Для авиагруппировки противника, базировавшейся на крымском аэродроме Саки, ночные рейды бомбардировщиков из состава 2-го МТАП прошли отнюдь не безболезненно, о чём можно судить хотя бы по приведённой ниже фотографии, на которой запечатлены разбитые He111 из состава II/KG100.
Оставшиеся в строю самолеты эскадрильи Чумичева продолжали бомбить наступающие немецкие войска, но теперь из-за активности истребителей им пришлось ограничиваться лишь одним вылетом в сутки на рассвете, когда противник ещё не успевал помешать взлету бомбардировщиков. 8 июня в одном из вылетов пропал без вести самолет капитана Куприянова. В целом же, потери за 12-й месяц войны (22.05–22.06.1942) составили восемь машин — больше, чем за весь период с 22.12.1941 по 22.05.1942. Многие бомбардировщики получили повреждения от огня с земли и постоянных артобстрелов на аэродроме. Число исправных Ил-4 в Севастопольской авиагруппе за первую декаду июня сократилось с семи машин до одной, а общее число машин в части к 23 июня снизилось до 17 (7) бомбардировщиков. На земле же, несмотря на героизм моряков и летчиков, враг продолжал рваться вперед. К исходу 20 июня он полностью захватил северную сторону и вышел к восточным окрестностям города. Огонь по аэродромам стал настолько точен, а блокирование истребителями настолько плотным, что дальнейшее базирование бомбардировщиков было равносильно их потере. Остатки эскадрильи Чумичева вернулись на Кубань, где вместе с главными силами полка приняли участие в ночных налетах перед фронтом СОРа. Полк из-за удаленности своих аэродромов не мог произвести более одного вылета за ночь, но экипажи, имевшие ранее практику посадок на Херсонесском аэродроме, садились там и за ночное время успевали совершить ещё по два-три вылета. После последнего предрассветного удара они, забирая раненых бойцов, брали курс на восток и приземлялись в Анапе. Весь день экипажи отдыхали, а с наступлением сумерек всё повторялось вновь.
Слов нет, авиаторы действовали самоотвержено, но что могли изменить 20–30 ночных самолето-вылетов в то время, как ПВО СОРа фиксировало не менее 600 самолето- пролетов Люфтваффе ежедневно! Итог борьбы был предрешен. Немцы захватили неограниченное превосходство в воздухе, доставка подкреплений и снабжения морем стала невозможна. На рассвете 29 июня противник внезапно переправился через Северн™ бухту и вышел в тыл войскам СОРа. Артиллеристы отражали высадку с винтовками в руках — для их орудий не было снарядов. В течение следующего дня в результате ожесточенных уличных боев немцы захватили центр Севастополя. Силы оборонявшихся оказались исчерпаны во всех отношениях. В ночь на 1 июля командование СОРа «осуществило» эвакуацию войск в лице самих себя. Рядовым защитникам главной базы Черноморского флота оставалось погибнуть или сдаться в плен. В их числе оказались и 15 техников 5-го ГМТАП, до последнего момента обеспечивавших действия наших самолетов…
Обострение обстановки весной 1942 г. на южном направлении не осталось незамеченным и со стороны командования ВВС ВМФ. В начале июня было принято решение усилить морскую авиацию, действовавшую на южном направлении, за счет свежесформированного 36-го минно-торпедного полка Особой Морской Авиационной Группы. Эта часть начала создаваться 4 марта 1942 г. на основании приказа Наркома ВМФ № 0053, согласно которому предписывалось сформировать полк на аэродроме Богослово в составе 8-й бомбардировочной авиационной бригады ВВС КБФ, но впоследствии решение изменили, и базой формирования стал Саранск, где дислоцировался 1-й запасной авиаполк ВВС ВМФ. Первым командиром стал бывший командир 2-го МТАП подполковник А.Г.Биба. Командиры эскадрилий и звеньев прибыли с Тихоокеанского флота, а летчики — прямиком из летных училищ. Полк создавался по штату 030/255-А т. е. имел две эскадрильи десятисамолетного состава. Получение матчасти — новеньких Ил-4 московского завода — затянулось, к тому же сопровождалось потерей одного бомбардировщика 5 мая.
