Отправка на Дальний Восток наиболее подготовленных эскадрилий сильно ударила по боеспособности бригады. Хотя немедленно после убытия личного состава в бригаде началось формирование новых 69-й и 70-й ИАЭ, а в ноябре к ним присоединилась еще и свежесформированная 58-я ИАЭ, личный состав, поступивший на формирование новых эскадрилий, в основной своей массе был молодым, недавно окончившим летные школы, поэтому командованию бригады пришлось начинать все заново. Некоторое время единственным боеспособным подразделением бригады была 13-я ИАЭ капитана П.Н.Анисимова.
По состоянию на 1 февраля 1938 г. в составе ВВС ЛВО было 705 экипажей, в том числе 130 летчиков-истребителей. Весной 1938 г. ВВС ЛВО, как и вся авиация Красной Армии, начали переход на новую штатную структуру. В истребительной авиации переформирование эскадрилий в полки шло полным ходом. До конца года в ЛВО было переформировано и сформировано заново семь истребительных авиаполков, правда, не все они успели закончить формирование. В числе первых реорганизации подверглась 111-я авиабригада. 22 марта Управление бригады переводилось на новый штат (15/865-Б) и получило наименование «Управление 54-й легкой авиационной бригады». На базе 70-й ИАЭ развертывался 19-й истребительный авиаполк, на базе 69-й ИАЭ — 26-й ИАП, 12-я ИАЭ стала основой для формирования 44-й ИАП. Все полки формировались в составе Управления по штату 15/828 из четырех эскадрилий по штату 15/806Д (15 истребителей и летчиков). Недавно сформированная 58-я ИАЭ и входившая в состав бригады 33-я разведэскадрилья службы наблюдения и связи (СНиС) расформировывались, а их личный состав передавался на доукомплектование полков бригады. На базе 111-й школы младших авиаспециалистов, 111-го авиапарка и 111-го батальона связи формировалась 114-я авиационная база. Командиром бригады назначался полковник М.И.Марцелюк, военкомом — майор Л.М.Меринов. В сентябре 1938 г. Марцелюка на посту командира бригады сменил майор Н.П.Анисимов, ранее командовавший сначала 13-й ИАЭ, а затем 7-м ИАП. 11 июля 1938 г. постановлением Главного Военного Совета РККА 54-я авиабригада передавалась в распоряжение 2- го корпуса ПВО, отвечавшего за ПВО Ленинграда. Командир бригады назначался заместителем командира корпуса по авиации.
В полках авиабригады процесс боевой подготовки шел довольно интенсивно. К середине 1938 г. большинство полков уже фактически закончили ввод в строй молодых летчиков, и приступил к выполнению плана учебно-боевой подготовки (УБП). Так, в 19-м ИАП к 1 октября лишь пять из 66 летчиков все ещё не были введены в строй. Несмотря на необходимость освоение новой матчасти и одновременно с этим проводившуюся подготовку молодых пилотов, программа УБП в 44-м ИАП была выполнена на 87 %. К концу года все четыре эскадрильи полка были готовы к боевой работе, правда только днем и на средних высотах. Наконец, 26-й ИАП ввел в строй 24 молодых пилота и так же успешно осваивал курс УБП. Однако за все приходится платить: в течение 1938 г. в 54- й авиабригаде произошли пять катастроф, шесть аварий, 15 поломок и семь вынужденных посадок. Если в целом по ЛВО в 1938 г. налет на одну аварию составлял 967 часов, а на катастрофу — 3235 часов, то по 54- й авиабригаде эти показатели составляли 888 и Ш65 часов соответственно. Несмотря на высокую аварийность, к началу 1939 г. 54-я авиабригада являлась одним из наиболее подготовленных авиационных соединений ВВС ЛВО. Однако новый год принес новые проблемы. 19 марта майор Анисимов с должности командира бригады был отозван в распоряжение ВВС РККА «для выполнения специального задания». Вместо него 2 апреля командиром бригады стал участник боевых действии в Китае Герой Советского Союза полковник А.С.Благовещенский 1*.
И-16 (сер. № 521А405). из состава 26-го ИАП.
