусов мечом, коим неплохо владел в былые годы». Потом он сел на коня и уехал, прославляемый простым людом. В тот вечер его дом был открыт для бедноты, с которой он разделил свой ужин. Тем же вечером Томас Бекет тайком покинул город и под именем брата Любима, путешествуя по ночам и скрываясь днем, не без труда добрался до Фландрии.
Но противоборство на этом не кончилось. Разгневанный Генрих наложил руку на доходы архиепископства и изгнал всех родичей и приспешников Томаса Бекета, числом до четырехсот человек. Папа и король французский взяли архиепископа под свое покровительство и отдали в его распоряжение целое аббатство. Ободренный такой поддержкой, Томас Бекет в один праздничный день торжественно проследовал в главный собор, битком набитый прихожанами, взошел на кафедру и громогласно предал анафеме всех, кто стоял за Кларендонское уложение, назвав по именам многих английских вельмож и прозрачно намекнув на самого короля английского.
Когда известие об этом новом оскорблении было принесено Генриху в опочивальню, он пришел в такую дикую ярость, что разодрал на себе одежды и, словно буйно помешанный, стал кататься по своим соломенным тюфякам. Но быстро опомнившись, король начал действовать. Он приказал строго следить за всеми пристанями и побережьями, чтобы в Англию не ввезли какой-нибудь указ об отлучении или, чего доброго, об интердикте, и отправил к папе в его римский дворец посольство с богатыми дарами. Между тем Томас Бекет тоже не сложа руки сидел в Риме: он крутился лисой, строя козни против короля. Так все и шло, пока между Англией и Францией (успевшими тем временем повоевать) не был заключен мир, ознаменовавшийся бракосочетанием двух отпрысков двух монархов. Тогда французский король устроил встречу между Генрихом и его бывшим фаворитом, а ныне заклятым врагом.