15 апреля формирование 36-го МТАП было в основном завершено, и он приступил к боевой подготовке. Она продолжалась не слишком долго. Уже 5 июня начальник ВВС ВМФ генерал-лейтенант С.Ф.Жаворонков приказал части немедленно передислоцироваться на аэродром Майкоп, где она поступала в распоряжение находившегося на Черном море заместителя наркома ВМФ адмирала И.С.Исакова. Выполнить это плохо подготовленном авиаторам оказалось не так-то просто. 6 июня один бомбардировщик потерпел катастрофу на промежуточном аэродроме в селе Борское (Куйбышевская обл.) где базировался 2-й ЗАН ВВС ВМФ. В обломках «Ила» погиб стрелок-радист и два механика. Не успели перелететь в Майкоп, как произошло новое происшествие. 12 июня во время учебно-тренировочного полета разбилась машина командира 2-й эскадрильи капитана П.Осипова. Весь экипаж погиб. Это переполнило чашу терпения командования — командир полка Биба был снят, а на его место назначили бывшего комэска из состава 1-го ГМТАП Героя Советского Союза, участника первого налета на Берлин майора А.Я.Ефремова. Впрочем, волну катастроф это не остановило, и 27 июня под Майкопом вместе с экипажем разбился Ил-4, который пилотировал младший лейтенант М.Щукин. Лётная подготовка и изучение театра заняло еще некоторое время, в результате чего полк фактически не успел принять участие в боях за Севастополь. Первый боевой вылет состоялся в ночь на 28 июня, когда бомбардировщики 5-го ГМТАП и 36-го МТАП бомбили ялтинский порт, где базировались вражеские торпедные катера. Первый вылет сопровождался и первой боевой потерей — пропал без вести «Ильюшин» командира звена лейтенанта А.Черемисова. 5 июля самолеты обоих полков поставили шесть английских мин (первый случай применения) в севастопольской бухте, потеряв один из восьми вылетавших. Впрочем, и это не принесло желаемых результатов — таким количеством мин нанести потери можно было разве что случайно.
В этот период в очередной раз проявилось неумение командования ЧФ правильно оценить обстановку и сосредоточить все силы для выполнения главной задачи, которой применительно к описываемому периоду безусловно представляются действия по поддержке сухопутных войск. Еще в конце июня, до завершения боев под Севастополем, германское командование начало мощное наступление на южном фланге советско-германского фронта. Хотя главный удар наносился из района достаточно удаленного от моря Воронежа, очень скоро выяснилось, что вражеский замысел предусматривает окружение войск Юго-Западного и Южного гронтов в районе севернее Ростова-на-Дону, середины июля по указанию Ставки авиация Черноморского флота приняла активное участи в нанесении ударов по войскам противника в районе станицы Тацинской. Не являлись здесь исключением и оба минно-торпедных полка. Тем не менее, противнику удалось нанести тяжело поражение войскам обоих фронтов и 24 июля взять Ростов. Реакцией Сталина на это стало появление известного приказа № 227 «Ни шагу назад». С 25 июля в непосредственное соприкосновение с противником вступили войска Северо- Кавказского фронта (командующий — маршал С.М.Будёный), которому в оперативном отношении и подчинялся Черноморский флот. С учетом этого кажется парадоксальным, что командованию ЧФ удалось доказать командованию фронтом и Ставке, что главная опасность для Кавказа исходит не с суши, по которой энергичными темпами продвигались немецкие войска, а из портов Азовского моря и Крыма!
В результате, в конце июля ВВС ЧФ начали новую серию ударов по ним. 26-го числа 11 Ил-4 бомбили железнодорожную станцию Керчь, 28-го — порт Керчи, 29 и 30-го — снова станцию и т. д. В ночь на 31 июля ставились мины — у мыса Камыш-Бурун и у порта Геническ (соответственно две и четыре). 26–28 июля три групповых вылета на «свободную охоту» совершили торпедоносцы. Во всех случаях сбрасывались торпеды, но лишь один раз по морской цели (конвой БДБ), да и то неудачно. В других случаях не обнаружив целей экипажи торпедоносцев сбрасывали свой боезапас на Ялту и Феодосию. Эти вылеты продолжались даже тогда, когда под давлением немецкого наступления в 4–5 августа полкам пришлось перебазироваться с аэродромов Майкоп и Белореченская в Гудауты и Алахадзи на территории Абхазии. К этому моменту в 5-м ГМТАП оставалось 10, в 36-м — 16 машин.