Понимая, что военное положение страны с каждым днём бесповоротно ухудшается и на горизонте фактически маячит потеря суверенитета со всеми вытекающими последствиями, лидеры Эритреи инициировали новый раунд мирных переговоров в Алжире, который начался 29 мая. Однако боевые действия на земле и в небе продолжались, и, с целью усиления позиций своей делегации, истребители- бомбардировщики МиГ-21-2000 и МиГ-23БН ВВС Эфиопии нанесли в тот же день удары по городам Асмэре, Массауа, Асэбу и Мэндэфэре. При этом удар по главной базе эритрейских ВВС получил условное обозначение «Операция Айдер», по названию школы в городе Мэкеле, которую 5 июня 1998 г. разбомбили экипажи эритрейских «АэроМакки».
Ближе к полудню 29 мая две пары эфиопских МиГ-23БН внезапно появились в воздушном пространстве над авиабазой и международным аэропортом в Асмэре — впервые за два последних года. Первая пара залпом 80- мм НАР С-8 поразила вышку КДП, которая окуталась дымом и позднее полностью выгорела, после чего «Миги» пошли на второй заход. Подошедшая следом вторая пара обстреляла НАРами хранилище авиационного горючего. Стоявшие практически открыто топливные ёмкости мгновенно вспыхнули. Совершив разворот, «МиГи» первой пары пошли во вторую атаку, сбросив на капониры по четыре РБК-500, которые были снаряжены осколочными и зажигательными боеприпасами. В укрытиях пилоты успели заметить несколько МиГ-21 (судя по всему, полученных из Молдовы), а также по одному МиГ-29УБ и Ми-35. Однако атака, на этот раз производившаяся под довольно плотным зенитным огнём, оказалась не точной: большая часть «начинки» легла мимо целей, а бетонная обваловка защитила летательные аппараты от большей части осколков. Вторая пара «МиГов», помимо блоков НАР Б-8 (на подкрыльевых пилонах), несла по четыре 500-кг осколочно-фугасные бомбы, которые сбросила на комплекс зданий авиабазы. Подошедшая буквально следом вторая четверка МиГ-23БН положила 500-кг бетонобойные. бомбы на ВПП, после чего отработала 80-мм НАРами по электроподстанции аэродрома.
Эритрейцы подняли вдогонку с рулёжной дорожки один МиГ-29УБ, но настичь уходившие прочь «двадцать третьи» над своей территорией не удалось, а войти в эфиопское воздушное пространство пилот «МиГа» не решился, справедливо опасаясь угрозы со стороны Су-27. Нельзя забывать, что из-за отсутствия РЛПК МиГ-29УБ не может применять управляемые ракеты средней дальности Р-27 с полуактивной РЛ ГН. В его арсенале лишь УР Р-73 с ИК ГСН и 30-мм пушка, но для применения этих средств поражения надо было сблизиться на короткую дистанцию.
Результатом этого рейда стал почти полный вывод из строя авиабазы, на которой сгорело хранилище авиационного топлива. При этом пламя от разлившегося керосина всё-таки добралось до стоянок, на которых сгорела часть самолётов и вертолётов. Больше всего пострадали экс-молдавские МиГ-21, один из которых был уничтожен, а остальные три других сильно повреждены огнём. Учитывая, что состояние этих истребителей и так было не самым лучшим, удивляться тому, что ни один из них эритрейцам так и не удалось использовать во время войны, не приходится. Серьёзный ущерб был нанесен и ВПП, в результате чего международный аэропорт пришлось закрыть, к тому же сильно пострадала и система освещения всего аэродрома (включая ВПП). Как заявил начальник эритрейского Генштаба генерал-лейтенант Цадкан Гэбре-Тэнсаэ, этот удар был нанесён с целью «вывести из игры ВВС Эритреи». Последних, впрочем, и так не особенно было заметно в последние дни боёв.
