После этого ат-Табари окончательно покинул Египет и возвратился в Багдад, где предался целиком научной деятельности и преподаванию. Вскоре он побывал на родине, но недолго. По возвращении в Багдад он основал свою школу права, которая получила название «ал-джаририййа» по имени его отца.
Своими высказываниями об Ибн Ханбале ат-Табари вызывал вражду его приверженцев и выдержал однажды форменную осаду в своем доме, от которой был освобожден только вмешательством начальника полиции[5]. Вторично на родине в Амуле ат-Табари побывал уже в старости, в 290 г. х., где нашел шиитство сильно распространившимся. Его попытки противостоять ереси навлекли на него вражду шиитов и он вынужден был навсегда покинуть Амул. Он вернулся в Багдад, из которого больше не выезжал. Умер он 26 шавваля 310/16 февраля 923 г. Его школа права просуществовала недолго и большого числа приверженцев не приобрела.
Ат-Табари был ученым по преимуществу. Не желая связывать себя ни с какой практической деятельностью, он отклонял предложения о принятии каких-либо должностей. Так, он отклонил предложенный ему визиром ал-Хакани пост судьи[6]. Сохранять независимость ему позволяло имение на родине, доходами от которого он жил[7]. Отказывался он также и от подарков, за которые не мог отблагодарить[8].
Источниками биографии ат-Табари являются: «Фихрист» Ибн ан-Надима ал-Варрака (ок. 377 г. х.), основывающийся на краткой биографии ученика ат-Табари по его школе права ал-Му’афа б. Закариййа’, ан-Нахравани (род. в 303/915, ум. в 390/ 1000 г.) (I, 234—235); «Та’рих Багдад» ал-Хатиба (ум. в 463/ 1071 г.) (II, 162—170); «Та’рих Димашк» Ибн 'Асакира, «Иршад ал-ариб» Йакута (VI, 423—464), основывающегося на ал-Хатибе и, главным образом, на специальных биографиях современников ат-Табари, — его ученика ал-кади Ахмада б. Камила Абу Бакра «Ахбар Аби Джа’фар ат-Табари» и ‘Абд ал-азиза б. Мухаммада ат-Табари «Сират Аби Джа’фар ат-Табари», перечень его трудов — на основании утерянного продолжения «Истории» — «Китаб ас-силе» ‘Абдаллаха б. Ахмада ал-Фергани; «Табакат» ас-Субки (II, 135—140) и «Тазкират ал-хуффаз» аз-Захаби.
Ат-Табари был плодовитым писателем. Им было написано свыше 20 сочинений, среди которых такие, как «История» и комментарий к Корану, состоящие из многих томов. Ученики его подсчитали, что количество листов, которое он писал в день, равнялось 14. Важнейшие из его сочинений дошли до нас полностью или в больших извлечениях, и в настоящее время изданы на Востоке и в Европе. Разбору правовых теорий различных школ посвящено его сочинение «Китаб ихтилаф ал-фукаха’» («Книга различных взглядов правоведов»). Громадный 20-томный комментарий к Корану («Тафсир ал-Кур'ан») является первым сводом существовавшего до ат-Табари экзегетического предания и литературы. Подход ат-Табари к материалу и источникам в этом комментарии в основном таков же, как и в его историческом труде. Он систематически приводит ссылки на свои источники, что очень важно, так как дает возможность установить историю экзегетической работы до него в полном объеме. С особенным вниманием останавливается ат-Табари на разъяснении исторических событий, упоминаемых в Коране. Объяснения эти представляют целые исторические экскурсы. Это дало возможность одному из исследователей высказать мысль о том, что ат-Табари в своем комментарии к Корану более историчен, чем в своей «Истории», и это в значительной степени справедливо. Восточное издание «Тафсира» занимает 30 томов.