Новые смуты в державе Селевкидов и укрепление в Иудее позволили Александру Йаннаю возобновить внешнюю экспансию. На этот раз его главным противником стал набатейский царь Арета III, который также весьма успешно использовал сирийские смуты и захватил Дамаск, окружив тем самым владения иудейского царя с трех сторон. Война с набатеями оказалась для Александра неудачной, и он был вынужден заключить с ними невыгодный мир. Однако этот мир дал ему возможность снова сконцентрировать свои усилия на завоевании средиземноморского побережья, которое, за исключением Птолемаиды и Аскалона, перешло под его власть. Арете удержать Дамаск не удалось, и Александр воспользовался некоторым ослаблением Набатеи, чтобы снова напасть на Заиорданье. Новая опасность для него возникла, когда власть в Сирии захватил Антиох XII, и чтобы обезопасить основную часть своего государства и особенно Иерусалим от селевкидского вторжения, Александр построил целую систему укреплений от побережья Средиземного моря севернее Яффы вдоль реки Йаркон и несколько дальше к востоку. Археологи раскопали остатки этой системы, иногда называемой "линией Йанная", состоявшей из рва, наблюдательных башен, фортов (Berlin, 1997, 38–39). Но укрепления не остановили Антиоха, когда тот вторгся в Палестину. И только гибель сирийского царя в битве с арабами избавила Александра от угрозы со стороны Селевкидов. Он этим тотчас воспользовался и возобновил свои завоевания, как по эту, так и по ту сторону Иордана. Там, при осаде одной из заиорданских крепостей, он и умер (Ios. Ant. Iud., XIII, 12, 2—15, 5; Bel. Iud., 1, 4, 2–8). Александр Йаннай, как и некоторые другие иудейские цари, по-видимому, мечтал о восстановлении древней державы Давида и Соломона, но достичь своей цели не смог, и значительная часть Палестины оставалась вне сферы его господства (Berlin, 1997, 40–41).
Александр Йаннай оставил двух сыновей — Гиркана и Аристобула, но власть захватила его вдова (которая была также вдовой Аристобула I) Александра Саломея. После смерти первого мужа она уже была распорядительницей престола, но тогда предпочла отдать его Александру Йаннаю, выйдя за него замуж. Теперь положение изменилось. При Александре царская власть настолько укрепилась, что с прежними традициями уже можно было не считаться, и Александра Саломея решительно взяла в свои руки верховную власть. Иосиф Флавий (Ant. Iud., XIII, 15, 5) рассказывает, что лежавший при смерти царь завещал своей вдове крепко держать престол и приблизить к себе фарисеев. Думается, однако, что это — более поздняя легенда, целью которой было оправдать захват царской власти женщиной (при наличии взрослых сыновей этого до сих пор не было в еврейских государствах) и изменение внутренней политики. Действительно, девятилетнее правление Александры Саломеи было временем торжества фарисеев. Поскольку женщина не могла принять первосвященнический сан, она сделала первосвященником своего старшего сына Гиркана, совершенно бесцветную личность, лишенную и энергии, и честолюбия, и государственных способностей. Оказавшись у власти, фарисеи начали преследовать своих противников-саддукеев с не меньшей энергией, чем это делали те в предшествующее царствование. Саддукеи оказали сопротивление, и их открыто поддержал Аристобул. В итоге царица была вынуждена пойти на компромисс: она добилась прекращения преследований соратников своего покойного мужа при условии, что они покинут столицу (на периферии им были предоставлены должности командующих гарнизонов).
Такой компромисс, однако, не удовлетворил ни саддукеев, ни Аристобула. Последний после своего неудачного похода на Дамаск, воспользовавшись болезнью Александры, решился на выступление против собственной матери. Он бежал в одну из крепостей, где распоряжался его сторонник Галест, и поднял открытый мятеж. В скором времени к нему примкнули и другие начальники крепостей. Захватив большую часть крепостей и набрав значительное наемное войско, Аристобул практически стал хозяином положения. В разгар этих событий царица умерла, и вся власть официально перешла к Гиркану, который стал теперь не только первосвященником, но и царем. Его активно поддержали "старцы", т. е. старейшины иудейских родов, представлявшие в первую очередь нестоличное население Иудеи, где фарисеи традиционно пользовались большим влиянием, чем в самом Иерусалиме. И все же силы были неравными. В битве около Иерехона армия Гиркана была разбита, а сам он бежал в иерусалимскую крепость. Для ее осады сил у Аристобула было, видимо, недостаточно, да и бои в священном городе наложили бы на него позорное пятно, так что он пошел на переговоры. В итоге он добился отречения Гиркана от обоих постов — царя и первосвященника, но за это обещал ему не только жизнь и свободу, но и сохранение всего имущества и всех почестей, полагавшихся члену царского рода (Ios. Ant. Iud., XIII, 16, 1 — XIV, 1, 2; Bel. Iud., 1, 6, 1).