30 мая исполняющий обязанности официального представителя Госдепартамента США Филипп Рикер призвал эфиопов впредь воздержаться от подобных авиаударов, которые имели место 28 и 29 мая, особенно по аэропорту, поскольку через последний в Эритрею шёл основной поток гуманитарной помощи (и оружия с Украины).
В последних числах мая эфиопы вновь перенесли направление главного удара, на этот раз на крайний правый фланг фронта в сектор Бада — Буре. 22 мая они произвели разведку боем силами бригады, но на этот раз эритрейцы не стали ждать повторения событий 12, 23 и 28 мая и тут же приступили к отводу своих частей на 20 км вглубь Эритреи, оставив позиции, которые занимали в течение двух лет. Вновь занятый рубеж обороны был хорошо подготовлен в инженерном отношении и включал три полосы обороны, отстоявшие друг от друга на 5 км.
1 и 2 июня эфиопские истребители-бомбардировщики МиГ-21-2000 и МиГ-23БН неоднократно наносили удары по порту Асэб. Целями экипажей были нефтехранилища, товарные склады, аэродром и другие объекты инфраструктуры, а в 03:30 утра 3 июня эфиопы перешли в наступление силами двух дивизий, но на этот раз атака не имела успеха. Осуществив перегруппировку, эфиопы предприняли вторую попытку прорыва после полудня, но и она не увенчалась успехом. Третья попытка была предпринята 8 июня в 22:30 вечера после проведенной двумя днями ранее расширенной разведки боем и перегруппировки. Начавшееся наступление силами трёх дивизий с частями усиления было остановлено к полуночи 10–11 июня. Несмотря на то, что эритрейцы отчаянно защищались, эфиопские войска смогли овладеть первой линией обороны и приступили к штурму второго. До порта Асэб — конечной цели наступления оставалось всего 37 км…
К этому времени западные страны, ООН и ОАЕ усилили политический нажим на противоборствующие стороны и прежде всего Эфиопию, торопя последнюю с подписанием соглашения о прекращении огня, которое и было подписано 18 июня. Вместе с тем напряжённость между обеими странами не спадала, что временами выливалось в эпизодические столкновения на линии боевого соприкосновения и воздушные бои, один из которых произошёл 25 октября 2000 г., когда эфиопские Су-27 сбили очередной МиГ-29, который пилотировался украинским летчиком. Вместе с тем, понимая, что в ближайшее время обострение с мощным соседом невозможно, президент Эритреи Исайяс Афэуорке подписал 12 декабря 2000 г. полномасштабный мирный договор.
К этому времени безвозвратные потери сторон (только по итогам кампании 2000 г.) составили 22 тыс. человек со стороны эфиопов и 25 тыс. человек со стороны эритрейцев. Общее же количество погибших с обеих сторон превысило 120 тыс. человек. В плен попали около тысячи эфиопских и 2,5 тыс. эритрейских военнослужащих, а более 1,5 млн. мирных жителей (из них примерно 80 % эритрейцы) вынуждены были искать спасение и убежище в лагерях беженцев. Совокупные военные расходы Эритреи и Эфиопии превысили 1 млрд. дол. Однако территориальные претензии обеих сторон (явные и скрытые) остались неудовлетворёнными: эритрейцы не получили плодородный район поливного земледелия в междуречье Тэкэзе и Мэреба/Гаша, а эфиопам не достался порт Асэб (к пересмотру статуса которого они хотели принудить руководство Эритреи).
Как бы там ни было, эфиопы по праву гордятся своими ВВС — кстати, первыми по времени создания во всей Африке — и основой их боевой мощи — истребителями Су-27, впервые продемонстрировавшими свои боевые качества в условиях реальной войны. Уже после первого триумфа «сушек» в Мэкеле открылся бар с одноимённым названием, а охрана аэропорта предлагает всем желающим брелоки для ключей в виде бесформенных кусочков металла из тех самых эритрейских МиГ-29, которых завалили эфиопские Су-27.
На заключительном этапе конфликта эритрейским ВВС пришлось бросить в пламя войны учебно-боевые МиГ-29УБ.