Эта машина оказалась наиболее пострадавшей в результате аварии, произошедшей 26 декабря 1939 г. по вине начальника ПДС и командира звена 1-й эскадрильи 26-го ИАП лейтенанта В.СЦиганенко.
5 марта 1940 г. «Гладиатор Mk.II» (борт. GL-253) сержанта С.Витикайнена из состава LeLv 12 попал в серьёзный передрягу, будучи перехвачен «ишачками» 44-го ИАП. Хотя его пилоту удалось довести машину до аэродрома, но полученные повреждения оказались настолько тяжёлыми, что самолёт попал в аварию и был отправлен в ремонт.
Будучи, безусловно, лично очень храбрым человеком и незаурядным летчиком, как командир крупного соединения истребительной авиации Благовещенский себя проявил не с лучшей стороны. При новом командире уровень дисциплины в бригаде, и так находящийся на невысоком уровне, упал еще сильнее. Если в течении 1938 г. в бригаде было зафиксировано 842 проступка, то в следующем ГОДУ — уже 1015. Заметно подскочило число аварий, поломок и вынужденных посадок, но при этом почти вдвое вырос и налет бригады.
В среднем же на одно происшествие в бригаде в 1939 г. приходилось 103 часа налета, тогда как годом ранее это показатель составлял 162 часа. Таким образом, уровень аварийности подскочил более чем в полтора раза.
К тому же у Благовещенского сразу же не сложились отношения с командиром 2-го корпуса ПВО комбригом Крюковым. Пользуясь двойным подчинением бригады, Благовещенский при молчаливой поддержке начальника ВВС ЛВО Е.С.Птухина фактически нагло игнорировал распоряжения командира и штаба 2-го корпуса ПВО. Взаимодействие истребителей с зенитной артиллерией корпуса не отрабатывалось, от участия в учениях ПВО Благовещенский под разными предлогами уклонялся. Спускаемые же штабом ВВС ЛВО планы боевой подготовки не учитывали «ПВОшный» статус бригады. Несмотря на прямое распоряжение командира корпуса, Благовещенский не утруждал себя докладами о состоянии учебно-боевой подготовки и не являлся по вызову командира корпуса. Такое поразительное для армейской среды поведение командира 54-й авиабригады объяснялось, прежде всего, его пренебрежительным отношением к наземным средствам ПВО. Считая, что истребители самостоятельно способны обеспечить безопасность Ленинграда, Благовещенский просто не желал подчиняться командиру второстепенного, с его точки зрения, соединения. Еще удивительнее то, что начальник ВВС РККА командарм 2-го ранга Локтионов и вообще руководство НКО никак не реагировало на сложившуюся ситуацию, несмотря на то, что НКВД регулярно докладывало о явно ненормальных взаимоотношениях между командирами 2-го корпуса ПВО и 54- й авиабригады. Благовещенский продолжал оставаться на своей должности, а вот его комиссар полковник Меринов 13 мая был отстранен от должности и заменен батальонным комиссаром А.А.Званским 2*.
Прямым следствием амбиций Благовещенского стали результаты боевой подготовки бригады в 1939 г. Несмотря на «ПВОшный» статус, её летчики если и отличались от летчиков «армейской» 59-й авиабригады, то не в лучшую сторону. Никакими особыми навыками в пилотировании ночью, в сложных метеоусловиях или вслепую большинство пилотов не обладало. Относительно неплохо обстояли дела с высотной подготовкой, немногим более половины летчиков могло пилотировать на высотах до 7–9 тысяч метров (165 пилотов из 253). Ночные полеты освоили всего 89 летчиков, причем большинство из них только на учебных самолетах, а в облаках летать умели вообще лишь 13 человек. Не все гладко было и с воздушно-стрелковой подготовкой. Например, в 19-м ИАП в 1939 г. летчики выполнили 403 вылета для стрельбы по конусу (в полку на 1 сентября было 72 летчика), но задача была выполнена только в 216 из них. Примерно такой же процент выполненных задач был и при стрельбе по наземным целям (в 96 из 179 вылетов). В целом к ноябрю 1939 г. 54-я авиабригада оказалась подготовлена даже несколько хуже, чем начавшая год с худших стартовых позиций 59-я авиабригада.