Взятие Газы открыло Александру путь в Египет (Fuller, 1998, 218). Иосиф Флавий (Ant. lud, XI, 8, 4–5) рассказывает, что сперва Александр направился в Иудею, чтобы исполнить свою угрозу, но по воле Бога и вследствие молений жрецов он преклонился перед первосвященником, прославляя в его лице Бога, который руководил его походом. В таком виде этот рассказ, несомненно, является легендой, ходившей в иудейской среде, тем более что никакой неиудейский источник поход Александра на Иерусалим не подтверждает. Но все же какое-то историческое зерно в нем имеется. По-видимому, после долгих и опасных осад Тира и Газы и перед походом в Египет, исход которого был неясен, Александр не захотел ссориться с иудейской общиной и предпочел пойти на компромисс: иудеи признали его власть, а он подтвердил их прежние привилегии. Иосиф отмечает, что часть иудеев после этого согласилась участвовать в походе. Видимо, оценив создавшееся положение, верхушка иудейской общины приняла первоначальное требование македонского царя и направила к нему какие-то подкрепления. Иудейская община сравнительно легко согласилась подчиниться новому завоевателю, т. к. для нее не изменилось практически ничего, кроме имени верховного царя (Bickerman, 1988, 6).
Египет сдался Александру без боя. Македонский царь готов был остаться в долине Нила, но события в Палестине ускорили его выступление в новый поход Самария, как уже говорилось, в лице своего правителя признала власть Александра. Однако Санбаллат вскоре умер, а сравнительно долгая задержка Александра в Египте возбудила надежды его врагов. В Самарии вспыхнуло восстание. Назначенный Александром наместником Сирии Андромах не только не сумел его подавить, но и сам попал в руки повстанцев, которые его сожгли заживо. Это восстание в случае своего распространения на более обширные территории грозило отрезать Александра от Малой Азии, а через нее — от Греции и Македонии и тем самим поставить под угрозу всю экспедицию. Курций Руф (IV, 1, 5) отмечает, что сирийцы даже после битвы при Иссе еще пренебрегали новой властью, и Александру пришлось их усмирять. Часть сирийцев входила в те подразделения персидской армии, которые возглавлял Маздай (Агг. Anab. III, 8, 6). Вместе с другими персидскими войсками они ушли в Месопотамию, но задержались на Евфрате, защищая переправу (Агг. Anab., III, 7, 1). Все это заставило Александра отнестись к этому, казалось бы, чисто местному и незначительному восстанию очень серьезно. Вернувшись в Финикию, он обрушился на мятежников. Впрочем, еще только получив известие о приближении грозного царя, самаритяне испугались и выдали зачинщиков (Curt Ruf., IV, 8, 9—10). Но это их не спасло. Александр жестоко покарал Самарию. Были убиты не только мужчины, но и многие женщины и дети, а сам город был заселен македонскими колонистами (Дандамаев, 1985, 263–264; Шифман, 1988, 100–101; Bickerman, 1988, 9—10).
После этого Александр сделал Тир базой для отдыха и сбора своих сил, прежде чем двинуться в новый поход. К этому времени он принял ряд мер по упорядочению управления Передней Азией. Вскоре после битвы при Иссе он назначил правителем Сирии, по сообщению Арриана (Anab., II, 13, 7), Менона, а по словам Курция Руфа (IV, 1, 4) — Пармениона. Сведения Арриана явно более точные (Шифман, 1988, 78). Дело не только в стремлении Руфа, недоброжелательно относившегося к Александру, выдвинуть на первый план этого заслуженного полководца, которого сам Александр недолюбливал и даже опасался, но и в том, что Арриан, по его собственным словам (I, praef. 1), пользовался сведениями Птолемея и Аристобула, современников и участников этого похода. Финикия же Менону не подчинялась и стала чем-то вроде протектората под управлением самого царя (Шахермайр, 1984, 158). В самих финикийских городах сохранилась прежняя система власти. В Сидоне, царь которого находился в это время в персидском флоте и был враждебен Александру, на трон был посажен его дальний родственник Абдалоним (Curt. Ruf., IV, 1, 16–20). Иначе произошло в Тире. Его царь Азимилк в момент прихода к ею стенам Александра, тоже находясь в персидском флоте (Агг Anab., II, 15, 7), ко времени взятия Тира успел вернуться (Агг. Anab. II, 24, 5). Находки тирских монет свидетельствуют, что Аземилк царствовал в Тире вплоть до 309 или 308 г. до н. э (Elayi, Elayi, 1988, 107–117; Lemaire, 1991, 146–149). Неизвестно, что двигало Аземилком, когда он вернулся в осажденный город, и как этот его героический поступок расценили соотечественники. Но Александр явно истолковал его как отпадение от Дария и по-царски вознаградил: Аземилк был оставлен на тирском престоле.
Дав своим воинам отдохнуть, Александр выступил в новый поход. Дойдя до Тапсака, где семьдесят лет назад стоял со своим войском Кир Младший, он стал готовиться к переправе через Евфрат. Дарий поручил сатрапу Сирии и Киликии Маздаю охранять эту самую удобную переправу, но тот, узнав о приближении основных сил македонян, тотчас отступил, так что Александр беспрепятственно вторгся в Месопотамию (Агг. Anab., III, 7, 1–2; Curt. Ruf., IV, 9, 8). Дальше военные действия разворачивались на огромных пространствах Месопотамии, Ирана, Центральной Азии и части Индии. Сирия, Финикия, Палестина остались в глубоком тылу войск Александра и не делали никаких попыток выступить против нового завоевателя.