Фарисеев, в отличие от ессеев, само по себе получение поста первосвященника Ионатаном не смутило. Они продолжали поддерживать и его, и его брата. Однако с обретением фактической независимости Иудеи ее правители все больше превращались из духовных руководителей в светских владык. Возникает новый правящий слой, состоящий из Хасмонеев и их родственников и других сравнительно немногочисленных фамилий, группировавшихся вокруг новой династии и монополизировавших военное и гражданское управление в стране (Stem, М., 1981, 289). Политическая структура Иудеи все больше напоминала структуру эллинистических государств этого времени. Политические соображения диктовали и внутреннюю, и внешнюю политику, далеко не всегда соответствовавшую библейским нормам, в том числе и в контактах с другими народами. И уже при Иоанне Гиркане, сыне Симона (и соответственно племяннике Иуды и Ионатана), возникла фарисейская оппозиция. А когда его сын Аристобул принял царский титул, она стала враждебной, ибо сосредоточение в одних руках постов царя и первосвященника резко противоречило библейским установлениям. Следует также учесть, что к этому времени в народной памяти фигуры Давида и Соломона стали образцами идеальных монархов, а их государство — царством справедливости, так что и земным правителем нового Израиля, и будущим Спасителем, Мессией, мог быть только представитель рода Давидидов. Аристобул правил всего год, так что враждебность фарисеев новому режиму еще не успела проявиться открыто. Но в царствование Александра Йанная эта враждебность выразилась в острой борьбе, доходившей до настоящей гражданской войны.
Фарисеи представляли интересы низшего и среднего жречества, законоучителей, писцов и мудрецов, и их взгляды пользовались широкой поддержкой основных масс иудейского населения. Его высшие слои, в том числе жреческая аристократия, активно поддерживали саддукеев. Эта группировка, в свою очередь, сплотилась вокруг новой царской династии. Само ее название, вероятнее всего, происходит от имени Цадока (Stem, М., 1981, 292), и этим они, по-видимому, подчеркивали законность Хасмонеев и преемственность их власти от времен первых Давидидов.
Все эти группировки были прежде всего религиозными и отличались друг от друга не только отношением к Учению и его устному толкованию, но и трактовкой многих библейских установлений, как, например, бессмертие души и посмертное воздаяние. Но все они существовали в рамках иудейской религии и принимали ее основные положения: последовательный и бескомпромиссный монотеизм, мессианство, богоизбранность Израиля, основанную на его договоре с Богом. Эти особенности иудейской религии вели к тому, что каждая группировка рассматривала свои взгляды как абсолютную истину, а все другие — как величайший грех, компромисс с которым невозможен. В результате религиозное движение неминуемо становилось политическим (а политическое — религиозным). Если ессеи вообще порвали связи с официальным иудейством и, уйдя в пустыню, объявили себя общиной, заключившей новый договор, Новый Завет, с Богом, и практически устранились от политической жизни, то фарисеи и саддукеи участвовали в ней довольно активно. Саддукеи поддержали Александра Йанная, в то время как фарисеи открыто выступили против него.
Мощное восстание, возглавляемое фарисеями, вспыхнуло в Иерусалиме. С помощью наемных войск, состоявших в основном из жителей Малой Азии, царь сумел подавить его, но после нового поражения Александра, на этот раз от арабов, мятеж вспыхнул с удвоенной силой. В боях с царскими наемниками погибло 6000 человек, но подавить восстание Александр так и не смог. Борьба перекинулась на остальную часть страны. Началась настоящая гражданская война, продолжавшаяся шесть лет, с 90 до 84 г. до н. э. (Амусин, 1979, 162). Не имея достаточных сил, чтобы справиться с царскими войсками, повстанцы обратились за помощью к одному из последних Селевкидов — Деметрию III, на какое-то время утвердившемуся в Сирии. Его армия вторглась в Палестину, и Александр, потерпев поражение, бежал в горы. Победа фарисеев была полной. Но вскоре положение изменилось. Армия Деметрия ушла в Сирию, а вокруг Александра собрались его сторонники, и он со своим новым войском обрушился на иудеев. Оставшиеся без поддержки Деметрия противники Александра были разбиты. Гражданская война закончилась победой Александра Йанная, но он был вынужден отдать Деметрию все свои заиорданские и аравийские владения.