Всенародное провозглашение унии в Речи Посполитой состоялось на церковном соборе в Бресте 6 октября 1596 г., на котором собралось высшее духовенство православной и католической церквей, епископств, находящихся на территории Речи Посполитой. Общего собора не пролучилось. Сторонники и противники унии собирались отдельно. 9 октября сторонники униатства торжественно утвердили акт унии. Большинство православных епископов во главе с митрополитом киевским и всея Руси М. Рогозой на Брестском соборе унию поддержали. Противники унии ее не признали. Таким образом, уния не подчинила Риму всю православную белорусско-украинскую церковь, а лишь расколола ее на униатов и тех, кто остался верен православию. Оставленные униатам обряды восточной церкви рассматривались руководством католической церкви лишь как дарованные с миссионерской целью послабления. Сами же униаты считали свой союз с Римом равноправным федеративным союзом, так как им была оставлена собственная иерархия, параллельная с латинской, и сохранялась известная доля самоуправления. Это разное понимание унии привело впоследствии ко многим недоразумениям, а также к появлению тенденций латинизации (внедрение в униатское богослужение и церковный строй элементов, свойственных только римско-католической церкви) и полонизации (проникновение в среду униатского духовенства польского языка и польской культуры, распространение их среди прихожан) церковной жизни в унии. Православная церковь со своей иерархией на территории ВКЛ была запрещена, ее приходы стали униатскими. Однако правовая ликвидация православной церкви была воспринята православным населением Беларуси и Украины отрицательно.
Выделяется несколько периодов становления униатской церкви. В первый период (1596–1632 гг.) происходило навязывание унии и противодействие ей со стороны части духовенства и городского населения. Оппозиционность проявлялась в разных формах – протесты, сеймовые дебаты, антиуниатская полемика, разного рода выступления вплоть до восстаний (Могилевское восстание 1618 г., Витебское восстание 1623 г., в ходе которого был убит униатский архиепископ И. Кунцевич, жестокими мерами вводивший новую веру). Под защитой казаков в 1620 г. восстановливается Киевская православная иерархия, считавшаяся польским правительством нелигитимной и подвергавшаяся преследованию. Второй период начинается с 1632 г. Осознав, что насильственное распространение униатства не приносит конфессионального согласия, и стремясь усилить единение восточнославянских земель с центральной властью, правительство Речи Посполитой пошло на определенные уступки православной и протестантской церквям. В 1632–1633 гг. православная церковь была признана королем Владиславом IV как равная униатской. Были восстановлены четыре православные епархии.
Униатская церковь расширяла свое влияние путем создания собственной системы образования, через полемическую литературу, книгоиздательство, основание храмов и монастырей, однако и на этом этапе использовалось принуждение. Униаты в богослужении пользовались церковнославянским языком, а старобелорусским и польским – чаще в проповедях (обращениях к верующим), в делопроизводстве, преподавании. Правящая элита Речи Посполитой проводила противоречивую политику по отношению к униатам. С одной стороны она поддерживала униатскую церковь, а с другой – хотела растворить униатов в католической церкви латинского обряда. Униатская церковь, желая сохранить самобытность, обратилась за поддержкой к папскому престолу. По жалобам униатского митрополита И. Руцкого, который добивался от Ватикана запрета переводить униатов в костелы, были изданы декреты ватиканской Конгрегации (от лат. congregatio – собрание, союз) о запрете «русскому униатскому народу», «русинам литвинской нации» переходить в латинский обряд. В жизни все было сложнее, и шляхта, особенно крупная и средняя, продолжала массовый переход в католичество в XVII–XVIII вв. Шло постепенное сближение конфессий, и после Замойского Собора (1720) в обрядности униатской церкви широко распространились католические элементы (органная музыка, скульптура, скамьи и др.), а в середине XVII в. на вальном сейме униатская церковь была признана «второй католической». Кроме того, на рубеже XVII–XVIII вв. правительство Речи Посполитой инициировало появление тайной программы православного львовского епископа И. Шумлянского, являвшегося скрытым униатом, по переводу православных епархий в унию. Реализация данной программы привела к тому, что осталась православной лишь одна Мстиславская епархия и вначале XVIII в. униатство стало наиболее распространенным вероисповеданием для белорусской этносоциальной общности.